| 中文摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 缩略词表 | 第11-19页 |
| 第一章 文献综述 | 第19-35页 |
| 1 羊地方性鼻内腺瘤研究进展 | 第19-28页 |
| 1.1 病原学 | 第19-25页 |
| 1.1.1 病毒分类地位 | 第19-20页 |
| 1.1.2 病毒的形态特征及分布 | 第20-21页 |
| 1.1.3 基因组结构及功能 | 第21-24页 |
| 1.1.4 病毒的分子生物学特性 | 第24-25页 |
| 1.2 流行病学 | 第25页 |
| 1.3 临床症状 | 第25-26页 |
| 1.4 病理变化 | 第26-27页 |
| 1.4.1 眼观病变 | 第26-27页 |
| 1.4.2 组织病理学特征 | 第27页 |
| 1.5 诊断及防治 | 第27-28页 |
| 2 基于高通量测序的转录组分析在肿瘤研究中的应用 | 第28-32页 |
| 2.1 高通量测序技术简介 | 第29-30页 |
| 2.1.1 454高通量测序技术 | 第29-30页 |
| 2.1.2 Solexa测序技术 | 第30页 |
| 2.1.3 SOLiD测序技术 | 第30页 |
| 2.2 基于高通量测序技术的肿瘤转录组研究简介 | 第30-32页 |
| 2.2.1 转录组测序的研究的应用 | 第31页 |
| 2.2.2 肿瘤转录组研究现状 | 第31-32页 |
| 3 小结 | 第32-34页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第34-35页 |
| 第二章 山羊鼻内腺瘤病毒全基因组序列测定及分析 | 第35-98页 |
| 1 材料 | 第35-39页 |
| 1.1 组织材料、细菌及载体 | 第35-36页 |
| 1.2 主要试剂 | 第36页 |
| 1.3 主要溶液的配制 | 第36-38页 |
| 1.4 主要实验仪器 | 第38-39页 |
| 2 方法 | 第39-46页 |
| 2.1 ENTV基因组序列扩增及测序 | 第39-46页 |
| 2.1.1 引物设计与合成 | 第39页 |
| 2.1.2 肿瘤组织总RNA的提取 | 第39-40页 |
| 2.1.3 总RNA中基因组DNA清除 | 第40-41页 |
| 2.1.4 RT-PCR扩增 | 第41-42页 |
| 2.1.5 目的基因的回收纯化 | 第42-43页 |
| 2.1.6 目的基因与pMD19-T载体的连接 | 第43页 |
| 2.1.7 重组质粒的转化 | 第43-44页 |
| 2.1.8 菌落PCR鉴定 | 第44页 |
| 2.1.9 重组质粒的抽提 | 第44-45页 |
| 2.1.10 重组质粒的酶切鉴定 | 第45-46页 |
| 2.1.11 ENTV基因组序列测定 | 第46页 |
| 2.2 ENTV基因组序列测定和拼接 | 第46页 |
| 2.3 ENTV基因组序列的分析 | 第46页 |
| 3 结果 | 第46-93页 |
| 3.1 ENTV基因组序列扩增和测序 | 第46-50页 |
| 3.2 ENTV全基因序列拼接 | 第50页 |
| 3.3 ENTV基因组序列的分析 | 第50-93页 |
| 3.3.1 ENTV全基因组全序列分析 | 第50-67页 |
| 3.3.2 LTR序列分析 | 第67-72页 |
| 3.3.3 gag核苷酸及氨基酸序列分析 | 第72-76页 |
| 3.3.4 pro核苷酸及氨基酸序列分析 | 第76-79页 |
| 3.3.5 pol核苷酸及氨基酸序列分析 | 第79-84页 |
| 3.3.6 env核苷酸及氨基酸序列分析 | 第84-89页 |
| 3.3.7 ENTV基因组与JSRV对比分析 | 第89-93页 |
| 4 讨论 | 第93-97页 |
| 5 小结 | 第97-98页 |
| 第三章 山羊内源性逆转录病毒全基因组序列测定及分析 | 第98-118页 |
| 1 材料 | 第98-99页 |
| 1.1 菌种、质粒和组织材料 | 第98页 |
| 1.2 主要试剂 | 第98-99页 |
| 1.3 主要溶液的配制 | 第99页 |
| 1.4 主要实验仪器 | 第99页 |
| 2 方法 | 第99-103页 |
| 2.1 enENTV基因序列扩增和测序 | 第99-103页 |
| 2.1.1 引物设计与合成 | 第99-100页 |
| 2.1.2 肾脏组织基因组DNA的提取 | 第100页 |
| 2.1.3 enENTV基因序列扩增 | 第100-101页 |
| 2.1.4 目的基因的回收纯化 | 第101页 |
| 2.1.5 目的基因与pMD19-T载体的连接 | 第101-102页 |
