嗜热核糖核酸酶及其同源蛋白的分子动力学模拟研究
| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-14页 |
| ·引言 | 第9-10页 |
| ·生物大分子的计算机模拟方法 | 第10-14页 |
| ·量子力学方法 | 第10-11页 |
| ·分子力学方法 | 第11页 |
| ·分子动力学方法 | 第11-12页 |
| ·蒙特卡洛方法 | 第12页 |
| ·其他模拟方法 | 第12-14页 |
| 第二章 分子动力学模拟的理论基础 | 第14-29页 |
| ·基本原理 | 第14页 |
| ·分子动力学微分方程的求解 | 第14-15页 |
| ·周期性边界条件 | 第15-16页 |
| ·力的计算 | 第16页 |
| ·约束算法 | 第16-17页 |
| ·能量优化 | 第17-18页 |
| ·最陡下降法 | 第18页 |
| ·共轭梯度法 | 第18页 |
| ·分子力场 | 第18-26页 |
| ·非键相互作用 | 第21-23页 |
| ·成键相互作用 | 第23-25页 |
| ·特殊相互作用 | 第25-26页 |
| ·温度和压力耦合 | 第26-27页 |
| ·分子动力学的初始化 | 第27-29页 |
| 第三章 嗜热和适温核糖核酸酶概况 | 第29-37页 |
| ·嗜热酶简介 | 第29页 |
| ·嗜热酶的来源 | 第29-30页 |
| ·嗜热酶与非嗜热酶的特征差异 | 第30-31页 |
| ·嗜热酶比非嗜热酶具有更好的热稳定性 | 第30页 |
| ·嗜热酶具有良好的酸碱稳定性 | 第30-31页 |
| ·嗜热蛋白具有耐有机溶剂的特性 | 第31页 |
| ·嗜热蛋白的耐热机制 | 第31-34页 |
| ·氨基酸组成 | 第31-32页 |
| ·构象的刚性 | 第32-33页 |
| ·静电相互作用 | 第33页 |
| ·氢键和二硫键 | 第33-34页 |
| ·其他因素 | 第34页 |
| ·嗜热蛋白的应用 | 第34-35页 |
| ·核糖核酸酶HI的结构特征 | 第35-37页 |
| 第四章 核糖核酸酶的分子动力学模拟 | 第37-57页 |
| ·实验方法和过程 | 第37-42页 |
| ·分子动力学模拟过程 | 第37-39页 |
| ·数据分析 | 第39-42页 |
| ·实验结果和讨论 | 第42-57页 |
| ·蛋白结构的稳定性 | 第42-46页 |
| ·蛋白构象的柔性 | 第46-48页 |
| ·相关性运动 | 第48-53页 |
| ·静电相互作用 | 第53-57页 |
| 结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 发表论文 | 第63页 |
