| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-36页 |
| 1.1 植物病原卵菌 | 第13-14页 |
| 1.2 植物-病原物互作研究 | 第14-22页 |
| 1.2.1 植物-病原菌互作的分子基础简介 | 第14-16页 |
| 1.2.2 PAMP激发的植物免疫反应 | 第16-18页 |
| 1.2.3 效应分子激发的植物免疫反应 | 第18-22页 |
| 1.3 疫霉菌的基因组学和转录组学 | 第22-25页 |
| 1.3.1 疫霉菌的基因组学 | 第22-24页 |
| 1.3.2 疫霉菌的转录组学 | 第24-25页 |
| 1.4 小RNA与基因沉默 | 第25-29页 |
| 1.4.1 小RNA概况 | 第25-28页 |
| 1.4.2 小RNA通路核心蛋白DCL和AGO | 第28-29页 |
| 1.5 疫霉小RNA研究 | 第29-34页 |
| 1.5.1 疫霉表观遗传和RNAi介导的基因沉默 | 第29-31页 |
| 1.5.2 疫霉基因沉默通路相关基因的研究 | 第31-33页 |
| 1.5.3 疫霉小RNA的研究 | 第33-34页 |
| 1.6 本研究的目的与意义 | 第34-36页 |
| 第二章 寄生疫霉菌25-26nt小RNA累积与大量内源基因的沉默密切相关 | 第36-68页 |
| 2.1 材料与方法 | 第37-44页 |
| 2.1.1 供试菌株和植物材料 | 第37页 |
| 2.1.2 培养基和试剂 | 第37-38页 |
| 2.1.3 寄生疫霉菌培养、菌丝收集以及游动孢子制备 | 第38页 |
| 2.1.4 拟南芥培养 | 第38页 |
| 2.1.5 拟南芥根部接菌 | 第38-39页 |
| 2.1.6 总RNA提取 | 第39页 |
| 2.1.7 小RNA文库构建和高通量测序 | 第39页 |
| 2.1.8 mRNA文库构建和高通量测序 | 第39页 |
| 2.1.9 定量PCR | 第39-40页 |
| 2.1.10 小RNA数据基础分析流程 | 第40-42页 |
| 2.1.11 转录组分析基本流程 | 第42页 |
| 2.1.12 其他生信分析方法 | 第42-44页 |
| 2.2 结果 | 第44-64页 |
| 2.2.1 寄生疫霉菌小RNA测序和鉴定 | 第44-47页 |
| 2.2.2 大量内源基因累积25-26nt小RNA | 第47-53页 |
| 2.2.3 25-26nt小RNA可能调节大量寄生疫霉菌特异的基因和效应蛋白 | 第53-56页 |
| 2.2.4 25-26nt小RNA和重复序列相关 | 第56-58页 |
| 2.2.5 高表达基因来源的21nt小RNA | 第58-61页 |
| 2.2.6 致病疫霉菌25-26nt小RNA也与基因沉默密切相关 | 第61-64页 |
| 2.3 讨论 | 第64-68页 |
| 2.3.1 多样的寄生疫霉菌内源小RNA | 第64-65页 |
| 2.3.2 25-26nt小RNA与大量内源基因沉默密切相关 | 第65-67页 |
| 2.3.3 寄生疫霉菌21nt小RNA | 第67-68页 |
| 第三章 寄生疫霉菌侵染阶段转录组分析 | 第68-91页 |
| 3.1 材料与方法 | 第68-71页 |
| 3.1.1 供试菌株和植物材料 | 第68页 |
| 3.1.2 本氏烟种植与离体叶片接菌 | 第68-69页 |
| 3.1.3 RNA提取、定量PCR以及转录组测序 | 第69页 |
| 3.1.4 转录组分析基本流程以及其他生信分析方法 | 第69-71页 |
| 3.2 结果 | 第71-87页 |
| 3.2.1 寄生疫霉菌侵染本氏烟转录组测序 | 第71-73页 |
| 3.2.2 复杂的基因表达动态 | 第73-76页 |
| 3.2.3 侵染阶段差异表达基因功能分析 | 第76-79页 |
| 3.2.4 致病相关基因表达模式分析 | 第79-87页 |
| 3.3 讨论 | 第87-91页 |
| 第四章 寄生疫霉菌侵染的本氏烟转录组分析 | 第91-108页 |
| 4.1 材料与方法 | 第91-92页 |
| 4.1.1 实验材料、接菌方法和转录组测序 | 第91页 |
| 4.1.2 定量PCR | 第91页 |
| 4.1.3 转录组分析基本流程 | 第91-92页 |
| 4.1.4 其他生信分析 | 第92页 |
| 4.2 结果 | 第92-104页 |
| 4.2.1 本氏烟基因转录本组装 | 第92-93页 |
| 4.2.2 寄生疫霉菌侵染导致本氏烟大量基因差异表达 | 第93-97页 |
| 4.2.3 防御反应和多种激素相关基因在侵染阶段显著诱导表达 | 第97-99页 |
| 4.2.4 蛋白分泌、蛋白修饰和分解代谢过程相关基因在侵染阶段上调表达 | 第99页 |
| 4.2.5 大量生物合成相关基因在侵染阶段下调表达 | 第99-100页 |
| 4.2.6 激活的保守防御反应通路不足以抵抗病原物侵染 | 第100-103页 |
| 4.2.7 转录因子和蛋白激酶的鉴定和表达情况 | 第103-104页 |
| 4.3 讨论 | 第104-108页 |
| 第五章 结论 | 第108-110页 |
| 5.1 结论 | 第108-109页 |
| 5.2 创新点 | 第109页 |
| 5.3 研究展望 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-131页 |
| 附录 | 第131-134页 |
| 一、拟南芥抗寄生疫霉菌T-DNA插入突变体的鉴定和相关基因克隆 | 第131页 |
| 二、响应寄生疫霉菌侵染的本氏烟miRNA的鉴定 | 第131-134页 |
| 致谢 | 第134-135页 |
| 作者简介及攻读期成果 | 第135页 |
