| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-11页 |
| ·生物信息学背景知识 | 第7-8页 |
| ·对顺式调控模块识别的研究 | 第8-9页 |
| ·论文主要工作 | 第9-10页 |
| ·论文结构 | 第10-11页 |
| 第二章 基本概念与原理 | 第11-25页 |
| ·顺式调控模块简介 | 第11-14页 |
| ·基因的转录调控 | 第11页 |
| ·转录因子结合位点及其表示方式 | 第11-12页 |
| ·顺式调控模块 | 第12-14页 |
| ·相关数据库简介 | 第14页 |
| ·隐马尔可夫模型简介 | 第14-20页 |
| ·隐马尔可夫模型基本框架 | 第15-16页 |
| ·估值问题 | 第16-18页 |
| ·解码问题 | 第18-19页 |
| ·学习问题 | 第19-20页 |
| ·相关统计学知识 | 第20-22页 |
| ·Neyman-Pearson 引理 | 第20-21页 |
| ·P-值 | 第21页 |
| ·一个关于 p-值计算的定理 | 第21-22页 |
| ·Pearson 积距相关系数 | 第22页 |
| ·本章小结 | 第22-25页 |
| 第三章 一种在顺式调控模块识别中新的 HMM 模型 | 第25-45页 |
| ·CRM 识别中已有的 HMM 模型 | 第25-27页 |
| ·HMM 模型的提出 | 第27-30页 |
| ·模型参数的设定 | 第30-32页 |
| ·设定参数的规则 | 第30-31页 |
| ·参数方程的求解 | 第31-32页 |
| ·学习与解码算法 1 | 第32-35页 |
| ·学习与解码算法 2 | 第35-38页 |
| ·算法的提出 | 第35-37页 |
| ·算法的应用 | 第37-38页 |
| ·实验结果与分析 | 第38-43页 |
| ·测试数据的选取 | 第38页 |
| ·参数的选取规则 | 第38-40页 |
| ·参数的选取 | 第40-41页 |
| ·性能分析 | 第41-43页 |
| ·本章小结 | 第43-45页 |
| 第四章 TSHAS：基于 HMM 模型和序列统计的两阶段顺式调控模块识别方法 | 第45-63页 |
| ·方法的提出 | 第45-46页 |
| ·模体实例的选择 | 第46-48页 |
| ·应用 HMM 模型消除重叠 | 第48-51页 |
| ·HMM 模型的构建 | 第48-49页 |
| ·解析出互不重叠的模体实例 | 第49-50页 |
| ·参数学习过程 | 第50-51页 |
| ·选出作为 CRM 的窗口 | 第51-52页 |
| ·TSHAS 方法的流程描述 | 第52页 |
| ·实验结果与分析 | 第52-61页 |
| ·测试数据及评测指标 | 第52-55页 |
| ·评测窗口概率分布的拟合度 | 第55-56页 |
| ·实验结果及分析 | 第56-61页 |
| ·本章小结 | 第61-63页 |
| 第五章 总结与展望 | 第63-65页 |
| 致谢 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-71页 |
| 作者在读期间的研究成果 | 第71-72页 |