| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一部分 前言 | 第10-22页 |
| 1 动物线粒体基因组结构组成 | 第10页 |
| 2 动物线粒体基因组的基因排列顺序变化 | 第10-13页 |
| ·重排模型 | 第11-12页 |
| ·两种模型的比较 | 第12-13页 |
| ·重排的应用 | 第13页 |
| 3 鸟纲及雀形目系统发育研究进展 | 第13-19页 |
| ·鸟纲的系统发育研究 | 第13-15页 |
| ·雀形目系统发育研究进展 | 第15-16页 |
| ·山雀与长尾山雀的系统发育研究进展 | 第16-19页 |
| 4 研究物种简介 | 第19-21页 |
| ·黄眉林雀简介 | 第19页 |
| ·长尾山雀简介 | 第19-21页 |
| 5 研究的目的和意义 | 第21-22页 |
| 第二部分 实验材料与方法 | 第22-32页 |
| 1 实验材料 | 第22-24页 |
| ·实验标本的采集、保存与鉴定 | 第22页 |
| ·实验仪器及试剂 | 第22-24页 |
| 2 实验方法 | 第24-27页 |
| ·总DNA提取及总DNA检测 | 第24页 |
| ·PCR所需引物设计及扩增 | 第24-27页 |
| ·PCR产物测序 | 第27页 |
| 3 数据处理及结果分析 | 第27-29页 |
| ·线粒体基因组序列的组装 | 第27-28页 |
| ·线粒体基因组全序列所含基因定位及注释 | 第28页 |
| ·线粒体全基因组组成情况的分析 | 第28页 |
| ·RNA基因二级结构预测 | 第28-29页 |
| 4 基于线粒体基因的雀形目鸟类系统发育分析 | 第29-32页 |
| ·数据来源 | 第29-30页 |
| ·序列处理 | 第30页 |
| ·系统发育信号的检测及系统树的构建 | 第30-32页 |
| 第三部分 实验结果 | 第32-34页 |
| 1 物种总DNA提取结果 | 第32页 |
| 2 L-PCR扩增及纯化结果 | 第32-33页 |
| 3 Sub-PCR扩增及纯化结果 | 第33页 |
| 4 序列的拼接 | 第33-34页 |
| 第四部分 4种雀形目鸟类的线粒体基因组的组成及分析 | 第34-66页 |
| 1 黄眉林雀的线粒体基因组的组成及分析 | 第34-42页 |
| ·基因组的排序 | 第34-36页 |
| ·基因间隔区与重叠区 | 第36页 |
| ·全基因组碱基组成特征 | 第36页 |
| ·蛋白编码基因的密码子使用情况和氨基酸组成统计 | 第36-37页 |
| ·tRNA基因的二级结构预测结果 | 第37-38页 |
| ·rRNA基因的二级结构预测结果 | 第38页 |
| ·控制区 | 第38-42页 |
| 2 红头长尾山雀的线粒体基因组的组成及分析 | 第42-50页 |
| ·基因组的排序 | 第42页 |
| ·基因间隔区与重叠区 | 第42-44页 |
| ·全基因组碱基组成特征 | 第44页 |
| ·蛋白编码基因的密码子使用情况和氨基酸组成统计 | 第44-45页 |
| ·tRNA基因的二级结构预测结果 | 第45页 |
| ·rRNA基因的二级结构预测结果 | 第45-46页 |
| ·控制区 | 第46-50页 |
| 3 黑眉长尾山雀的线粒体基因组的组成及分析 | 第50-58页 |
| ·基因组的排序 | 第50页 |
| ·基因间隔区与重叠区 | 第50-52页 |
| ·全基因组碱基组成特征 | 第52页 |
| ·蛋白编码基因的密码子使用情况和氨基酸组成统计 | 第52-53页 |
| ·tRNA基因的二级结构预测结果 | 第53页 |
| ·rRNA基因的二级结构预测结果 | 第53-54页 |
| ·控制区 | 第54-58页 |
| 4 银喉长尾山雀的线粒体基因组的组成及分析 | 第58-66页 |
| ·基因组的排序 | 第58页 |
| ·基因间隔区与重叠区 | 第58-60页 |
| ·全基因组碱基组成特征 | 第60页 |
| ·蛋白编码基因的密码子使用情况和氨基酸组成统计 | 第60-61页 |
| ·tRNA基因的二级结构预测结果 | 第61页 |
| ·rRNA基因的二级结构预测结果 | 第61-62页 |
| ·控制区 | 第62-66页 |
| 第五部分 长尾山雀比较基因学研究及系统位置的讨论 | 第66-81页 |
| 1 长尾山雀比较基因学研究 | 第66-74页 |
| ·长尾山雀线粒体基因组结构比较 | 第66-68页 |
| ·长尾山雀线粒体基因组的差异比较 | 第68-72页 |
| ·长尾山雀属的简约法分析 | 第72-74页 |
| ·总结 | 第74页 |
| 2 雀形目的系统发育分析及长尾山雀系统位置分析 | 第74-81页 |
| ·系统发育信号检测 | 第75页 |
| ·不同数据集构建的系统发育树 | 第75-79页 |
| ·分析与讨论 | 第79-81页 |
| 第六部分 脊椎动物线粒体基因组排序变化及重组的研究 | 第81-95页 |
| 1 脊椎动物线粒体基因组的典型排序及数量统计 | 第81-82页 |
| 2 脊椎动物各纲内的线粒体基因排序变化 | 第82-90页 |
| ·圆口纲 | 第82页 |
| ·软骨鱼类 | 第82页 |
| ·硬骨鱼类 | 第82-84页 |
| ·两栖纲 | 第84-86页 |
| ·爬行纲 | 第86-89页 |
| ·鸟纲 | 第89-90页 |
| ·哺乳纲 | 第90页 |
| ·重排的热点及高频基因 | 第90页 |
| 3 各种重排现象及与之对应的模型 | 第90-92页 |
| ·串联重复-随机删除模型 | 第90-91页 |
| ·重组模型 | 第91-92页 |
| 4 从基因排序到系统发育 | 第92-94页 |
| 5 脊索动物线粒体基因组原始排序的推测 | 第94-95页 |
| 总结 | 第95-97页 |
| 参考文献 | 第97-114页 |
| 致谢 | 第114-115页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第115页 |