| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩略词表 | 第13-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-37页 |
| 1 课题的提出 | 第15-16页 |
| 2 果实成熟调控研究进展 | 第16-29页 |
| 2.1 果实成熟类型 | 第16-17页 |
| 2.2 果实成熟调控相关因素 | 第17-29页 |
| 3 柑橘芽变发掘与利用 | 第29-31页 |
| 3.1 芽变及其在柑橘中的利用状况 | 第29页 |
| 3.2 柑橘芽变研究进展 | 第29-30页 |
| 3.3 柑橘熟期突变体的研究进展 | 第30-31页 |
| 4 果实成熟分子机理研究技术及其在柑橘上的应用 | 第31-35页 |
| 4.1 转录组学 | 第31-32页 |
| 4.2 蛋白质组学 | 第32-34页 |
| 4.3 Small RNA组和降解组学 | 第34-35页 |
| 5 本研究的目的及内容 | 第35-37页 |
| 5.1 研究目的和意义 | 第35-36页 |
| 5.2 研究内容和技术路线 | 第36-37页 |
| 第二章 脐橙晚熟突变体及其野生型转录组与蛋白质组分析 | 第37-80页 |
| 1 前言 | 第37-39页 |
| 2 材料与方法 | 第39-48页 |
| 2.1 材料 | 第39页 |
| 2.2 方法 | 第39-48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-73页 |
| 3.1 MT和WT在果实成熟过程中可溶性糖、有机酸和叶绿素的变化 | 第48-51页 |
| 3.2 RNA-seq数据分析 | 第51-64页 |
| 3.3 柑橘果实成熟过程中内源ABA水平对ABA、乙烯生物合成及信号转导相关基因的转录调控 | 第64-67页 |
| 3.4 蛋白质组分析 | 第67-71页 |
| 3.5 转录组和蛋白质组关联分析 | 第71-73页 |
| 4 讨论 | 第73-80页 |
| 4.1 ABA在果实成熟过程中的调控作用 | 第75-76页 |
| 4.2 乙烯在果实成熟过程中的调控作用 | 第76-77页 |
| 4.3 糖对果实成熟的调控 | 第77页 |
| 4.4 细胞壁代谢途径在果实成熟过程中变化 | 第77-78页 |
| 4.5 果实成熟过程中其他的调控因子 | 第78-80页 |
| 第三章 柑橘果实成熟过程中重要转录因子的鉴定 | 第80-98页 |
| 1 前言 | 第80-82页 |
| 2 材料与方法 | 第82-83页 |
| 2.1 转录因子的分离、鉴定和分析 | 第82页 |
| 2.2 基因网络构建 | 第82-83页 |
| 2.3 RNA提取及qRT-PCR分析 | 第83页 |
| 3 结果与分析 | 第83-94页 |
| 3.1 果实成熟过程中差异表达转录因子鉴定 | 第83-87页 |
| 3.2 采用WGCNA进行共表达网络分析 | 第87-91页 |
| 3.3 MT和WT之间差异表达转录因子分析 | 第91-92页 |
| 3.4 候选转录因子表达分析 | 第92-94页 |
| 4 讨论 | 第94-98页 |
| 第四章 脐橙晚熟突变体及其野生型microRNA及降解组分析 | 第98-118页 |
| 1 前言 | 第98-100页 |
| 2 材料与方法 | 第100-103页 |
| 2.1 材料和RNA提取 | 第100页 |
| 2.2 Small RNA和降解组文库构建及测序 | 第100-101页 |
| 2.3 测序数据生物信息学分析 | 第101-102页 |
| 2.4 已知miRNAs和新miRNAs鉴定及差异分析 | 第102-103页 |
| 2.5 TasiRNA预测 | 第103页 |
| 3 结果与分析 | 第103-115页 |
| 3.1 sRNAs测序及数据总结 | 第103-104页 |
| 3.2 降解组测序及数据总结 | 第104-105页 |
| 3.3 MT和WT中已知miRNAs鉴定及表达分析 | 第105-107页 |
| 3.4 MT和WT中新miRNAs鉴定及表达分析 | 第107页 |
| 3.5 已知miRNA及新miRNA靶基因预测 | 第107-113页 |
| 3.6 PHAS基因及tasiRNAs鉴定 | 第113-115页 |
| 4 讨论 | 第115-118页 |
| 第五章 总讨论 | 第118-121页 |
| 参考文献 | 第121-142页 |
| 附录Ⅰ MT和WT之间差异表达基因集合 | 第142-168页 |
| 附录Ⅱ 在 170、190 和 210 DAF三个时期多于3个在MT和WT之间差异表达基因的KEGG代谢途径 | 第168-170页 |
| 附录Ⅲ 在三个发育时期MT和WT中差异表达蛋白 | 第170-176页 |
| 附录Ⅳ 已知mi RNAs表达量、序列、pre-miRNA及MT与WT之间差异表达分析 | 第176-181页 |
| 附录Ⅴ 已知miRNAs二级结构 | 第181-183页 |
| 附录Ⅵ 新miRNAs二级结构 | 第183-184页 |
| 附录Ⅶ WT两个生物学重复预测phasiRNA总结 | 第184-188页 |
| 附录Ⅷ MT两个生物学重复预测phasiRNA总结 | 第188-193页 |
| 附录Ⅸ 攻读博士期间发表论文 | 第193-195页 |
| 致谢 | 第195-197页 |
