| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 研究背景与文献综述 | 第13-42页 |
| 1.1 引言 | 第13-14页 |
| 1.2 P-糖蛋白简介 | 第14-17页 |
| 1.2.1 P-糖蛋白的表达 | 第14-15页 |
| 1.2.2 P-糖蛋白的结构 | 第15-17页 |
| 1.3 P-糖蛋白的功能 | 第17-22页 |
| 1.3.1 P-糖蛋白的底物 | 第17-18页 |
| 1.3.2 P-糖蛋白结合底物的方式 | 第18-20页 |
| 1.3.3 P-糖蛋白外排底物的方式 | 第20-22页 |
| 1.4 P-糖蛋白研究进展 | 第22-25页 |
| 1.4.1 P-糖蛋白的实验研究进展 | 第22-23页 |
| 1.4.2 P-糖蛋白的计算化学研究进展 | 第23-25页 |
| 1.5 选题意义和本论文工作 | 第25-27页 |
| 参考文献 | 第27-42页 |
| 第二章 分子动力学模拟方法 | 第42-67页 |
| 2.1 分子模拟简介 | 第42-43页 |
| 2.2 分子动力学模拟基本原理和算法 | 第43-51页 |
| 2.2.1 基本原理 | 第44页 |
| 2.2.2 运动方程求解 | 第44-46页 |
| 2.2.3 周期性边界 | 第46-47页 |
| 2.2.4 系综 | 第47-48页 |
| 2.2.5 控温控压方法 | 第48-50页 |
| 2.2.6 分子动力学基本流程 | 第50-51页 |
| 2.3 力场 | 第51-54页 |
| 2.4 操控式分子动力学和随机加速分子动力学 | 第54-56页 |
| 2.4.1 SMD | 第54-55页 |
| 2.4.2 RAMD | 第55-56页 |
| 2.5 自由能计算方法 | 第56-59页 |
| 2.5.1 自由能计算介绍 | 第56-57页 |
| 2.5.2 伞状取样法 | 第57页 |
| 2.5.3 自由能微扰法 | 第57-58页 |
| 2.5.4 热力学积分 | 第58-59页 |
| 2.5.5 Metadynamics | 第59页 |
| 2.6 分子对接方法 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 第三章 P-糖蛋白与抗癌药物在结合口袋附近的分子动力学研究 | 第67-84页 |
| 3.1 引言 | 第67-68页 |
| 3.2 模拟方法 | 第68-71页 |
| 3.3 紫杉醇和P-糖蛋白的MD模拟 | 第71-76页 |
| 3.4 阿霉素和P-糖蛋白的MD模拟 | 第76-80页 |
| 3.5 本章小结 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-84页 |
| 第四章 抗癌药物进入P-糖蛋白结合口袋的过程中的路径,通道,关卡 | 第84-100页 |
| 4.1 引言 | 第84-85页 |
| 4.2 模拟方法 | 第85-86页 |
| 4.3 RAMD探索紫杉醇与P-糖蛋白相互作用 | 第86-89页 |
| 4.4 RAMD探索阿霉素与P-糖蛋白相互作用 | 第89-91页 |
| 4.5 紫杉醇和P-糖蛋白相互作用的metadynamics计算 | 第91-94页 |
| 4.6 阿霉素和P-糖蛋白相互作用的metadynamics计算 | 第94-96页 |
| 4.7 本章小结 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-100页 |
| 第五章 多种药物和多个药物与P-糖蛋白的相互作用研究 | 第100-124页 |
| 5.1 引言 | 第100-101页 |
| 5.2 模拟方法 | 第101-103页 |
| 5.3 两个紫杉醇以及三个紫杉醇在位点处的模拟 | 第103-107页 |
| 5.4 两个阿霉素以及三个阿霉素在位点处的模拟 | 第107-111页 |
| 5.5 两个索拉非尼以及三个索拉非尼在位点处的模拟 | 第111-115页 |
| 5.6 十种不同logP值的药物在结合口袋里面的相互作用 | 第115-120页 |
| 5.7 本章小结 | 第120-122页 |
| 参考文献 | 第122-124页 |
| 第六章 总结与展望 | 第124-127页 |
| 6.1 工作小结 | 第124-125页 |
| 6.2 展望 | 第125-127页 |
| 致谢 | 第127-129页 |
| 博士期间发表论文 | 第129页 |
