真核生物基因组结构自动注释系统研究
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-12页 |
| 1 绪论 | 第12-23页 |
| ·课题来源、目的与意义 | 第12-14页 |
| ·课题来源 | 第12页 |
| ·课题目的与意义 | 第12-14页 |
| ·基因组结构注释系统的国内外研究现状 | 第14-21页 |
| ·基因组结构注释 | 第14-17页 |
| ·基因组结构注释的web 服务 | 第17-21页 |
| ·本文的研究内容 | 第21页 |
| ·本文的组织结构 | 第21-23页 |
| 2 基因组结构注释系统总体框架 | 第23-31页 |
| ·基因组结构注释系统 | 第23-28页 |
| ·注释流程与系统框架 | 第23页 |
| ·基于蛋白质序列信息的基因注释 | 第23-25页 |
| ·cDNA 基因注释 | 第25-26页 |
| ·EST 基因注释 | 第26-27页 |
| ·基因结构从头预测 | 第27-28页 |
| ·融合全基因组相似性信息的基因结构预测 | 第28页 |
| ·基因组结构注释数据库系统 | 第28-29页 |
| ·基因组注释数据浏览器 | 第29页 |
| ·基于高性能计算环境的基因组结构注释系统 | 第29-30页 |
| ·本章小节 | 第30-31页 |
| 3 基因组结构注释方法 | 第31-56页 |
| ·基于EST 序列数据识别基因结构 | 第31-40页 |
| ·判别基因序列的真实EST 匹配的措施 | 第32-34页 |
| ·基于EST 序列数据识别基因结构的流程 | 第34-37页 |
| ·基于EST 序列数据识别基因结构的效果 | 第37-40页 |
| ·基因结构预测的统计学建模方法 | 第40-49页 |
| ·基于多级优化预测基因结构的基本思想 | 第40-42页 |
| ·基因结构的分级建模 | 第42-46页 |
| ·基因结构预测的动态规划算法 | 第46-48页 |
| ·结果与分析 | 第48-49页 |
| ·融合全基因组相似性信息的基因结构预测 | 第49-55页 |
| ·训练集与测试集 | 第49-50页 |
| ·基因组匹配中相似性信息的挖掘 | 第50-53页 |
| ·将相似性信息整合于基因结构从头预测方法 | 第53页 |
| ·结果与分析 | 第53-55页 |
| ·本章小节 | 第55-56页 |
| 4 基因组结构注释数据库 | 第56-84页 |
| ·任务分析 | 第56-62页 |
| ·难点分析 | 第56-57页 |
| ·国内外现状 | 第57-60页 |
| ·数据库的特征分析 | 第60页 |
| ·研制的基本策略 | 第60-62页 |
| ·需求分析 | 第62-68页 |
| ·涵盖的信息 | 第62-64页 |
| ·基因组结构注释数据事务处理 | 第64-68页 |
| ·以注释元件为核心的概念模型 | 第68-75页 |
| ·以元件为核心组织数据 | 第69-71页 |
| ·原始概念模型 | 第71页 |
| ·模型优化 | 第71-75页 |
| ·以支持高效事务处理为目标的数据库存储优化 | 第75-78页 |
| ·针对坐标检索优化存储表结构 | 第75-78页 |
| ·基于序列内容检索的支持 | 第78页 |
| ·基因组结构注释数据库代码生成器 | 第78-82页 |
| ·代码生成器 | 第79页 |
| ·数据库及其访问工具选型 | 第79-80页 |
| ·描述基因组结构注释对象 | 第80-82页 |
| ·本章小节 | 第82-84页 |
| 5 基因组可视化浏览器 | 第84-105页 |
| ·引言 | 第84-89页 |
| ·背景意义 | 第84-85页 |
| ·任务分析 | 第85-86页 |
| ·国内外现状 | 第86-89页 |
| ·方案制定 | 第89-92页 |
| ·数据可视化展示策略 | 第89-91页 |
| ·可视化导航浏览策略 | 第91-92页 |
| ·以注释元件为中心的数据展示 | 第92-98页 |
| ·分层展示 | 第92-94页 |
| ·注释元件块 | 第94-98页 |
| ·以染色体为中心的导航策略改进 | 第98-99页 |
| ·自适应步长的轨道漫游 | 第98-99页 |
| ·自适应分辨率的轨道放缩 | 第99页 |
| ·基于SVG 的基因组可视化浏览器开发 | 第99-104页 |
| ·技术需求分析 | 第99-100页 |
| ·网络图形技术现状 | 第100页 |
| ·SVG 技术分析 | 第100-103页 |
| ·采用SVG 制作基因组可视化浏览器 | 第103-104页 |
| ·本章小节 | 第104-105页 |
| 6 基因组结构注释系统的网络部署 | 第105-120页 |
| ·基因组结构注释系统的整体框架 | 第105页 |
| ·基因组结构注释数据库 web 应用系统 | 第105-107页 |
| ·系统的计算业务需求 | 第107-112页 |
| ·计算面临的问题 | 第107-108页 |
| ·国内外现状 | 第108-111页 |
| ·基因组结构自动注释计算业务需求 | 第111-112页 |
| ·基于网格技术的系统解决方案 | 第112-114页 |
| ·目前拥有的硬件环境 | 第112页 |
| ·系统的软硬件体系结构 | 第112-114页 |
| ·系统实施 | 第114-119页 |
| ·基于高性能计算环境的生物信息计算 | 第114-116页 |
| ·生物信息网格计算服务 | 第116-117页 |
| ·系统的网格服务部署 | 第117-119页 |
| ·本章小节 | 第119-120页 |
| 7 总结 | 第120-122页 |
| ·本文的工作 | 第120-121页 |
| ·进一步的工作 | 第121-122页 |
| 致谢 | 第122-124页 |
| 参考文献 | 第124-133页 |
| 附录1 攻读博士学位期间的学术论文及获奖情况 | 第133-135页 |
| 附录2 攻读博士学位期间参加的主要科研项目 | 第135页 |
