| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 引言 | 第10-16页 |
| 第一章 尼罗罗非鱼红细胞的形态学观察及免疫相关基因的表达研究 | 第16-24页 |
| 1 材料与方法 | 第16-19页 |
| 1.1 试验材料 | 第16页 |
| 1.2 试验方法 | 第16-19页 |
| 1.2.1 血细胞吉姆萨-瑞氏染色 | 第16-17页 |
| 1.2.2 红细胞细胞器荧光染色 | 第17页 |
| 1.2.3 血细胞及各组织总RNA提取 | 第17-18页 |
| 1.2.4 免疫基因RT-PCR | 第18-19页 |
| 2 结果 | 第19-21页 |
| 2.1 罗非鱼血细胞形态学观察 | 第19-20页 |
| 2.2 罗非鱼红细胞细胞器荧光染色结果观察 | 第20页 |
| 2.3 罗非鱼血细胞中免疫基因的表达 | 第20-21页 |
| 3 讨论 | 第21-23页 |
| 4 小结 | 第23-24页 |
| 第二章 尼罗罗非鱼血细胞转录组分析 | 第24-49页 |
| 1 材料与方法 | 第25-27页 |
| 1.1 试验材料 | 第25页 |
| 1.2 样品采集 | 第25页 |
| 1.3 测序样品准备与测序 | 第25-26页 |
| 1.4 测序结果分析 | 第26-27页 |
| 1.4.1 原始数据处理 | 第26页 |
| 1.4.2 Clean data与参考基因组比对 | 第26-27页 |
| 1.4.3 功能注释及生物信息学分析 | 第27页 |
| 1.5 荧光定量PCR | 第27页 |
| 2 结果 | 第27-44页 |
| 2.1 原始数据处理及统计 | 第27-28页 |
| 2.2 Mapping及结果分析 | 第28-29页 |
| 2.3 罗非鱼红细胞及白细胞测序覆盖度及随机性 | 第29页 |
| 2.4 罗非鱼血细胞GO分析 | 第29-31页 |
| 2.5 罗非鱼血细胞KOG分析 | 第31-32页 |
| 2.6 罗非鱼血细胞KEGG分析 | 第32-34页 |
| 2.7 罗非鱼红细胞和白细胞基因表达差异 | 第34-35页 |
| 2.8 罗非鱼红、白血细胞差异基因的GO和KEGG富集 | 第35-36页 |
| 2.9 罗非鱼红、白血细胞差异基因的KEGG富集 | 第36-37页 |
| 2.10 罗非鱼红细胞转录组中基因表达情况 | 第37-41页 |
| 2.10.1 罗非鱼红细胞中表达量较高基因 | 第37-38页 |
| 2.10.2 罗非鱼红细胞转录组中的免疫基因 | 第38-39页 |
| 2.10.3 罗非鱼红细胞转录组中的免疫通路 | 第39-40页 |
| 2.10.4 Toll样受体信号通路基因在罗非鱼红细胞转录组中的表达 | 第40-41页 |
| 2.11 罗非鱼血细胞高通量数据验证 | 第41-43页 |
| 2.12 经ploy(I:C)刺激后罗非鱼血细胞免疫基因表达变化 | 第43-44页 |
| 3 讨论 | 第44-48页 |
| 3.1 罗非鱼白细胞转录组基因表达情况 | 第44-45页 |
| 3.2 罗非鱼红细胞转录组基因表达情况 | 第45页 |
| 3.3 罗非鱼红细胞及白细胞转录组差异比较 | 第45-46页 |
| 3.4 罗非鱼红细胞转录组免疫基因表达情况 | 第46-47页 |
| 3.5 罗非鱼红细胞免疫相关信号通路的表达 | 第47页 |
| 3.6 经poly(I:C)刺激后罗非鱼血细胞免疫基因表达量变化 | 第47-48页 |
| 4 小结 | 第48-49页 |
| 第三章 尼罗罗非鱼干扰素调节因子1的表达与细胞定位 | 第49-61页 |
| 1 材料与方法 | 第49-52页 |
| 1.1 试验材料 | 第49-50页 |
| 1.2 样品采集 | 第50页 |
| 1.3 试验方法 | 第50-52页 |
| 1.3.1 IRF1基因的克隆 | 第50-51页 |
| 1.3.2 序列比对和系统发育分析 | 第51页 |
| 1.3.3 IRF1在不同组织中的表达和比较 | 第51页 |
| 1.3.4 荧光表达载体构建和细胞定位 | 第51-52页 |
| 2 结果 | 第52-57页 |
| 2.1 尼罗罗非鱼IRF1基因序列特征 | 第52-53页 |
| 2.2 硬骨鱼类IRF1基因结构比较 | 第53页 |
| 2.3 IRF1蛋白序列的多重比对 | 第53-54页 |
| 2.4 脊椎动物IRF家族成员系统进化树 | 第54-55页 |
| 2.5 尼罗罗非鱼IRF1mRNA的组织特异性表达及刺激后的表达变化 | 第55-56页 |
| 2.6 IRF1表达载体的构建及免疫荧光染色定位 | 第56-57页 |
| 3 讨论 | 第57-60页 |
| 3.1 罗非鱼IRF1基因结构 | 第57-58页 |
| 3.2 罗非鱼IRF1基因受polyI:C刺激的组织表达变化 | 第58-59页 |
| 3.3 罗非鱼IRF1基因细胞定位 | 第59-60页 |
| 4 小结 | 第60-61页 |
| 结论 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-68页 |
| 致谢 | 第68页 |
