| 摘要 | 第1-13页 |
| Abstract | 第13-17页 |
| 第一部分 | 第17-100页 |
| 第一章 综述 | 第18-41页 |
| ·DNA分子结构的多样性 | 第18页 |
| ·DNA结构探针 | 第18-20页 |
| ·天然小分子作为结构探针 | 第19页 |
| ·大环芳香配合物作为DNA结构探针 | 第19页 |
| ·寡聚酰胺序列作为DNA结构探针 | 第19-20页 |
| ·核酸链作为DNA结构探针 | 第20页 |
| ·基于吲哚的化合物作为DNA结构探针 | 第20页 |
| ·大环芳香金属配合物键合DNA的研究方法 | 第20-24页 |
| ·光谱学方法 | 第20-21页 |
| ·磁共振方法 | 第21-22页 |
| ·硬射线方法 | 第22页 |
| ·电化学方法 | 第22页 |
| ·理论化学方法 | 第22-24页 |
| ·金属配合物键合DNA研究中存在的问题及展望 | 第24页 |
| ·错配核酸及其识别修复研究进展 | 第24-33页 |
| ·错配理论的提出 | 第24-25页 |
| ·错配碱基对简介 | 第25-28页 |
| ·嘌呤：嘧啶配对 | 第25-26页 |
| ·嘌呤：嘌呤配对 | 第26-27页 |
| ·嘧啶：嘧啶配对 | 第27页 |
| ·带修饰基团的碱基错配 | 第27-28页 |
| ·错配碱基的热力学性质 | 第28页 |
| ·错配碱基与客体的作用 | 第28-29页 |
| ·错配核酸的识别与修复 | 第29-33页 |
| ·识别要素 | 第29-30页 |
| ·识别修复模型 | 第30-33页 |
| ·已有的研究基础 | 第33页 |
| ·本论文开展的工作 | 第33-34页 |
| 参考文献 | 第34-41页 |
| 第二章 分子力学理论 | 第41-55页 |
| ·分子力学基本原理 | 第41-43页 |
| ·分子力学基本假设 | 第41页 |
| ·力场 | 第41-42页 |
| ·设计力场时的一些问题 | 第42-43页 |
| ·分子结构优化方法 | 第43-47页 |
| ·能量最小化方法概述 | 第43-44页 |
| ·非求导的最小化方法 | 第44-45页 |
| ·单形方法 | 第44页 |
| ·连续单变量方法 | 第44-45页 |
| ·求导最小化方法 | 第45-46页 |
| ·一阶最小化算法 | 第45-46页 |
| ·二阶求导方法：Newton-Raphson方法 | 第46页 |
| ·最小化方法的选择 | 第46-47页 |
| ·分子动力学方法 | 第47-51页 |
| ·分子动力学概述 | 第47-48页 |
| ·分子动力学的积分算法 | 第48页 |
| ·分子动力学计算的时间间隔 | 第48-49页 |
| ·分子动力学的模拟类型 | 第49页 |
| ·分子动力学轨迹 | 第49-50页 |
| ·分子动力学计算的一般方法 | 第50-51页 |
| ·ESFF力场介绍 | 第51-54页 |
| ·函数形式 | 第51-53页 |
| ·键伸缩能 | 第51-52页 |
| ·键角开合能 | 第52页 |
| ·扭转能 | 第52页 |
| ·平面外作用能 | 第52页 |
| ·静电作用能 | 第52-53页 |
| ·范德华相互作用 | 第53页 |
| ·原子类型 | 第53-54页 |
| ·理论与实验的结合方式及本论文的思路 | 第54页 |
| 参考文献 | 第54-55页 |
| 第三章 [Co(phen)_2dpq]~(3+)与正常及错配序列DNA相互作用的分子力学模拟 | 第55-79页 |
| 摘要 | 第55页 |
| ·前言 | 第55-56页 |
| ·模拟方法 | 第56-57页 |
| ·[Co(phen)_2dpq]~(3+)与B-DNA相互作用模拟及与实验结果的比较 | 第57-67页 |
| ·实验结果简介 | 第57-60页 |
| ·一维核磁 | 第57-58页 |
| ·二维核磁 | 第58-60页 |
| ·计算结果 | 第60-61页 |
| ·计算结果辅助的相关峰指认 | 第61-63页 |
| ·进一步分析与讨论 | 第63-66页 |
| ·配合物与ODN结合之后的结构 | 第63-64页 |
| ·手性选择性 | 第64-65页 |
| ·沟的选择性 | 第65-66页 |
| ·氢键 | 第66页 |
| ·静电相互作用 | 第66页 |
| ·小节 | 第66-67页 |
| ·[Co(phen)_2dpq]~(3+)与错配序列DNA相互作用的分子模拟 | 第67-74页 |
| ·计算结果 | 第67-69页 |
| ·分析与讨论 | 第69-74页 |
