| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 前言 | 第14-18页 |
| 1. 细菌的转录调控子与基因调控 | 第14页 |
| 2. 细菌毒力相关的转录调控子 | 第14-15页 |
| 3. 鼠疫菌的基因调控研究 | 第15页 |
| 4. 转录调控子Zur的研究进展 | 第15-16页 |
| 5. 转录调控子PhoP的研究进展 | 第16页 |
| 6. 本研究的目的与总体研究计划 | 第16-18页 |
| 第一部分 鼠疫菌Zur 调控元研究 | 第18-72页 |
| 1. 前言 | 第18-19页 |
| 2. 材料 | 第19-26页 |
| ·菌株与质粒 | 第19页 |
| ·菌株 | 第19页 |
| ·质粒 | 第19页 |
| ·酶与试剂盒 | 第19页 |
| ·试剂、溶液与药品 | 第19-26页 |
| ·主要仪器 | 第26页 |
| 3. 方法 | 第26-46页 |
| ·⊿zur 突变株的构建 | 第26-28页 |
| ·突变盒引物的设计与突变盒的扩增 | 第26-27页 |
| ·感受态细胞制备 | 第27页 |
| ·电转化 | 第27页 |
| ·重组克隆的筛选鉴定 | 第27-28页 |
| ·鼠疫菌总RNA 的提取 | 第28页 |
| ·菌体收集和RNA 固定 | 第28页 |
| ·菌体裂解 | 第28页 |
| ·沉淀核酸 | 第28页 |
| ·消化DNA | 第28页 |
| ·沉淀RNA | 第28页 |
| ·总RNA 的荧光素标记 | 第28-30页 |
| ·逆转录生成氨基标记的cDNA | 第28-29页 |
| ·氨基标记cDNA 纯化 | 第29-30页 |
| ·氨基标记cDNA 的荧光素标记与纯化 | 第30页 |
| ·芯片杂交及数据分析 | 第30-31页 |
| ·芯片的紫外交联与醛基封闭 | 第30页 |
| ·芯片的预杂交 | 第30页 |
| ·芯片杂交与漂洗 | 第30页 |
| ·数据分析 | 第30-31页 |
| ·Zur 调控元分析 | 第31页 |
| ·实时定量逆转录PCR（REAL TIME RT-PCR） | 第31-35页 |
| ·Trizol 提取细菌RNA 的方法 | 第31-32页 |
| ·Ambion’s DNA-freetm kit 去DNA 污染 | 第32页 |
| ·逆转录 | 第32-33页 |
| ·Real-time PCR 反应 | 第33-35页 |
| ·Zur 蛋白基因的克隆，表达和纯化 | 第35-37页 |
| ·引物设计及合成 | 第35页 |
| ·产物的扩增与连接 | 第35-36页 |
| ·连接产物转化感受态大肠杆菌 BL21（DE3） | 第36页 |
| ·阳性克隆的挑选及目的蛋白的表达 | 第36-37页 |
| ·目的蛋白的纯化 | 第37页 |
| ·Zur 结合位点的生物信息学预测 | 第37页 |
| ·凝胶阻滞实验（EMSA） | 第37-40页 |
| ·目的DNA 片段的合成 | 第37-38页 |
| ·探针的标记 | 第38-39页 |
| ·结合百分比的测定 | 第39页 |
| ·未结合的标记物的去除 | 第39-40页 |
| ·结合反应 | 第40页 |
| ·DNA 酶I 足迹实验（DNASE I FOOTPRINTING ASSAYS） | 第40-42页 |
| ·寡核苷酸序列5’平末端标记 | 第40-41页 |
| ·PCR 及PCR 产物的纯化 | 第41页 |
| ·结合反应 | 第41-42页 |
| ·足迹实验 | 第42页 |
| ·引物延伸实验（PRIMER EXTENSION ASSAYS） | 第42-44页 |
| ·与靶基因m RNA 互补引物的设计 | 第42-43页 |
| ·总RNA 的提取 | 第43页 |
| ·寡核苷酸探针的制备 | 第43页 |
| ·引物延伸反应 | 第43-44页 |
| ·测序反应 | 第44-46页 |
| ·寡核苷酸引物的标记 | 第44页 |
| ·延伸/终止反应 | 第44-46页 |
| 4. 结果与讨论 | 第46-71页 |
| ·⊿zur 突变株的构建 | 第46-47页 |
| ·Zur 调控子的转录谱分析 | 第47-55页 |
| ·RT-PCR | 第55页 |
| ·Zur 蛋白的表达纯化 | 第55-62页 |
| ·Zur 结合序列的基序分析 | 第62-63页 |
| ·Zur 结合序列的生物信息学预测 | 第63-64页 |
| ·分子生化实验 | 第64-71页 |
| ·凝胶阻滞实验（EMSA） | 第64-66页 |
| ·DNA 酶I 足迹实验 | 第66-69页 |
| ·引物延伸实验 | 第69-71页 |
| 5. 结语 | 第71-72页 |
| 第二部分 鼠疫菌PhoP 调控元研究 | 第72-105页 |
| 1. 前言 | 第72-73页 |
| 2. 材料 | 第73页 |
| ·菌株与质粒 | 第73页 |
| ·酶与试剂盒 | 第73页 |
| ·试剂、溶液与药品 | 第73页 |
| ·主要仪器 | 第73页 |
| 3. 方法 | 第73-74页 |
| ·实时定量逆转录PCR | 第73-74页 |
| ·凝胶阻滞实验 | 第74页 |
| ·DNA 酶I 足迹实验 | 第74页 |
| ·引物延伸实验 | 第74页 |
| ·测序反应 | 第74页 |
| ·PhoP 结合位点的生物信息学分析 | 第74页 |
| 4. 结果与讨论 | 第74-95页 |
| ·部分表达谱结果的RT-PCR 验证 | 第74-80页 |
| ·分子生化实验 | 第80-95页 |
| ·凝胶阻滞实验（EMSA） | 第80-82页 |
| ·DNA 酶I 足迹实验 | 第82-89页 |
| ·引物延伸实验 | 第89-95页 |
| 5. 结语 | 第95-96页 |
| 6. 附录 | 第96-105页 |
| 参考文献 | 第105-113页 |
| 锌离子依赖型调控蛋白及其调控元研究（综述） | 第113-124页 |
| 简历 | 第124-125页 |
| 致谢 | 第125页 |
