| 摘要 | 第1-7页 |
| 英文摘要 | 第7-8页 |
| 目录 | 第8-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-16页 |
| ·天然无规蛋白质 | 第11-12页 |
| ·与配体耦合的蛋白质折叠机制 | 第12-14页 |
| ·用分子动力学模拟的方法研究生物大分子的折叠 | 第14-16页 |
| 第二章 实验方法 | 第16-28页 |
| ·分子动力学模拟 | 第16-24页 |
| ·概述 | 第16-17页 |
| ·计算原理 | 第17-20页 |
| ·分子力场 | 第20-24页 |
| ·分子动力学模拟软件AMBER | 第24页 |
| ·高温下的分子动力学模拟 | 第24-25页 |
| ·高温模拟蛋白质的解折叠 | 第24-25页 |
| ·过渡态模拟方法 | 第25页 |
| ·数据分析方法 | 第25-28页 |
| 第三章 无规蛋白TIS11D 在MRNA 耦合条件下的折叠机制 | 第28-41页 |
| ·实验背景 | 第28-30页 |
| ·实验方法 | 第30-31页 |
| ·常温和高温下的分子动力学模拟 | 第30页 |
| ·过渡态模拟 | 第30-31页 |
| ·数据分析 | 第31页 |
| ·实验结果与讨论 | 第31-40页 |
| ·解折叠动力学 | 第31-33页 |
| ·过渡态 | 第33-35页 |
| ·解折叠状态 | 第35页 |
| ·折叠状态 | 第35-37页 |
| ·结果与实验观察的比较 | 第37-38页 |
| ·解折叠路径以及可能的折叠路径 | 第38-39页 |
| ·诱导契合(induced-fit)与构象选择机制 | 第39-40页 |
| ·结论 | 第40-41页 |
| 第四章 无规BRINKER 蛋白在DNA 耦合条件下的折叠机制 | 第41-56页 |
| ·实验背景 | 第41-42页 |
| ·实验方法 | 第42-43页 |
| ·常温和高温下的分子动力学模拟 | 第42-43页 |
| ·过渡态模拟 | 第43页 |
| ·数据分析 | 第43页 |
| ·结果与讨论 | 第43-55页 |
| ·折叠状态 | 第43-46页 |
| ·解折叠状态 | 第46-49页 |
| ·过渡态 | 第49-51页 |
| ·模拟结果与实验观察的比较 | 第51-52页 |
| ·解折叠路径以及可能的折叠路径 | 第52-53页 |
| ·诱导契合机制 | 第53-55页 |
| ·结论 | 第55-56页 |
| 第五章 无规RNA 在U1A 蛋白耦合条件下的折叠机制 | 第56-72页 |
| ·实验背景 | 第56-58页 |
| ·实验方法 | 第58-59页 |
| ·常温和高温下的分子动力学模拟 | 第58页 |
| ·过渡态模拟 | 第58-59页 |
| ·数据分析 | 第59页 |
| ·实验结果与讨论 | 第59-70页 |
| ·折叠状态 | 第59-64页 |
| ·解折叠动力学 | 第64-66页 |
| ·过渡态 | 第66-68页 |
| ·与实验和其他分子动力学模拟结果的比较 | 第68页 |
| ·解折叠路径以及可能的折叠路径 | 第68-69页 |
| ·诱导契合与构象选择机制 | 第69-70页 |
| ·结论 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 攻读硕士学位期间论文发表情况 | 第80页 |
