| 中文摘要 | 第1-13页 |
| ABSTRACT | 第13-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-33页 |
| 1 断奶仔猪腹泻与水肿病研究简介 | 第18-24页 |
| ·断奶仔猪腹泻与水肿病流行病学 | 第18页 |
| ·造成断奶仔猪腹泻与水肿病的原因 | 第18-19页 |
| ·大肠杆菌F18菌株致病机理 | 第19-20页 |
| ·大肠杆菌F18菌株黏附受体研究进展 | 第20-21页 |
| ·中外猪种F18大肠杆菌抗性遗传基础的差异 | 第21-22页 |
| ·苏太猪及苏太猪极端表型资源家系群体简介 | 第22-24页 |
| 2 基因芯片 | 第24-28页 |
| ·基因芯片的产生 | 第24页 |
| ·基因芯片基本技术原理 | 第24-26页 |
| ·基因芯片目标样本的制备 | 第25页 |
| ·靶基因的杂交及其信号的检测 | 第25-26页 |
| ·Agilent猪4x44K全基因组芯片简介 | 第26页 |
| ·芯片数据的处理和生物信息学分析 | 第26-28页 |
| 3 差异蛋白质组学 | 第28-32页 |
| ·蛋白质组学及差异蛋白质组学发展简介 | 第28-29页 |
| ·二维凝胶电泳 | 第29-30页 |
| ·肽质量指纹图谱鉴定蛋白质技术及数据分析 | 第30页 |
| ·串联质谱鉴定蛋白质技术及数据分析 | 第30-31页 |
| ·差异蛋白质组学在生物医学上的应用 | 第31-32页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第32-33页 |
| 第二章 断奶仔猪F18大肠杆菌抗性和敏感性个体十二指肠差异基因的筛选与验证 | 第33-76页 |
| 第一节 苏太猪F18大肠杆菌抗性和敏感性全同胞个体的确定和验证 | 第34-40页 |
| 1 材料与方法 | 第34-38页 |
| ·实验材料 | 第34-35页 |
| ·实验动物 | 第34页 |
| ·主要实验仪器 | 第34页 |
| ·主要实验试剂 | 第34页 |
| ·主要试剂的配制 | 第34-35页 |
| ·实验方法 | 第35-38页 |
| ·猪耳组织DNA提取 | 第35-36页 |
| ·引物设计 | 第36页 |
| ·PCR-RFLP分析 | 第36-38页 |
| ·V型分泌系统展呈功能性黏附素和受体结合试验 | 第38页 |
| 2 结果与分析 | 第38-40页 |
| ·FUT1基因PCR扩增产物结果 | 第38页 |
| ·FUT1基因RFLP酶切结果 | 第38-39页 |
| ·所获取样本E.coli F18感染状态的检测结果 | 第39页 |
| ·苏太猪资源群体8个全同胞家系中实验个体的选择 | 第39-40页 |
| 第二节 苏太猪F18大肠杆菌抗性和敏感性对比组基因芯片检测 | 第40-67页 |
| 1 材料与方法 | 第40-45页 |
| ·实验材料 | 第40-41页 |
| ·实验动物 | 第40页 |
| ·主要实验仪器 | 第40页 |
| ·主要实验试剂 | 第40-41页 |
| ·实验方法 | 第41-45页 |
| ·组织RNA的提取 | 第41页 |
| ·总RNA的纯化(QIAGEN RNeasy(?) Mini Kit) | 第41-42页 |
| ·cDNA第一链和第二链一步法合成 | 第42页 |
| ·aaUTP标记cRNA合成 | 第42-43页 |
| ·cRNA纯化(QIAGEN RNeasy(?) Mini Kit) | 第43页 |
| ·cRNA浓度测定 | 第43页 |
| ·cRNA样品荧光标记 | 第43-44页 |
| ·荧光标记cRNA样品纯化(QIAGEN RNeasy(?) Mini Kit) | 第44-45页 |
| ·荧光分子浓度及掺入率计算 | 第45页 |
| ·cRNA样品片段化和芯片杂交(4x44K microarrays) | 第45页 |
| ·芯片扫描 | 第45页 |
| 2 相关软件及统计方法 | 第45-48页 |
