| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩写英文对照表 | 第7-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-20页 |
| 1.1 全基因组选择(GS) | 第10-16页 |
| 1.1.1 全基因组选择的概念 | 第10-11页 |
| 1.1.2 全基因组选择的特点 | 第11-12页 |
| 1.1.3 全基因组选择的使用 | 第12-13页 |
| 1.1.4 影响GS的因素 | 第13-14页 |
| 1.1.5 基因组选择的应用现状 | 第14-16页 |
| 1.2 全基因组选择技术在动物育种的前景 | 第16-18页 |
| 1.2.1 GS在猪育种中的前景 | 第16-17页 |
| 1.2.2 GS在动物育种上面临的挑战 | 第17页 |
| 1.2.3 GS在动物育种中的实施建议 | 第17-18页 |
| 1.3 研究目的与意义 | 第18页 |
| 1.4 创新点 | 第18-20页 |
| 第二章 基因组选择与全基因组关联分析 | 第20-43页 |
| 2.1 材料与方法 | 第20-25页 |
| 2.1.1 实验对象 | 第20-21页 |
| 2.1.2 基因型芯片数据 | 第21-22页 |
| 2.1.3 表象校正 | 第22-23页 |
| 2.1.4 基因组育种值(GEBV)估计 | 第23-24页 |
| 2.1.5 估计准确性的评价 | 第24页 |
| 2.1.6 全基因组关联分析(GWAS) | 第24-25页 |
| 2.2 结果与分析 | 第25-37页 |
| 2.2.1 表型校正 | 第25-28页 |
| 2.2.2 基因组质量控制 | 第28-31页 |
| 2.2.3 ST-Bayes算法的育种值估计 | 第31-33页 |
| 2.2.4 全基因组关联分析 | 第33-37页 |
| 2.3 讨论 | 第37-41页 |
| 2.3.1 准确性衡量 | 第37-39页 |
| 2.3.2 基因组育种值估计 | 第39-40页 |
| 2.3.3 基因组育种值估计的性能 | 第40-41页 |
| 2.3.4 全基因组关联分析 | 第41页 |
| 4 本章小结 | 第41-43页 |
| 第三章 位点筛选研究 | 第43-57页 |
| 3.1 材料与方法 | 第43-46页 |
| 3.1.1 基于交叉验证(CV)的预测预测确性(PA) | 第43-46页 |
| 3.2 结果与分析 | 第46-52页 |
| 3.2.1 交叉验证的参数优化 | 第46-49页 |
| 3.2.2 CV的两种算法准确性比较 | 第49-51页 |
| 3.2.3 五个性状基于四种不同策略筛选位点的GEBV估计 | 第51-52页 |
| 3.3 讨论 | 第52-56页 |
| 3.3.1 PA的准确性衡量 | 第52-53页 |
| 3.3.2 交叉验证的性能及相关参数 | 第53-54页 |
| 3.3.3 位点筛选策略 | 第54-56页 |
| 3.4 本章结论 | 第56-57页 |
| 3.4.1 交叉验证及其参数优化 | 第56页 |
| 3.4.2 筛选位点研究 | 第56-57页 |
| 第四章 全文小结 | 第57-60页 |
| 4.1 全文结论 | 第57-58页 |
| 4.2 动物育种工作未来的研究展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-67页 |
| 附录 | 第67-82页 |
| 致谢 | 第82-83页 |
| 作者简介 | 第83页 |