| 致谢 | 第1-10页 |
| 中文摘要 | 第10-13页 |
| Abstract | 第13-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-52页 |
| 1 牡蛎与长牡蛎 | 第16-18页 |
| 2 牡蛎养殖及育种 | 第18-21页 |
| 3 遗传标记的发展历程 | 第21-23页 |
| ·遗传标记和分子标记 | 第21页 |
| ·形态标记 | 第21-22页 |
| ·细胞学标记 | 第22页 |
| ·生化标记 | 第22页 |
| ·分子标记 | 第22-23页 |
| 4 分子标记的分类 | 第23-28页 |
| 5 SNP 标记在水产动物中的应用 | 第28-30页 |
| ·SNP 应用于水产动物遗传连锁图谱构建 | 第28页 |
| ·SNP 在群体遗传学中种群进化和亲缘关系中的应用 | 第28页 |
| ·SNP 在基因连锁不平衡、关联分析和基因功能研究方面的应用 | 第28-30页 |
| ·SNP 在牡蛎生物学研究中的进展 | 第30页 |
| 6 SNP 标记分型检测方法 | 第30-41页 |
| ·基于电泳的 SNP 检测方法 | 第31-33页 |
| ·基于序列杂交的 SNP 检测方法 | 第33-36页 |
| ·基于测序的 SNP 检测方法 | 第36-38页 |
| ·基于等位基因特异性扩增的 SNP 检测方法 | 第38-39页 |
| ·基于连接酶的 SNP 检测方法 | 第39-40页 |
| ·基于酶切的 SNP 检测方法 | 第40-41页 |
| ·基于分子量的飞行质谱法 | 第41页 |
| 7 海洋水产动物高密度遗传连锁图谱研究进展 | 第41-46页 |
| 8 HSP 蛋白研究进展 | 第46-48页 |
| ·HSP 蛋白及其分类 | 第46-47页 |
| ·HSP 的生物学功能 | 第47-48页 |
| 9 牡蛎近缘物种的种质鉴定 | 第48-50页 |
| 10 研究目的及意义 | 第50-52页 |
| 第二章 长牡蛎基因组多态性验证及 SNP 标记的开发 | 第52-83页 |
| 1 引言 | 第52-53页 |
| 2 长牡蛎基因组多态性验证 | 第53-60页 |
| ·实验材料 | 第53页 |
| ·实验试剂 | 第53页 |
| ·试验方法： | 第53-56页 |
| ·试验结果与分析 | 第56-60页 |
| 3 长牡蛎基因组 SNP 标记开发 | 第60-83页 |
| ·候选 SNP 位点获取策略 | 第60页 |
| ·分型方法的选定 | 第60-63页 |
| ·主要实验仪器及试剂耗材 | 第63-64页 |
| ·实验主要仪器 | 第63-64页 |
| ·主要试剂耗材 | 第64页 |
| ·实验材料 | 第64页 |
| ·试验方法 | 第64-69页 |
| ·转录组测序 | 第64-65页 |
| ·长牡蛎基因组 DNA 提取及检测 | 第65-66页 |
| ·引物设计 | 第66-67页 |
| ·引物筛选 | 第67-68页 |
| ·PCR 扩增 | 第68页 |
| ·HRM 检测 | 第68页 |
| ·测序验证 | 第68-69页 |
| ·分型方法通量验证 | 第69页 |
| ·SNP 标记在基因组上的定位 | 第69页 |
| ·实验结果与分析 | 第69-79页 |
| ·转录组 RNA 提取结果 | 第69-70页 |
| ·转录组测序数据分析 | 第70-71页 |
| ·样品基因组 DNA 提取结果 | 第71页 |
| ·引物筛选 | 第71-72页 |
| ·HRM 分型 | 第72-73页 |
| ·通量效率验证 | 第73-75页 |
| ·测序验证 | 第75-77页 |
| ·内标校正 | 第77-78页 |
| ·SNP 标记开发以及分型效率统计 | 第78-79页 |
| ·SNP 标记的定位 | 第79页 |
| ·讨论 | 第79-83页 |
| ·PCR 产物单一性 | 第79-80页 |
| ·额外 SNP 影响 | 第80页 |
| ·内标校正 | 第80页 |