| ·相关软件 | 第45页 |
| ·统计方法 | 第45-48页 |
| ·两组间差异基因的筛选——TwoclassDif | 第45-47页 |
| ·基因功能的显著性分析——GO-Analysis | 第47页 |
| ·Pathway的显著性分Pathway-Analysis | 第47-48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-67页 |
| ·芯片杂交质控分析结果 | 第48-51页 |
| ·芯片分析结果 | 第51-65页 |
| ·大肠杆菌F18菌株敏感性(GG)和抗性(AA)组基因芯片结果分析 | 第52-58页 |
| ·GG-AA组差异基因筛选 | 第52-53页 |
| ·GG-AA组差异基因Gene Ontology功能注释 | 第53-58页 |
| ·GG-AA组差异基因Pathway分析 | 第58页 |
| ·大肠杆菌F18菌株敏感性(AG)和抗性(AA)组基因芯片结果分析 | 第58-65页 |
| ·AG-AA组差异基因筛选 | 第58-59页 |
| ·AG-AA组差异基因Gene Ontology功能注释 | 第59-64页 |
| ·AG-AA组差异基因Pathway分析 | 第64-65页 |
| ·GG-AA组和AG-AA组基因芯片综合分析结果 | 第65-67页 |
| ·GG-AA组和AG-AA组差异基因综合分析 | 第65-66页 |
| ·GG-AA组和AG-AA组差异基因GO功能注释及Pathway综合分析 | 第66-67页 |
| 第三节 荧光定量对基因芯片结果的验证 | 第67-76页 |
| 1 材料与方法 | 第67-71页 |
| ·实验材料 | 第67页 |
| ·实验动物 | 第67页 |
| ·主要实验仪器 | 第67页 |
| ·主要实验试剂 | 第67页 |
| ·实验方法 | 第67-71页 |
| ·猪十二指肠组织RNA的提取 | 第67-68页 |
| ·提取RNA的准备工作 | 第67-68页 |
| ·Trizol法提取组织总RNA | 第68页 |
| ·RNA的检测 | 第68-69页 |
| ·NANODROP 1000浓度测定仪检测RNA的浓度和纯度 | 第68页 |
| ·2.2mol/L甲醛的琼脂糖凝胶的制备 | 第68-69页 |
| ·RNA甲醛变性电泳检测 | 第69页 |
| ·荧光定量引物设计和PCR扩增 | 第69-70页 |
| ·mRNA反转录 | 第70页 |
| ·目的基因和内参基因片段的PCR扩增 | 第70页 |
| ·实验方法组织RNA的提取 | 第70页 |
| ·实时荧光定量PCR | 第70-71页 |
| ·统计软件和方法 | 第71页 |
| 2 结果与分析 | 第71-73页 |
| ·RNA的提取结果 | 第71页 |
| ·目的基因和内参基因的溶解曲线 | 第71-72页 |
| ·荧光定量对基因芯片验证结果 | 第72-73页 |
| 3 讨论 | 第73-76页 |
| 第三章 SLA-1和SLA-3基因以及鞘糖脂生物合成—球系列通路基因在F18大肠杆菌抗性和敏感性个体间的表达分析 | 第76-105页 |
| 第一节 SLA-1和SLA-3基因在F18大肠杆菌抗性和敏感性个体内表达分析 | 第78-90页 |
| 1 材料与方法 | 第78-80页 |
| ·实验材料 | 第78页 |
| ·实验动物 | 第78页 |
| ·主要实验仪器 | 第78页 |
| ·主要实验试剂 | 第78页 |
| ·实验方法 | 第78-80页 |
| ·猪各组织RNA的提取 | 第78页 |
| ·多重PCR检测断奶仔猪粪便中大肠杆菌毒素基因 | 第78-79页 |
| ·荧光定量引物设计和PCR扩增 | 第79-80页 |
| ·荧光定量实验 | 第80页 |
| ·统计软件和方法 | 第80页 |
| 2 结果与分析 | 第80-87页 |
| ·RNA的提取结果 | 第80页 |
| ·毒素基因检测结果 | 第80-81页 |
| ·所取样本E.coli F18抗性与敏感性状态的检测结果 | 第81-82页 |
