| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 文献综述 | 第12-42页 |
| 前言 | 第12页 |
| 1 生物微阵列的简介 | 第12-23页 |
| ·生物微阵列的起源和基本原理 | 第12-14页 |
| ·生物微阵列的分类 | 第14-18页 |
| ·根据制备原理分类 | 第14页 |
| ·根据探针制备分类 | 第14-15页 |
| ·根据微阵列制备方法分类 | 第15-16页 |
| ·根据微阵列支持物分类 | 第16-17页 |
| ·根据标记核酸分子分类 | 第17-18页 |
| ·DNA微阵列基因表达分析中的应用 | 第18-20页 |
| ·表达差异的研究 | 第18-19页 |
| ·基因表达的时空特点 | 第19-20页 |
| ·为新基因或者基因新功能的的发现提供线索 | 第20页 |
| ·DNA微阵列的现状及前景 | 第20-23页 |
| ·微阵列技术的不足 | 第21-22页 |
| ·微阵列技术的前景 | 第22-23页 |
| 2 微生物功能基因微阵列 | 第23-27页 |
| ·微生物功能基因微阵列简介 | 第23-24页 |
| ·微生物功能基因微阵列的设计流程 | 第24-25页 |
| ·微生物功能基因微阵列的设计结果 | 第25-26页 |
| ·微生物功能基因微阵列的应用 | 第26-27页 |
| 3 DNA微阵列中的生物信息学 | 第27-31页 |
| ·DNA微阵列技术中涉及的生物信息学内容 | 第27-28页 |
| ·DNA微阵列设计中生物信息的利用 | 第28-29页 |
| ·探针的设计 | 第28页 |
| ·微阵列点阵布局的设计及数据的存储 | 第28-29页 |
| ·DNA微阵列实验结果的数据处理 | 第29-30页 |
| ·信号与噪声的控制 | 第29页 |
| ·数据标准化 | 第29-30页 |
| ·DNA微阵列实验结果的信息挖掘 | 第30-31页 |
| ·基因表达差异分析 | 第30页 |
| ·聚类与其它统计分析 | 第30-31页 |
| 4 镰刀菌的研究现状 | 第31-37页 |
| ·尖孢镰刀菌介绍 | 第31-32页 |
| ·尖孢镰刀菌基因研究状况 | 第32-34页 |
| ·信号传导基因 | 第33页 |
| ·降解植物细胞壁基因 | 第33-34页 |
| ·克服植物防御反应基因 | 第34页 |
| ·植物致病真菌的功能基因组及微阵列研究状况 | 第34-37页 |
| ·植物致病真菌的基因组测序状况 | 第34-35页 |
| ·植物致病真菌的功能基因组研究状况 | 第35-36页 |
| ·镰刀菌的功能基因组研究状况 | 第36-37页 |
| 参考文献 | 第37-42页 |
| 第一部分 尖孢镰刀菌的微阵列研究 | 第42-77页 |
| 前言 | 第42-43页 |
| 1 材料与方法 | 第43-54页 |
| ·实验菌株及培养条件 | 第43-44页 |
| ·cDNA文库的构建 | 第44-46页 |
| ·RNA的提取 | 第44-45页 |
| ·cDNA第一链的生成及PCR扩增 | 第45-46页 |
| ·文库构建和质粒抽提 | 第46页 |
| ·EST测序 | 第46-47页 |
| ·EST序列的生物信息学分析 | 第47-50页 |
| ·EST序列处理的硬件环境和软件信息 | 第47-48页 |
| ·EST序列处理的基本流程 | 第48-49页 |
| ·EST序列与相关基因组或EST的同源性比较 | 第49-50页 |
| ·cDNA微阵列的制备 | 第50-51页 |
| ·用于cDNA阵列制备的克隆 | 第50页 |
| ·cDNA克隆的PCR扩增与质量控制 | 第50页 |
| ·PCR产物纯化和点样前处理 | 第50页 |
| ·cDNA阵列制备 | 第50-51页 |
| ·cDNA微阵列的杂交与数据处理 | 第51-53页 |
| ·cDNA阵列探针的准备 | 第51页 |
| ·cDNA微阵列的杂交和杂交后处理 | 第51-52页 |
| ·cDNA微阵列的数据处理 | 第52-53页 |
| ·实时荧光定量PCR分析 | 第53-54页 |
| 2 实验结果及数据分析 | 第54-65页 |
| ·尖孢镰刀菌EST分析 | 第54-59页 |
| ·cDNA文库及EST序列质量 | 第54-55页 |
| ·高度重复表达TUT的鉴定 | 第55页 |
