| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 1 前言 | 第9-17页 |
| 1.1 肠道微生物概况 | 第9-12页 |
| 1.1.1 肠道微生物多样性概况 | 第9-10页 |
| 1.1.2 鸡肠道微生物主要类群的分布特征 | 第10-11页 |
| 1.1.3 肠道菌群的主要功能 | 第11-12页 |
| 1.2 肠道微生物研究方法 | 第12-15页 |
| 1.2.1 传统纯培养方法 | 第12-13页 |
| 1.2.2 宏基因组学方法 | 第13-15页 |
| 1.3 中药在畜禽上的应用 | 第15-16页 |
| 1.3.1 防治疾病 | 第15-16页 |
| 1.3.2 增强抗应激能力 | 第16页 |
| 1.3.3 促进动物生长 | 第16页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第16-17页 |
| 2 材料与方法 | 第17-26页 |
| 2.1 材料 | 第17-19页 |
| 2.1.1 试验动物及饲养管理 | 第17页 |
| 2.1.2 试剂药品 | 第17-18页 |
| 2.1.3 仪器设备 | 第18-19页 |
| 2.2 方法 | 第19-26页 |
| 2.2.1 中药复方的制备 | 第19页 |
| 2.2.2 样品采集 | 第19页 |
| 2.2.3 粪便样品DNA的提取及检测 | 第19-21页 |
| 2.2.4 16S rDNA V5-V6区PCR扩增 | 第21-22页 |
| 2.2.5 PCR扩增产物的琼脂糖凝胶回收纯化 | 第22-23页 |
| 2.2.6 Miseq高通量测序 | 第23页 |
| 2.2.7 生物信息学分析 | 第23-26页 |
| 3 结果与分析 | 第26-44页 |
| 3.1 序列及多样性分析 | 第26-31页 |
| 3.1.1 序列分析 | 第26-29页 |
| 3.1.2 多样性分析 | 第29-31页 |
| 3.2 两组鸡肠道菌群多样性的整体比较 | 第31-35页 |
| 3.2.1 主成份分析(PCA) | 第32页 |
| 3.2.2 主坐标分析（PCoA） | 第32-34页 |
| 3.2.3 NMDS分析 | 第34-35页 |
| 3.3 中药复方对文昌鸡肠道菌群的物种丰度影响分析 | 第35-44页 |
| 3.3.1 门水平上的物种丰度差异 | 第35-38页 |
| 3.3.2 纲水平上的物种丰度差异 | 第38-41页 |
| 3.3.3 属分类水平上的物种丰度差异 | 第41-44页 |
| 4 讨论 | 第44-47页 |
| 5 结论 | 第47-48页 |
| 致谢 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-57页 |