| ·SLA-1和SLA-3基因扩增曲线与溶解曲线 | 第82页 |
| ·SLA-1和SLA-3基因的组织表达谱 | 第82-83页 |
| ·SLA-1和SLA-3基因在E.coli F18抗性组和敏感组之间表达比较 | 第83-84页 |
| ·SLA-1和SLA-3基因在E.coli F18抗性组和敏感组内的线性关系分析 | 第84-85页 |
| ·SLA-1和SLA-3基因的GO和Pathway分析 | 第85-87页 |
| 3 讨论 | 第87-90页 |
| 第二节 鞘糖脂生物合成—球系列通路关键基因对猪F18大肠杆菌抗性调控机理分析 | 第90-105页 |
| 1 材料与方法 | 第90-92页 |
| ·实验材料 | 第90-91页 |
| ·实验动物 | 第90-91页 |
| ·主要实验仪器 | 第91页 |
| ·主要实验试 | 第91页 |
| ·实验方法 | 第91-92页 |
| ·猪各组织RNA的提取 | 第91页 |
| ·通路中关键基因荧光定量引物设计 | 第91-92页 |
| ·荧光定量实验 | 第92页 |
| ·统计软件和方法 | 第92页 |
| 2 结果与分析 | 第92-100页 |
| ·鞘糖脂生物合成-球系列通路中7个基因组织表达谱 | 第92-96页 |
| ·鞘糖脂生物合成-球系列通路中7个基因在苏太猪E.coli F18抗性和敏感性个体十二指肠和空肠组织表达比较 | 第96-97页 |
| ·鞘糖脂生物合成-球系列通路中7个基因在苏太猪E.coli F18抗性个体十二指肠和空肠中相关性分析 | 第97-99页 |
| ·鞘糖脂生物合成-球系列通路中7个基因在苏太猪E.coli F18敏感性个体十二指肠和空肠中相关性分析 | 第99-100页 |
| 3 讨论 | 第100-105页 |
| 第四章 F18大肠杆菌抗性和敏感型断奶仔猪十二指肠差异蛋白的筛选鉴定及生物信息学分析 | 第105-122页 |
| 1 材料与方法 | 第105-112页 |
| ·实验材料 | 第105-107页 |
| ·实验动物 | 第105-106页 |
| ·主要实验仪器 | 第106页 |
| ·主要实验试剂 | 第106-107页 |
| ·主要试剂的配制 | 第107页 |
| ·实验方法 | 第107-112页 |
| ·猪十二指肠蛋白质的提取 | 第107-108页 |
| ·蛋白质的定量 | 第108页 |
| ·双向电泳 | 第108-109页 |
| ·加样品水化 | 第108页 |
| ·第一向等电聚焦(IEF) | 第108-109页 |
| ·IPG胶条的平衡 | 第109页 |
| ·第二向SDS-PAGE电泳 | 第109页 |
| ·染色 | 第109页 |
| ·双向电泳图谱扫描与分析 | 第109页 |
| ·差异表达蛋白的酶解及质谱分析 | 第109-110页 |
| ·差异蛋白的生物信息学分析 | 第110页 |
| ·蛋白间的信号转导网络——Signal-Net | 第110-112页 |
| 2 结果与分析 | 第112-119页 |
| ·E.coli F18抗性和敏感性个体十二指肠蛋白质电泳图谱分析 | 第112页 |
| ·E.coli F18抗性和敏感性两组间个体十二指肠蛋白质的表达变化 | 第112-114页 |
| ·F18大肠杆菌抗性和敏感性个体间十二指肠差异表达蛋白的质谱分析 | 第114-116页 |
| ·差异蛋白生物信息学分析 | 第116-119页 |
| ·Gene Ontology和Pathway分析 | 第116-117页 |
| ·差异蛋白间相互作用网络图(Signal-Net)分析 | 第117-119页 |
| 3 讨论 | 第119-122页 |
| 全文结论 | 第122-124页 |
| 创新点 | 第124-125页 |
| 参考文献 | 第125-135页 |
| 附录 | 第135-145页 |
| 致谢 | 第145-147页 |
| 攻读学位期间发表学术论文 | 第147-149页 |
| 参与申请国家发明专利 | 第149-150页 |