| 2.1.6 重组质粒的转化 | 第102页 |
| 2.1.7 菌落PCR鉴定 | 第102页 |
| 2.1.8 重组质粒的抽提 | 第102页 |
| 2.1.9 重组质粒的质粒PCR鉴定 | 第102-103页 |
| 2.1.10 ENTV基因组序列测定 | 第103页 |
| 2.2 enENTV基因组序列测定和拼接 | 第103页 |
| 2.3 enENTV基因组序列的分析 | 第103页 |
| 3 结果 | 第103-115页 |
| 3.1 enENTV基因组序列的扩增和测序 | 第103-105页 |
| 3.2 enENTV全基因序列拼接 | 第105-106页 |
| 3.3 enENTV基因组序列的分析 | 第106-115页 |
| 3.3.1 enENTV全基因组全序列分析 | 第106-108页 |
| 3.3.2 enENTV编码蛋白质分析 | 第108-110页 |
| 3.3.3 enENTV与ENTV-2基因组序列比对分析 | 第110-113页 |
| 3.3.4 enENTV与enENTV-2基因组序列比对分析 | 第113-115页 |
| 4 讨论 | 第115-117页 |
| 5 小结 | 第117-118页 |
| 第四章 ENTV-2 RT-PCR检测方法的建立 | 第118-126页 |
| 1 材料 | 第118-119页 |
| 1.1 组织材料、细菌及载体 | 第118-119页 |
| 1.2 主要试剂 | 第119页 |
| 1.3 主要溶液的配制 | 第119页 |
| 1.4 主要实验仪器 | 第119页 |
| 2 方法 | 第119-122页 |
| 2.1 引物设计与合成 | 第119-120页 |
| 2.2 ENTV-2 RNA及细菌DNA提取 | 第120页 |
| 2.3 RT-PCR扩增及反应条件优化 | 第120-121页 |
| 2.4 目的基因的测序鉴定 | 第121页 |
| 2.5 特异性、敏感性及重复性试验 | 第121-122页 |
| 2.6 验证性试验 | 第122页 |
| 3 结果 | 第122-124页 |
| 3.1 目的基因扩增 | 第122页 |
| 3.2 目的基因的测序鉴定 | 第122-123页 |
| 3.3 特异性、敏感性及重复性试验 | 第123-124页 |
| 3.4 验证性试验 | 第124页 |
| 4 讨论 | 第124-125页 |
| 5 小结 | 第125-126页 |
| 第五章 山羊鼻内腺瘤MIRNA测序及表达差异分析 | 第126-161页 |
| 1 材料 | 第126-128页 |
| 1.1 组织材料、菌株 | 第126-127页 |
| 1.2 主要试剂和溶液配制44 | 第127页 |
| 1.3 主要耗材 | 第127页 |
| 1.4 主要仪器设备 | 第127页 |
| 1.5 主要数据库及分析软件 | 第127页 |
| 1.6 PCR引物 | 第127-128页 |
| 2 方法 | 第128-136页 |
| 2.1 总RNA抽提 | 第128-129页 |
| 2.2 smallRNA高通量测序 | 第129-136页 |
| 2.2.1 Illumina深度测序的试验流程 | 第129页 |
| 2.2.2 Illumina深度测序的生物信息分析 | 第129-133页 |
| 2.2.3 部分候选miRNA的检测 | 第133-135页 |
| 2.2.4 miRNA表达谱的qPCR验证 | 第135-136页 |
| 3 结果与分析 | 第136-154页 |
| 3.1 山羊ENA肿瘤组织小分子RNA的深度测序 | 第136-154页 |
| 3.1.1 总RNA的提取结果 | 第136页 |
| 3.1.2 小分子RNA的序列信息 | 第136-139页 |
| 3.1.3 小RNA序列的分类注释 | 第139-140页 |
| 3.1.4 已知miRNA分析 | 第140-148页 |
| 3.1.5 山羊鼻黏膜组织中新发现的miRNA分析 | 第148-150页 |
| 3.1.6 部分候选miRNA的荧光定量PCR分析 | 第150-154页 |
| 4 讨论 | 第154-159页 |
| 4.1 Illumina测序数据的质量分析 | 第155页 |
| 4.2 miRNA的靶基因预测 | 第155-156页 |
| 4.3 部分重要miRNA靶基因的功能分析 | 第156-159页 |
| 5 小结 | 第159-161页 |
| 全文总结 | 第161-162页 |
| 全文创新点 | 第162-163页 |
| 参考文献 | 第163-173页 |
| 致谢 | 第173-174页 |
| 附录 | 第174-187页 |
| 攻读博士期间发表的论文 | 第187页 |
