| 中文摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第14-36页 |
| 1.1 淀粉样蛋白沉积及淀粉样变病 | 第14-18页 |
| 1.1.1 阿尔茨海默症及β-淀粉样蛋白和Tau蛋白 | 第14-16页 |
| 1.1.2 朊病毒病及朊蛋白 | 第16-18页 |
| 1.1.3 Ⅱ-型糖尿病及胰岛淀粉样多肽 | 第18页 |
| 1.2 蛋白的错误折叠和聚集及淀粉样变病的研究进展 | 第18-25页 |
| 1.2.1 淀粉样变病相关蛋白发生错误折叠和聚集的普遍机理 | 第18-21页 |
| 1.2.2 蛋白质发生错误折叠和聚集的危害 | 第21-23页 |
| 1.2.3 阻止蛋白质发生错误折叠和聚集的策略 | 第23-25页 |
| 1.3 分子模拟在淀粉样变病相关蛋白的错误折叠及聚集中的应用 | 第25-29页 |
| 1.3.1 淀粉样变病相关蛋白的分子模拟研究 | 第25-26页 |
| 1.3.2 朊蛋白相关研究 | 第26-28页 |
| 1.3.3 胰岛淀粉样多肽相关研究 | 第28-29页 |
| 1.4 分子动力学模拟方法概述 | 第29-36页 |
| 1.4.1 分子力场 | 第29-30页 |
| 1.4.2 分子动力学 | 第30-32页 |
| 1.4.3 非键相互作用能的处理及边界条件 | 第32-33页 |
| 1.4.4 溶剂效应 | 第33页 |
| 1.4.5 调温和调压技术 | 第33-34页 |
| 1.4.6 分子动力学模拟的基本流程 | 第34页 |
| 1.4.7 分子动力学模拟方法的应用展望 | 第34-36页 |
| 第二章 致病性突变T188K/R/A对prion的结构稳定性和错误折叠的影响 | 第36-48页 |
| 2.1 背景介绍 | 第36页 |
| 2.2 实验方法及步骤 | 第36-39页 |
| 2.2.1 初始结构准备 | 第36-37页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟 | 第37-38页 |
| 2.2.3 分析方法 | 第38-39页 |
| 2.3 结果讨论 | 第39-47页 |
| 2.3.1 野生型和突变型PrP的整体稳定性 | 第39页 |
| 2.3.2 局部结构特征 | 第39-42页 |
| 2.3.3 二级结构的稳定性 | 第42-47页 |
| 2.3.4 突变所引起的共同的和特有的错误折叠特征 | 第47页 |
| 2.4 本章小结 | 第47-48页 |
| 第三章 致病性突变D202N、E211Q和Q217R对prion的结构和热力学稳定性的影响 | 第48-58页 |
| 3.1 背景介绍 | 第48-49页 |
| 3.2 实验方法及步骤 | 第49-50页 |
| 3.2.1 体系搭建和分子动力学模拟 | 第49页 |
| 3.2.2 轨迹分析 | 第49页 |
| 3.2.3 MM-GBSA计算 | 第49-50页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第50-55页 |
| 3.3.1 结构特征 | 第50-53页 |
| 3.3.2 热力学性质 | 第53-55页 |
| 3.4 讨论 | 第55-57页 |
| 3.4.1 突变对朊蛋白球形结构域性质的影响 | 第55-56页 |
| 3.4.2 起始构象和模拟条件的局限性 | 第56-57页 |
| 3.5 本章小结 | 第57-58页 |
| 第四章 胰岛淀粉样多肽片段(IAPP_(22-28))低聚体的结构及其稳定性：从二聚体到16聚体 | 第58-74页 |
| 4.1 背景介绍 | 第58页 |
| 4.2 实验方法及步骤 | 第58-59页 |
| 4.3 结果分析 | 第59-71页 |
| 4.3.1 IAPP_(22-28)低聚体的结构稳定性 | 第59-69页 |
| 4.3.2 无序多肽的动态聚集 | 第69-71页 |
| 4.4 讨论 | 第71-73页 |
| 4.5 本章小结 | 第73-74页 |
| 第五章 碳纳米颗粒对胰岛淀粉样多肽片段(IAPP_(22-28))聚集的影响的分子动力学模拟研究 | 第74-87页 |
| 5.1 背景介绍 | 第74-75页 |
| 5.2 实验方法及步骤 | 第75-76页 |
| 5.2.1 模型的搭建和分子动力学模拟 | 第75-76页 |
| 5.2.2 轨迹分析 | 第76页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第76-85页 |
| 5.3.1 低聚体的动态聚集(无纳米颗粒) | 第76-79页 |
| 5.3.2 有效吸附是IAPP_(22-28)与碳纳米颗粒相互作用的第一阶段 | 第79-82页 |
| 5.3.3 纳米颗粒使低聚体的β-sheet含量降低并抑制低聚体的形成 | 第82-84页 |
| 5.3.4 表面曲率和表面积大小对纳米颗粒和IAPP_(22-28)相互作用的影响 | 第84-85页 |
| 5.4 本章小结 | 第85-87页 |
| 第六章 结论与展望 | 第87-89页 |
| 6.1 主要结论 | 第87页 |
| 6.2 研究展望 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-106页 |
| 在学期间的研究成果 | 第106-108页 |
| 作者简介 | 第108-109页 |
| 致谢 | 第109页 |
