| 中文摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-28页 |
| ·生物信息学在代谢网络构建中的应用 | 第8-10页 |
| ·生物代谢网络模型发展现状 | 第10-13页 |
| ·全基因组尺度代谢网络构建过程 | 第13-19页 |
| ·基因注释 | 第13-15页 |
| ·建立代谢反应及反应物列表 | 第15页 |
| ·建立代谢网络 | 第15-16页 |
| ·重构代谢网络的完善 | 第16页 |
| ·利用代谢网络建立计量学矩阵 | 第16-17页 |
| ·代谢途径的优化 | 第17-18页 |
| ·利用通量平衡分析（FBA）评估代谢网络模型 | 第18页 |
| ·确定功能函数 | 第18页 |
| ·模型修正 | 第18-19页 |
| ·代谢网络构建技术 | 第19-21页 |
| ·代谢网络初步构建软件 | 第19-20页 |
| ·网络gap 填补过程中使用的软件 | 第20页 |
| ·重构代谢网络的分析方法 | 第20-21页 |
| ·重构代谢网络的应用 | 第21-25页 |
| ·完善代谢网络 | 第21页 |
| ·in silico 预测 | 第21-22页 |
| ·指导湿实验 | 第22-24页 |
| ·辅助疾病治疗 | 第24-25页 |
| ·设计新的菌型 | 第25页 |
| ·枯草芽孢杆菌代谢网络重构研究现状 | 第25-27页 |
| ·枯草芽孢杆菌简介 | 第25-26页 |
| ·枯草芽孢杆菌代谢网络重构研究现状 | 第26-27页 |
| ·本论文研究的意义 | 第27页 |
| ·本论文研究的主要内容 | 第27-28页 |
| 第二章 枯草芽孢杆菌代谢网络数据的获得 | 第28-37页 |
| ·由数据库获取B. subtilis 基因组，酶及代谢反应数据 | 第28-32页 |
| ·由KEGG 获取B. subtilis 基因组、酶及代谢反应数据 | 第28-29页 |
| ·由Expasy 获取B. subtilis 基因组、酶及代谢反应数据 | 第29-31页 |
| ·由Subtilist 获取B. subtilis 基因组、酶及代谢反应数据 | 第31-32页 |
| ·数据库信息比对 | 第32-35页 |
| ·数据库信息按BG 比对 | 第32-33页 |
| ·数据库信息按EC 比对 | 第33-34页 |
| ·Subtilist 数据库酶号更新 | 第34-35页 |
| ·小结 | 第35-37页 |
| 第三章 比对结果的修正和完善 | 第37-46页 |
| ·可信度设定 | 第37-38页 |
| ·比对结果的整理及相关文献查阅 | 第38-43页 |
| ·数据处理的原则 | 第38页 |
| ·数据处理过程及结果 | 第38-43页 |
| ·各部分数据的合并整理 | 第43-45页 |
| ·小结 | 第45-46页 |
| 第四章 相关附表的整理 | 第46-53页 |
| ·无反应基因列表 | 第46-47页 |
| ·酶号不全的基因列表 | 第47-49页 |
| ·多底物酶列表 | 第49页 |
| ·总反应列表 | 第49-50页 |
| ·输反应列表 | 第50-51页 |
| ·蛋白亚基列表 | 第51页 |
| ·小结 | 第51-53页 |
| 第五章 结论及展望 | 第53-55页 |
| ·结论 | 第53-54页 |
| ·后续工作 | 第54页 |
| ·展望 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 附录一 应用Excel 进行枯草芽孢杆菌代谢反应数据库的建立 | 第60-68页 |
| 附录二 由互联网所得各数据库信息及新建数据库信息说明 | 第68-69页 |
| 发表论文和科研情况说明 | 第69-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