| ·功能分类 | 第55-57页 |
| ·序列同源性比较 | 第57-59页 |
| ·尖孢镰刀菌分生孢子发育的微阵列研究 | 第59-64页 |
| ·杂交信号分析 | 第59-60页 |
| ·差异表达基因 | 第60-64页 |
| ·实时定量PCR验证cDNA微阵列的差异表达结果 | 第64-65页 |
| 3 讨论 | 第65-73页 |
| ·本实验的背景和意义 | 第65-66页 |
| ·EST测序得到的基因信息 | 第66-67页 |
| ·致病相关基因的克隆 | 第66-67页 |
| ·新基因的克隆 | 第67页 |
| ·基因同源性比较中的发现 | 第67-68页 |
| ·尖孢镰刀菌与其它子囊真菌的亲缘关系 | 第67-68页 |
| ·尖孢镰刀菌与禾谷镰刀菌比较基因组分析 | 第68页 |
| ·尖孢镰刀菌分生孢子发育过程中相关基因的表达 | 第68-71页 |
| ·EST与cDNA微阵列检测基因表达水平 | 第68-69页 |
| ·核糖体蛋白基因的表达与作用 | 第69页 |
| ·时钟调控基因的表达与作用 | 第69页 |
| ·ras基因的表达与作用 | 第69-70页 |
| ·apsA基因的表达与作用 | 第70-71页 |
| ·微阵列的信息分析 | 第71-73页 |
| ·微阵列的信息分析流程 | 第71页 |
| ·微阵列分析中应该注意到的问题 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-77页 |
| 第二部分 微生物功能基因微阵列中gyrB微阵列的设计和错配探针微阵列的研究 | 第77-110页 |
| 前言 | 第77-80页 |
| 1 材料与方法 | 第80-89页 |
| ·软件和硬件信息 | 第80-81页 |
| ·gyrB序列数据库和网站服务的建立 | 第81-82页 |
| ·gyrB序列的收集和整理 | 第81页 |
| ·gyrB序列数据库网站服务的建立 | 第81-82页 |
| ·gyrB微阵列的设计和制备 | 第82-83页 |
| ·gyrB探针的设计和合成 | 第82页 |
| ·gyrB微阵列的制备 | 第82-83页 |
| ·错配探针设计及微阵列的制备 | 第83-84页 |
| ·错配探针微阵列的构成 | 第83-84页 |
| ·错配探针微阵列的制备 | 第84页 |
| ·错配探针微阵列的杂交 | 第84-87页 |
| ·样本的准备 | 第84-86页 |
| ·错配探针微阵列的杂交 | 第86-87页 |
| ·错配探针微阵列的数据处理 | 第87-89页 |
| ·微阵列的扫描和数据提取 | 第87-88页 |
| ·位置决定的最邻近模型 | 第88页 |
| ·改进的位置决定的最邻近模型(MPDNN) | 第88-89页 |
| 2 实验结果及数据分析 | 第89-100页 |
| ·gyrB序列数据库、网站服务系统及微阵列的设计 | 第89-93页 |
| ·数据库概况 | 第89-90页 |
| ·gyrB序列网站信息服务系统 | 第90-92页 |
| ·gyrB微阵列探针的设计结果 | 第92-93页 |
| ·错配探针微阵列 | 第93-100页 |
| ·错配探针微阵列的灵敏度检验 | 第93-94页 |
| ·探针中错配碱基分布位置对微阵列信号强度的影响 | 第94页 |
| ·长片断(50bp)探针中错配碱基数量对微阵列信号强度的影响 | 第94-95页 |
| ·非特异性同源目标序列与错配探针的关系 | 第95-96页 |
| ·改进的位置决定最邻近法构建错配探针微阵列中自由能模型 | 第96-100页 |
| 3 讨论 | 第100-107页 |
| ·gyrB数据库构建及微阵列的制备 | 第100-101页 |
| ·gyrB基因数据库的建立 | 第100-101页 |
| ·gyrB微阵列的制备和后续的研究目标 | 第101页 |
| ·错配探针微阵列 | 第101-107页 |
| ·错配探针的研究状况 | 第101-102页 |
| ·FGA中错配探针设计的基本参数 | 第102-103页 |
| ·改进的位置决定最邻近模型(MPDNN)指导错配探针的设计 | 第103-105页 |
| ·错配探针信号分析模型 | 第105-107页 |
| ·微阵列的设计和检测 | 第107页 |
| 参考文献 | 第107-110页 |
| 致谢 | 第110页 |