| ·高通量分析策略 | 第80-81页 |
| ·HRM 方法改进 | 第81-82页 |
| ·长牡蛎 SNP 标记的定位及意义 | 第82-83页 |
| 第三章 长牡蛎热激蛋白 HSP70 基因 SNP 标记开发及热刺激耐受相关分析 | 第83-96页 |
| 1 引言 | 第83页 |
| 2 实验材料 | 第83页 |
| 3 实验方法 | 第83-85页 |
| ·高温敏感性差异群体的分离 | 第83-84页 |
| ·DNA 提取 | 第84页 |
| ·长牡蛎 HSP70 基因 SNP 标记的开发 | 第84页 |
| ·SNP 标记的群体检测 | 第84-85页 |
| 4 结果与分析 | 第85-96页 |
| ·长牡蛎 HSP70 基因的获得 | 第85-86页 |
| ·长牡蛎 HSP70 基因 SNP 标记的开发 | 第86-88页 |
| ·热刺激敏感群组的划分 | 第88-89页 |
| ·DNA 提取 | 第89页 |
| ·SNP 标记群体检测结果与分析 | 第89-94页 |
| ·讨论 | 第94-96页 |
| 第四章 长牡蛎高密度遗传连锁图谱构建 | 第96-116页 |
| 1 实验及技术背景介绍 | 第96-97页 |
| 2 实验材料 | 第97页 |
| 3 实验方法 | 第97-104页 |
| ·样本 DNA 提取与检测 | 第97页 |
| ·亲子鉴定引物设计 | 第97-100页 |
| ·亲子鉴定引物筛选 | 第100页 |
| ·测序仪分析 SSR 引物扩增片段 | 第100-101页 |
| ·简化基因组文库构建及测序 | 第101-103页 |
| ·测序数据处理 | 第103-104页 |
| ·遗传图谱与基因组 Scaffold 的对应 | 第104页 |
| 4 实验结果与分析 | 第104-113页 |
| ·DNA 提取结果 | 第104页 |
| ·引物筛选结果检测 | 第104-105页 |
| ·ABI3130 测序仪片段分析 | 第105-106页 |
| ·测序数据统计 | 第106-107页 |
| ·标记统计 | 第107-108页 |
| ·标记编码基因型 | 第108-109页 |
| ·标记类型分布统计 | 第109页 |
| ·标记过滤 | 第109-110页 |
| ·两点分析与图谱构建 | 第110-112页 |
| ·图谱的参数统计 | 第112页 |
| ·图谱标记的深度分布 | 第112-113页 |
| ·图谱与基因组 Scaffold 的对应关系 | 第113页 |
| 5 讨论 | 第113-116页 |
| 第五章 基于 SNP 的巨蛎属近缘物种种质鉴定方法 | 第116-130页 |
| 1 引言 | 第116-117页 |
| 2 材料 | 第117页 |
| 3 试验方法 | 第117-119页 |
| ·基因组 DNA 提取 | 第117页 |
| ·物种鉴定依据序列的获得 | 第117-118页 |
| ·巨蛎属牡蛎 COI 基因序列的比对分析 | 第118页 |
| ·引物设计 | 第118页 |
| ·引物筛选 | 第118页 |
| ·PCR 扩增 | 第118-119页 |
| ·HRM 分析样品制备 | 第119页 |
| ·HRM 分析 | 第119页 |
| 4 实验结果与分析 | 第119-128页 |
| ·基因组 DNA 提取结果 | 第119页 |
| ·COI 基因序列测序获得与比对 | 第119-124页 |
| ·引物设计 | 第124页 |
| ·PCR 扩增结果 | 第124-125页 |
| ·高分辨率熔解曲线鉴定结果与分析 | 第125-127页 |
| ·未知物种鉴定 | 第127-128页 |
| 5 讨论 | 第128-130页 |
| ·引物设计原则 | 第128页 |
| ·鉴定通量 | 第128-129页 |
| ·本鉴定方法的优点 | 第129-130页 |
| 第六章 总结与展望 | 第130-133页 |
| 参考文献 | 第133-153页 |
| 在学期间发表和即将发表的文章 | 第153页 |
| 课题项目支持 | 第153页 |
