| 中文摘要 | 第3-4页 |
| 英文摘要 | 第4-5页 |
| 缩略词列表 | 第8-10页 |
| 1 绪论 | 第10-26页 |
| 1.1 药物研发中药物靶点的发现 | 第10-14页 |
| 1.1.1 药物和治疗靶点的发现 | 第10-12页 |
| 1.1.2 成药基因组概述 | 第12-13页 |
| 1.1.3 成药蛋白共有的属性和特征 | 第13-14页 |
| 1.2 药物靶点的识别和确证 | 第14-17页 |
| 1.2.1 药物靶点的定义和类型 | 第14-16页 |
| 1.2.2 药物靶点的识别和确证 | 第16页 |
| 1.2.3 确认主要治疗靶点的方法 | 第16-17页 |
| 1.3 药物靶点的数量及其数据库的构建 | 第17-21页 |
| 1.3.1 成功药物靶点的数量 | 第17-18页 |
| 1.3.2 药物靶点数据库概述 | 第18-21页 |
| 1.4 生物信号通路与药物研发 | 第21-22页 |
| 1.5 人类激酶组与药物研发 | 第22-23页 |
| 1.6 课题的产生、目的和意义 | 第23页 |
| 1.7 课题的创新点 | 第23-26页 |
| 2 具有治疗效用的药物靶点数据库TTD的更新 | 第26-44页 |
| 2.1 引言 | 第26-27页 |
| 2.2 材料和方法 | 第27-30页 |
| 2.2.1 临床试验药物数据收集 | 第27-28页 |
| 2.2.2 临床试验药物靶点的确认 | 第28页 |
| 2.2.3 建立药物、靶点与调控通路的交叉链接 | 第28-29页 |
| 2.2.4 数据库构建和Web界面实现 | 第29-30页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第30-41页 |
| 2.3.1 临床试验药物和靶点数量的统计 | 第30-32页 |
| 2.3.2 TTD与常见信号通路数据库的交叉链接 | 第32-35页 |
| 2.3.3 获取靶点、药物和对应的信号通路条目信息 | 第35-39页 |
| 2.3.4 TTD数据库其它功能介绍及其数据的更新和获取 | 第39-40页 |
| 2.3.5 创新药物靶点的发现趋势分析 | 第40-41页 |
| 2.4 本章小结 | 第41-44页 |
| 3 基于药物—靶点网络的人类激酶组中多靶点药物和组合药物的靶点识别和对比研究 | 第44-60页 |
| 3.1 引言 | 第44-45页 |
| 3.2 材料和方法 | 第45-47页 |
| 3.2.1 数据收集与预处理 | 第45-46页 |
| 3.2.2 药物—靶点相互作用网络的构建 | 第46页 |
| 3.2.3 药物靶点系统进化树构建 | 第46-47页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第47-59页 |
| 3.3.1 人类激酶组中多靶点药物和组合药物成功药靶的分布 | 第47-49页 |
| 3.3.2 已批准多靶点和组合药物的药物—靶点相互作用网络 | 第49-54页 |
| 3.3.3 多靶点和组合药物靶点的系统进化树和生物化学类别分析 | 第54-56页 |
| 3.3.4 多靶点药物和组合药物治疗疾病分类的药物—靶点网络 | 第56-59页 |
| 3.4 本章小结 | 第59-60页 |
| 4 基于网络药理学方法的人类激酶组药物靶点系统图谱研究 | 第60-78页 |
| 4.1 引言 | 第60-61页 |
| 4.2 材料和方法 | 第61-63页 |
| 4.2.1 数据收集与预处理 | 第61页 |
| 4.2.2 成功靶点和临床靶点系统图谱比较 | 第61-62页 |
| 4.2.3 构建药物—靶点相互作用网络 | 第62-63页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第63-75页 |
| 4.3.1 成功激酶靶点和临床激酶靶点在人类激酶组中的分布 | 第63-65页 |
| 4.3.2 成功激酶靶点和临床激酶靶点系统图谱的对比分析 | 第65-70页 |
| 4.3.3 批准药物和临床试验药物结构和物理化学属性分析 | 第70-73页 |
| 4.3.4 靶向激酶的已批准和临床试验药物的药物—靶点互作网络分析 | 第73-75页 |
| 4.4 本章小结 | 第75-78页 |
| 5 全文总结及后续工作展望 | 第78-80页 |
| 致谢 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-96页 |
| 附录 | 第96-103页 |
| A. 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第96-97页 |
| B. 附图 1：TTD数据库主页 | 第97-98页 |
| C. 附图 2：TTD数据库靶点“Glucokinase”页面 | 第98-101页 |
| D. 附图 3：TTD数据库药物“Buparlisib”页面 | 第101-103页 |
