| 目录 | 第1-9页 |
| 摘要 | 第9-14页 |
| Abstract | 第14-20页 |
| 符号说明及缩写词 | 第20-22页 |
| 第一章 研究背景和立题依据 | 第22-44页 |
| ·研究背景 | 第22-40页 |
| ·海洋生态系统中的细菌和古菌 | 第22-26页 |
| ·海洋生态系统中细菌和古菌的多样性 | 第22-25页 |
| ·海洋沉积物中的微生物概述 | 第25-26页 |
| ·海洋中的氮循环 | 第26-30页 |
| ·颗粒有机氮到氨氮的过程 | 第26-28页 |
| ·海洋沉积物中的氮循环 | 第28-30页 |
| ·蛋白酶的定义和分类 | 第30-34页 |
| ·蛋白酶的定义 | 第30-31页 |
| ·蛋白酶的分类 | 第31-32页 |
| ·胶原蛋白酶和弹性蛋白酶 | 第32-34页 |
| ·宏基因组学 | 第34-40页 |
| ·宏基因组学概述 | 第34-35页 |
| ·宏基因组学研究常用的技术 | 第35-37页 |
| ·宏基因组学的用途 | 第37-38页 |
| ·宏基因组学中的高通量技术 | 第38-40页 |
| ·立题依据及研究内容 | 第40-44页 |
| ·立题依据 | 第40-42页 |
| ·研究内容 | 第42-44页 |
| 第二章 中国南海海洋沉积物中产蛋白酶细菌及它们产的蛋白酶的多样性 | 第44-62页 |
| ·实验材料、试剂和仪器 | 第44-47页 |
| ·环境样品及菌株 | 第44页 |
| ·培养基 | 第44-45页 |
| ·主要试剂和试剂盒 | 第45-46页 |
| ·主要仪器设备 | 第46页 |
| ·数据库及分析软件 | 第46-47页 |
| ·实验方法 | 第47-49页 |
| ·环境样品信息 | 第47页 |
| ·产蛋白酶细菌的筛选 | 第47页 |
| ·菌种的16S rDNA的克隆,测序 | 第47-48页 |
| ·16S rDNA的序列分析 | 第48页 |
| ·蛋白酶酶活的测定 | 第48-49页 |
| ·标准曲线的制作 | 第48页 |
| ·蛋白酶对酪蛋白酶活的测定 | 第48-49页 |
| ·蛋白酶的抑制剂实验 | 第49页 |
| ·菌株在不同底物平板上的水解圈的测定 | 第49页 |
| ·结果与分析 | 第49-60页 |
| ·南海海底表层沉积物样品的特点 | 第49-51页 |
| ·沉积物样品中产蛋白酶细菌的分离及菌株保藏 | 第51-52页 |
| ·16S rDNA测序 | 第52-53页 |
| ·细菌基因组的提取 | 第52页 |
| ·16S rDNA的扩增、回收、连接、转化及测序 | 第52-53页 |
| ·南海海底表层沉积物样品中产蛋白酶细菌的多样性分析 | 第53-57页 |
| ·沉积物细菌胞外蛋白酶催化类型的多样性 | 第57-60页 |
| ·讨论 | 第60-62页 |
| 第三章 南极菲尔德斯半岛海域沉积物中微生物的多样性 | 第62-84页 |
| ·实验材料、试剂和仪器 | 第62-64页 |
| ·环境样品和菌株 | 第62-63页 |
| ·培养基 | 第63页 |
| ·主要试剂和试剂盒 | 第63页 |
| ·主要仪器设备 | 第63-64页 |
| ·数据库及分析软件 | 第64页 |
| ·实验方法 | 第64-67页 |
| ·南极菲尔德斯半岛海洋沉积物样品的采集 | 第64页 |
| ·宏基因组DNA的提取 | 第64-65页 |
| ·16S rRNA基因和amoA基因的qPCR | 第65-66页 |
| ·标准质粒的制备 | 第65页 |
| ·标准曲线的制备 | 第65页 |
| ·样品中16S rRNA基因和氨单加氧酶基因(amoA)拷贝数的测定 | 第65-66页 |
| ·16S rDNA的焦磷酸测序及信息分析 | 第66页 |
| ·amoA基因克隆文库的构建及分析 | 第66-67页 |
