| 中文摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-42页 |
| 1.1 柑橘病毒病及其它两种病毒病的研究概述 | 第14-23页 |
| 1.1.1 柑橘病毒病及疑似病毒病害 | 第14-21页 |
| 1.1.2 黄瓜花叶病毒 | 第21页 |
| 1.1.3 芜菁花叶病毒 | 第21-23页 |
| 1.2 植物病毒检测技术 | 第23-31页 |
| 1.2.1 生物学鉴定法 | 第23-24页 |
| 1.2.2 电子显微镜检测法 | 第24页 |
| 1.2.3 血清学方法 | 第24-25页 |
| 1.2.4 分子生物学方法 | 第25-27页 |
| 1.2.5 深度测序技术 | 第27-31页 |
| 1.3 基因沉默 | 第31-42页 |
| 1.3.1 植物基因沉默概述 | 第31-32页 |
| 1.3.2 基因沉默通路上的重要元件 | 第32-36页 |
| 1.3.3 小RNA的分类 | 第36-38页 |
| 1.3.4 植物病毒介导的植物抗病毒基因沉默 | 第38-42页 |
| 第二章 引言 | 第42-44页 |
| 第三章 利用小RNA深度测序鉴定柑橘黄化脉明病毒 | 第44-64页 |
| 3.1 技术路径 | 第44-45页 |
| 3.2 材料与方法 | 第45-47页 |
| 3.2.1 感病样品材料 | 第45页 |
| 3.2.2 常用试剂、耗材及仪器 | 第45-47页 |
| 3.2.3 PCR引物序列 | 第47页 |
| 3.3 实验方法 | 第47-54页 |
| 3.3.1 柑橘总RNA的抽提 | 第47页 |
| 3.3.2 逆转录PCR | 第47-48页 |
| 3.3.3 RACE方法 | 第48-51页 |
| 3.3.4 PCR产物割胶回收 | 第51页 |
| 3.3.5 T-载体连接 | 第51-52页 |
| 3.3.6 蓝白斑筛选 | 第52-53页 |
| 3.3.7 质粒抽提 | 第53页 |
| 3.3.8 核酸序列分析 | 第53页 |
| 3.3.9 小RNA表达谱分析 | 第53-54页 |
| 3.4 结果与分析 | 第54-62页 |
| 3.4.1 RNA质量检测 | 第54页 |
| 3.4.2 病毒小RNA拼接 | 第54-56页 |
| 3.4.3 CYVCV基因组分析 | 第56-59页 |
| 3.4.4 CYVCV单独侵染柠檬 | 第59页 |
| 3.4.5 vsiRNAs分布特征 | 第59-60页 |
| 3.4.6 vsiRNAs 5’-端碱基偏好性分析 | 第60-62页 |
| 3.5 讨论 | 第62-64页 |
| 第四章 小RNA深度测序技术鉴定柑橘褪绿矮缩病毒 | 第64-80页 |
| 4.1 技术路径 | 第64页 |
| 4.2 材料与方法 | 第64-65页 |
| 4.2.1 植物病毒材料 | 第64页 |
| 4.2.2 常用试剂 | 第64-65页 |
| 4.2.3 探针及引物序列 | 第65页 |
| 4.3 实验方法 | 第65-67页 |
| 4.3.1 柑橘总RNA的抽提 | 第65页 |
| 4.3.2 柑橘总DNA的抽提 | 第65-66页 |
| 4.3.3 引物设计 | 第66页 |
| 4.3.4 PCR反应 | 第66页 |
| 4.3.5 分子克隆 | 第66页 |
| 4.3.6 质粒抽提 | 第66-67页 |
| 4.3.7 基因组分析方法 | 第67页 |
| 4.3.8 小RNA数据分析 | 第67页 |
| 4.4 结果与分析 | 第67-78页 |
| 4.4.1 RNA样品质量检测 | 第67页 |
| 4.4.2 基因组序列拼接 | 第67-69页 |
| 4.4.3 基因组分析 | 第69-73页 |
| 4.4.4 vsi RNAs表达谱 | 第73-75页 |
| 4.4.5 内含子结构预测分析 | 第75-78页 |
| 4.5 讨论 | 第78-80页 |
| 第五章 TuMV诱导的拟南芥抗病毒新机制的研究 | 第80-108页 |
| 5.1 本章实验技术路线 | 第80-81页 |
| 5.2 材料与方法 | 第81-83页 |
| 5.2.1 植物材料 | 第81页 |
| 5.2.2 病毒材料 | 第81页 |
| 5.2.3 常用试剂 | 第81-82页 |
| 5.2.4 主要仪器设备 | 第82-83页 |
| 5.2.5 Northern杂交所用到的探针序列- | 第83页 |
| 5.3 实验方法 | 第83-92页 |
| 5.3.1 农杆菌侵染 | 第83-84页 |
| 5.3.2 TuMV-GFP病毒粒子抽提 | 第84页 |
| 5.3.3 病毒接种 | 第84-85页 |
| 5.3.4 拟南芥RNA抽提 | 第85-86页 |
| 5.3.5 小RNA克隆 | 第86-88页 |
| 5.3.6 小RNA数据分析 | 第88页 |
| 5.3.7 Northern杂交方法 | 第88-92页 |
| 5.4 结果与分析 | 第92-105页 |
| 5.4.1 TuMV诱导拟南芥产生一类 21-nts的小RNA | 第92-95页 |
| 5.4.2 vasiRNAs的产生依赖于RDR1 | 第95-96页 |
| 5.4.3 vasiRNAs的实验验证 | 第96-97页 |
| 5.4.4 RDR1的靶标基因 | 第97-103页 |
| 5.4.5 CYVCV诱导的柠檬内源小RNA的表达 | 第103-105页 |
| 5.5 讨论 | 第105-108页 |
| 第六章 讨论及结论 | 第108-110页 |
| 6.1 讨论 | 第108-109页 |
| 6.2 结论 | 第109-110页 |
| 第七章 创新点及前景展望 | 第110-112页 |
| 7.1 创新点 | 第110页 |
| 7.2 前景展望 | 第110-112页 |
| 参考文献 | 第112-136页 |
| 附录I 论文中常见的英文名缩写及中文对照 | 第136-138页 |
| 附录II 本论文中部分病毒的斜体与非斜体附表 | 第138-139页 |
| 附录III 拟南芥內源小RNA的探针序列信息 | 第139-140页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及科研课题参加情况 | 第140-142页 |
| 作者简介 | 第142-144页 |
| 致谢 | 第144-147页 |
