蛋白质结构预测中高质量构象集的产生与评估
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 目录 | 第9-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-27页 |
| §1.1 蛋白质的结构及其功能 | 第12-17页 |
| 1.1.1 蛋白质的分子组成 | 第12-13页 |
| 1.1.2 蛋白质的多级结构 | 第13-16页 |
| 1.1.3 蛋白质的基本功能 | 第16-17页 |
| §1.2 蛋白质序列和结构数据库 | 第17-18页 |
| 1.2.1 蛋白质序列数据库 | 第17-18页 |
| 1.2.2 蛋白质结构数据库 | 第18页 |
| §1.3 蛋白质三维结构预测 | 第18-25页 |
| 1.3.1 构象初始化 | 第21-22页 |
| 1.3.2 构象搜索 | 第22-23页 |
| 1.3.3 结构选取 | 第23-24页 |
| 1.3.4 结构优化 | 第24-25页 |
| §1.4 蛋白质构象集在结构预测中的应用 | 第25-26页 |
| §1.5 本文的内容安排 | 第26-27页 |
| 第二章 蛋白质结构统计势及其参考态 | 第27-51页 |
| §2.1 蛋白质结构预测中的能量函数 | 第27-33页 |
| 2.1.1 基于物理的能量函数 | 第28-30页 |
| 2.1.2 基于知识的能量函数 | 第30-32页 |
| 2.1.3 结构预测各阶段能量函数的特点 | 第32-33页 |
| §2.2 蛋白质原子距离统计势 | 第33-38页 |
| 2.2.1 统计势构建 | 第35页 |
| 2.2.2 参考态假设 | 第35-38页 |
| §2.3 基于构象集的统计势性能评估 | 第38-49页 |
| §2.4 本章小结 | 第49-51页 |
| 第三章 蛋白质高质量构象集的产生 | 第51-73页 |
| §3.1 现有蛋白质构象集中存在的问题 | 第51-55页 |
| §3.2 基于模板的高质量构象集产生方法 | 第55-70页 |
| 3.2.1 模板识别 | 第57-59页 |
| 3.2.2 副本交换蒙特卡罗模拟 | 第59-64页 |
| 3.2.3 假构象筛选 | 第64-65页 |
| 3.2.4 全原子结构生成和优化 | 第65-70页 |
| §3.3 新构象集的产生 | 第70-71页 |
| §3.4 本章小结 | 第71-73页 |
| 第四章 蛋白质构象集的比较评估 | 第73-91页 |
| §4.1 蛋白质构象集评估方法 | 第73-76页 |
| 4.1.1 二级结构百分比 | 第74页 |
| 4.1.2 二级结构打分值 | 第74页 |
| 4.1.3 构象回转半径 | 第74-75页 |
| 4.1.4 残基接触百分比 | 第75页 |
| 4.1.5 构象集RMSD分布评估 | 第75-76页 |
| 4.1.6 构象差异度(非冗余性)评估 | 第76页 |
| §4.2 基于天然构象识别的假构象质量评估 | 第76-80页 |
| §4.3 构象集整体分布和差异评估 | 第80-84页 |
| §4.4 统计势对构象集的评估 | 第84-88页 |
| §4.5 本章小结 | 第88-91页 |
| 第五章 总结与展望 | 第91-95页 |
| 参考文献 | 第95-109页 |
| 博士期间发表论文目录 | 第109-110页 |
| 致谢 | 第110页 |