| ·配合物与错配DNA结合体的结构 | 第69页 |
| ·识别机理 | 第69-71页 |
| ·静电作用的影响 | 第71-72页 |
| ·修复机理 | 第72-74页 |
| ·第三章 小节 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-79页 |
| 第四章 [Co(phen)_2hpip~(3+)与正常及错配序列DNA相互作用的分子力学研究 | 第79-100页 |
| 摘要 | 第79页 |
| 前言 | 第79-80页 |
| 计算方法 | 第80-83页 |
| ·[Co(phen)_2hpip]~(3+)与正常序列DNA相互作用的分子力学研究 | 第83-88页 |
| ·计算结果及其分析 | 第83-84页 |
| ·讨论 | 第84-87页 |
| ·相互作用后的精细结构 | 第84-85页 |
| ·相互作用选择性和特异性 | 第85-86页 |
| ·详细的能量分析 | 第86-87页 |
| ·第一节小节 | 第87-88页 |
| ·[Co(phen)_2hpip]~(3+)与含剪式错配序列DNA相互作用的分子模拟 | 第88-96页 |
| ·计算结果及分析 | 第88-91页 |
| ·配合物-DNA结合体的精细结构 | 第91页 |
| ·配合物对剪式DNA的识别 | 第91-94页 |
| ·选择性与特异性 | 第91-92页 |
| ·静电相互作用的影响 | 第92-94页 |
| ·配合物对剪式DNA的修复 | 第94-95页 |
| ·基于能量的思考 | 第94页 |
| ·结构分析 | 第94-95页 |
| ·第二节小节 | 第95-96页 |
| ·与在真空中模拟的识别作用比较 | 第96-97页 |
| ·总结 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-100页 |
| 第二部分 | 第100-143页 |
| 第一章 综述 | 第101-110页 |
| ·碳原子的常见成键形式 | 第101-102页 |
| ·sp杂化成键 | 第101-102页 |
| ·sp~2杂化成键 | 第102页 |
| ·sp~3杂化成键 | 第102页 |
| ·非标准立体化学环境中的碳原子 | 第102-103页 |
| ·平面四配位和金字塔状四配位碳原子研究现状 | 第103-106页 |
| ·不足与展望 | 第106-107页 |
| ·本论文开展的工作 | 第107页 |
| 参考文献 | 第107-110页 |
| 第二章 研究方法及其理论基础 | 第110-120页 |
| ·第一性原理与Hartree-Fock近似 | 第110-112页 |
| ·从头计算方法(Abinitio method) | 第112-113页 |
| ·密度泛函方法(DFT) | 第113-115页 |
| ·Gaussian 03程序包简介 | 第115-116页 |
| ·与本轮文相关的具体理论方法 | 第116-117页 |
| ·结构优化和频率分析 | 第116页 |
| ·分子轨道分析 | 第116页 |
| ·自然键轨道分析 | 第116-117页 |
| ·独立于核的化学位移 | 第117页 |
| 参考文献 | 第117-120页 |
| 第三章 含六个平面四配位碳原子的分子轮 | 第120-132页 |
| 引言 | 第120页 |
| ·计算方法 | 第120-121页 |
| ·计算结果 | 第121页 |
| ·讨论 | 第121-125页 |
| ·结构特征 | 第121-123页 |
| ·芳香性分析 | 第123-124页 |
| ·轨道分析 | 第124页 |
| ·NBO分析 | 第124-125页 |
| ·小节 | 第125页 |
| 参考文献 | 第125-132页 |
| 第四章 含多个平面四配位碳原子的氢化金属化合物 | 第132-143页 |
| ·前言 | 第132页 |
| ·计算方法 | 第132-133页 |
| ·结果与讨论 | 第133-136页 |
| ·结构特征 | 第133-135页 |
| ·芳香性研究 | 第135-136页 |
| ·NBO分析 | 第136页 |
| ·本章小节 | 第136-138页 |
| 参考文献 | 第138-143页 |
| 主要结论与展望 | 第143-146页 |
| 主要结论 | 第143-145页 |
| 展望 | 第145-146页 |
| 附录1：硕博连读期间发表和待发表的论文 | 第146-147页 |
| 附录2：代表性学术论文两篇 | 第147-148页 |
| 致谢 | 第148-149页 |
| 承诺书 | 第149-150页 |
| 附发表文章 | 第150-162页 |