| ·结果与分析 | 第67-80页 |
| ·南极菲尔德斯半岛海洋沉积物的特点 | 第67-68页 |
| ·宏基因组DNA的提取 | 第68-69页 |
| ·海洋沉积物样品中16S rRNA基因和amoA基因的qPCR | 第69-70页 |
| ·454测序 | 第70-72页 |
| ·沉积物样品中微生物群落的结构和组成 | 第72-79页 |
| ·沉积物样品中的细菌群落的结构和组成 | 第72-74页 |
| ·沉积物样品中的古菌群落的结构和组成 | 第74-75页 |
| ·沉积物样品中的微生物群落的对比 | 第75-79页 |
| ·沉积物样品中amoA基因的多样性 | 第79-80页 |
| ·讨论 | 第80-84页 |
| 第四章 南极菲尔德斯半岛海域沉积物中产蛋白酶细菌及蛋白酶的多样性 | 第84-96页 |
| ·实验材料、试剂和仪器 | 第84-85页 |
| ·环境样品及菌株 | 第84页 |
| ·培养基 | 第84页 |
| ·主要试剂和试剂盒 | 第84-85页 |
| ·主要仪器设备 | 第85页 |
| ·数据库及分析软件 | 第85页 |
| ·实验方法 | 第85页 |
| ·环境样品的采集 | 第85页 |
| ·结果与分析 | 第85-93页 |
| ·沉积物样品中细菌的分离及菌株保藏 | 第85页 |
| ·16S rDNA测序 | 第85-86页 |
| ·南极海底表层沉积物样品中产蛋白酶细菌的多样性分析 | 第86-89页 |
| ·沉积物细菌胞外蛋白酶催化类型的多样性 | 第89-93页 |
| ·讨论 | 第93-96页 |
| 第五章 南海沉积物菌株Bacillus sp.CF12-9产的一个蛋白酶Ba-1的酶学性质和基因克隆 | 第96-112页 |
| ·实验材料、试剂和仪器 | 第96-98页 |
| ·实验菌株及质粒 | 第96页 |
| ·培养基 | 第96-97页 |
| ·主要试剂和试剂盒 | 第97-98页 |
| ·主要仪器设备 | 第98页 |
| ·数据库 | 第98页 |
| ·实验方法 | 第98-103页 |
| ·菌株的培养 | 第98-99页 |
| ·蛋白酶的分离纯化 | 第99页 |
| ·Ba-1的酶学性质测定 | 第99-102页 |
| ·蛋白浓度测定 | 第99页 |
| ·底物特异性的测定 | 第99-100页 |
| ·温度和pH对Ba-1活性的影响以及热稳定性的测定 | 第100-101页 |
| ·金属离子和抑制剂对Ba-1活性的影响 | 第101页 |
| ·变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE) | 第101-102页 |
| ·蛋白酶Ba-1的转膜、N端测序与分析 | 第102页 |
| ·Ba-1编码基因的克隆与分析 | 第102-103页 |
| ·结果与分析 | 第103-110页 |
| ·Ba-1的底物特异性 | 第103-104页 |
| ·温度和pH对Ba-1活性的影响 | 第104-106页 |
| ·金属离子和蛋白酶抑制剂对Ba-1活性的影响 | 第106-107页 |
| ·NaCl浓度对Ba-1活性的影响 | 第107页 |
| ·Ba-1的热稳定性 | 第107-108页 |
| ·Ba-1的N端测序及分析 | 第108页 |
| ·Ba-1的基因克隆与序列分析 | 第108-110页 |
| ·讨论 | 第110-112页 |
| 全文总结与展望 | 第112-114页 |
| 一、本文取得的创新性成果 | 第112-113页 |
| 二、本文存在的问题及深入方向 | 第113-114页 |
| 附图 | 第114-118页 |
| 参考文献 | 第118-134页 |
| 在读期间论文发表和专利申请及获奖情况 | 第134-136页 |
| 致谢 | 第136-137页 |
| 附录 | 第137-146页 |
| 附表 | 第146页 |
