| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 前言 | 第12-23页 |
| 一、磷酸化蛋白质组学的富集及定性分析 | 第12-15页 |
| 1.蛋白水平上的富集策略 | 第13页 |
| 2.磷酸化蛋白质组分析中常用的肽段分离富集技术 | 第13-15页 |
| ·固相金属亲和色谱(Immobilized Metal Affinity Chromatography,IMAC) | 第13页 |
| ·离子交换色谱富集法 | 第13-14页 |
| ·等电聚焦富集法(Isoelectric Focusing,IEF) | 第14页 |
| ·金属氧化物富集法 | 第14-15页 |
| 二、磷酸化蛋白质组学定量分析 | 第15-21页 |
| 1.定量分析技术 | 第16-18页 |
| ·~(32)p代谢标记(~(32)P-labeling)和荧光染料染色(Pro-Q Diamond)的磷酸化蛋白质定量分析方法 | 第16页 |
| ·稳定同位素标记技术(Stable-Isotope Labeling,SIL) | 第16-18页 |
| ·化学标记技术(Chemical Modification) | 第16-17页 |
| ·同位素代谢标记技术(Metabolic Labeling) | 第17页 |
| ·~(18)O标记技术(Oxygen-18 Labeling) | 第17-18页 |
| 2.磷酸化蛋白质的质谱分析和鉴定 | 第18页 |
| 3.辅助定量分析的计算机软件技术 | 第18-21页 |
| 参考文献 | 第21-23页 |
| 第一部分 基于SCX分离的磷酸化肽段富集策略及在人Chang肝细胞磷酸化蛋白质组定性研究中的应用 | 第23-52页 |
| 第一章 基于SCX分离的磷酸化肽段富集策略的研究 | 第25-31页 |
| 1.材料与方法 | 第25-27页 |
| ·药品与试剂 | 第25页 |
| ·仪器及软件 | 第25页 |
| ·实验方法 | 第25-27页 |
| ·蛋白酶切 | 第25页 |
| ·样品脱盐 | 第25-26页 |
| ·SCX色谱预分离磷酸肽的方法研究 | 第26页 |
| ·质谱检测 | 第26-27页 |
| 2.结果与讨论 | 第27-31页 |
| 第二章 SCX分离—质谱鉴定策略在人Chang肝细胞磷酸化蛋白质组定性研究中的应用 | 第31-48页 |
| 1.材料与方法 | 第31-34页 |
| ·药品与试剂 | 第31页 |
| ·仪器及软件 | 第31-32页 |
| ·实验方法 | 第32-34页 |
| ·样品制备 | 第32页 |
| ·蛋白酶切 | 第32页 |
| ·样品脱盐 | 第32页 |
| ·SCX色谱分离富集磷酸化肽段 | 第32页 |
| ·质谱分析 | 第32-34页 |
| ·LC-Q-TOF-MS/MS分析鉴定肽段混合物 | 第32-33页 |
| ·LC-ESI-IT-MS/MS分析鉴定肽段混合物 | 第33-34页 |
| 2.结果与讨论 | 第34-48页 |
| ·SCX对磷酸化肽段的富集 | 第34-36页 |
| ·N端磷酸化肽段的分析 | 第36-37页 |
| ·新鉴定的磷酸化蛋白及位点分析 | 第37-40页 |
| ·Q-TOF和LCQ两种类型质谱仪所得结果的比较 | 第40-44页 |
| ·磷酸化肽段的中性丢失 | 第40-42页 |
| ·鉴定的磷酸化肽段类型的分类 | 第42-44页 |
| ·磷酸化位点预测与蛋白功能分类 | 第44-48页 |
| ·磷酸化位点预测 | 第44-47页 |
| ·GOfact功能分类 | 第47-48页 |
| 小结 | 第48-50页 |
| 参考文献 | 第50-52页 |
| 第二部分 基于~(18)O标记的磷酸化蛋白质组学差异定量方法及在HepG2/HepG2-HBx模型中的应用 | 第52-89页 |
| 第一章 基于~(18)O稳定同位素标记的磷酸化蛋白质组学差异定量分析方法的建立 | 第55-66页 |
| 1.材料与方法 | 第55-56页 |
| ·药品与试剂 | 第55页 |
| ·仪器及软件 | 第55-56页 |
| ·实验方法 | 第56页 |
| ·~(18)O稳定同位素标记磷酸化肽段 | 第56页 |
| ·样品脱盐 | 第56页 |
| 2.结果与讨论 | 第56-66页 |
| ·~(18)O稳定同位素标记磷酸化肽段条件的优化 | 第56-61页 |
| ·标记时间的考察 | 第56-57页 |
| ·标记后胰蛋白酶的灭活 | 第57页 |
| ·标记方法的动态范围及灵敏度 | 第57-61页 |
| ·~(18)O标记磷酸化肽段在IPG-IEF与SCX富集路线中稳定性的考察 | 第61-63页 |
| ·~(18)O标记肽段在脱盐条件及TiO_2富集路线中稳定性的考察 | 第63-66页 |
| 第二章 HepG2/HepG2-HBx细胞模型的定性及定量磷酸化蛋白质组研究 | 第66-85页 |
| 1.材料与方法 | 第67-70页 |
| ·药品与试剂 | 第67页 |
| ·仪器及软件 | 第67页 |
| ·实验方法 | 第67-70页 |
| ·HBx相关细胞模型的建立及细胞培养 | 第67页 |
| ·细胞裂解及蛋白酶切 | 第67-68页 |
| ·SCX色谱预分离磷酸化肽段 | 第68页 |
| ·IPG-IEF分离富集磷酸化肽段 | 第68页 |
| ·TiO_2分离富集磷酸化肽段 | 第68页 |
| ·质谱分析 | 第68-70页 |
| ·液相色谱条件 | 第69页 |
| ·质谱条件 | 第69页 |
| ·质谱数据的检索与分析 | 第69-70页 |
| 2.结果与讨论 | 第70-85页 |
| ·建立稳定细胞株(由军事医学科学院二所十室博士生方勤美完成) | 第70页 |
| ·IPG-IEF分离富集磷酸化肽段方法的建立及与SCX的比较 | 第70-71页 |
| ·TiO_2对磷酸化肽段富集有效性的考察 | 第71页 |
| ·磷酸化肽段联合富集路线(IPG-IEF-TiO_2)的建立及评价 | 第71-73页 |
| ·HepG2/HepG2-HBx细胞模型中磷酸化蛋白质组定性分析 | 第73页 |
| ·鉴定蛋白质的GOfact功能分类: | 第73-75页 |
| ·HepG2/HepG2-HBx细胞模型中磷酸化蛋白质组的差异定量分析 | 第75-85页 |
| ·MSOQ定量软件的编写 | 第75-78页 |
| ·差异定量分析 | 第78-85页 |
| ·差异定量分析结果 | 第78-80页 |
| ·差异蛋白质功能信息分析 | 第80-85页 |
| 小结 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-89页 |
| 结语 | 第89-90页 |
| 附录 | 第90-107页 |
| 致谢 | 第107-108页 |
| 在学期间发表论文 | 第108-110页 |
| 附：发表文章 | 第110-115页 |
