| 中文摘要 | 第1-12页 |
| 英文摘要 | 第12-15页 |
| 第一部分 文献综述 | 第15-48页 |
| 第一章 牦牛及其系统发育研究进展 | 第15-25页 |
| 1 牦牛的分类地位 | 第15页 |
| 2 牦牛的起源及驯化 | 第15-16页 |
| 3 中国主要牦牛品种(类群) | 第16-18页 |
| ·天祝白牦牛 | 第16-17页 |
| ·九龙牦牛 | 第17页 |
| ·青海高原牦牛 | 第17页 |
| ·麦洼牦牛 | 第17-18页 |
| ·西藏高山牦牛 | 第18页 |
| 4 野牦牛 | 第18-19页 |
| 5 牦牛遗传多样性及系统发育研究进展 | 第19-23页 |
| ·细胞水平遗传多样性与系统发育 | 第19-20页 |
| ·生化水平遗传多样性与系统发育 | 第20-21页 |
| ·分子水平遗传多样性与系统发育 | 第21-23页 |
| 参考文献 | 第23-25页 |
| 第二章 微卫星及其在牛系统发育研究中的应用 | 第25-40页 |
| 1 牛基因组微卫星序列 | 第25-31页 |
| ·微卫星的发现与命名 | 第25-26页 |
| ·微卫星的起源与多态形成机制 | 第26页 |
| ·微卫星的突变率 | 第26页 |
| ·微卫星的分类 | 第26-27页 |
| ·微卫星标记的优点 | 第27-29页 |
| ·微卫星的不稳定性 | 第29页 |
| ·微卫星的生物学功能 | 第29-30页 |
| ·基因组微卫星标记的筛选方法 | 第30-31页 |
| ·微卫星多态的统计分析 | 第31页 |
| 2 微卫星在牛系统发育研究中的应用 | 第31-33页 |
| ·牛的起源研究 | 第31-32页 |
| ·牛的系统发育研究 | 第32-33页 |
| 参考文献 | 第33-40页 |
| 第三章 MHC及其在牛系统发育研究中的应用 | 第40-45页 |
| 1 牛主要组织相溶性复合物(BoLA) | 第40-44页 |
| ·BoLA的发现与命名 | 第40页 |
| ·BoLA的定位及基因结构 | 第40-41页 |
| ·BoLA的基本特征 | 第41-43页 |
| ·BoLA的多态形成机制 | 第43页 |
| ·BoLA的进化速率 | 第43页 |
| ·BoLA与抗病性 | 第43-44页 |
| 2 MHC在牛系统发育研究中的应用 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-48页 |
| 第二部分 中国牦牛微卫星标记的筛选、全基因组扫描与分子系统发育研究 | 第48-83页 |
| 第一章 中国牦牛基因组微卫星富集文库的构建 | 第48-64页 |
| 1 实验材料 | 第49-51页 |
| ·实验动物 | 第49页 |
| ·引物合成 | 第49页 |
| ·试剂盒及药品 | 第49页 |
| ·菌株、载体 | 第49页 |
| ·主要仪器 | 第49-50页 |
| ·试剂配制 | 第50-51页 |
| 2 实验方法 | 第51-55页 |
| ·牦牛肝脏基因组DNA的提取 | 第51-52页 |
| ·DH-5α感受态细胞的制备 | 第52页 |
| ·转化 | 第52页 |
| ·质粒DNA的提取 | 第52-53页 |
| ·牦牛基因组微卫星富集文库的构建步骤 | 第53-55页 |
| ·微卫星富集文库的抽样鉴定 | 第55页 |
| ·大规模测序 | 第55页 |
| 3 结果与分析 | 第55-59页 |
| ·牦牛基因组酶切 | 第55页 |
| ·酶切片段与接头的连接 | 第55-56页 |
| ·亲和捕捉 | 第56-57页 |
| ·富集文库的抽样鉴定 | 第57页 |
| ·富集文库的大规模测序 | 第57-59页 |
| 4 讨论 | 第59-62页 |
| ·酶切片段的最佳大小 | 第59页 |
| ·牦牛微卫星富集文库 | 第59-60页 |
| ·牦牛微卫星的筛选方法 | 第60-61页 |
| ·牦牛基因组微卫星的基本特征 | 第61-62页 |
| 5 小结 | 第62页 |
| 参考文献 | 第62-64页 |
| 第二章 中国牦牛微卫星全基因组扫描与系统发育分析 | 第64-83页 |
| 1 实验材料 | 第65-66页 |
| ·DNA样品 | 第65页 |
| ·牦牛基因组微卫星荧光引物 | 第65页 |
| ·主要药品 | 第65页 |
| ·主要仪器 | 第65-66页 |
| ·试剂配制 | 第66页 |
| 2 实验方法 | 第66-69页 |
| ·牦牛血液基因组DNA的提取 | 第66-67页 |
| ·牦牛基因组微卫星的扩增 | 第67页 |
| ·微卫星PCR扩增产物的检测分析 | 第67页 |
| ·数据处理与系统发育分析 | 第67-69页 |
| 3 结果与分析 | 第69-77页 |
| ·牦牛微卫星的荧光引物 | 第69页 |
| ·PCR反应条件的优化及引物组合 | 第69-71页 |
| ·大规模基因组扫描 | 第71页 |
| ·群体遗传结构分析 | 第71-74页 |
| ·系统发育分析 | 第74-77页 |
| 4 讨论 | 第77-81页 |
| ·牦牛微卫星标记的筛选和应用 | 第77-78页 |
| ·中国牦牛群体遗传结构 | 第78-79页 |
| ·中国牦牛系统发育 | 第79-81页 |
| 5 小结 | 第81页 |
| 参考文献 | 第81-83页 |
| 第三部分 中国牦牛MHC-DRB3 exon2序列分析与分子系统发育研究 | 第83-114页 |
| 1 实验材料 | 第84-85页 |
| ·DNA样品 | 第84页 |
| ·引物合成 | 第84-85页 |
| ·药品和试剂盒 | 第85页 |
| ·菌体、载体 | 第85页 |
| ·主要仪器 | 第85页 |
| 2 实验方法 | 第85-86页 |
| ·牦牛血液基因组DNA的提取 | 第85页 |
| ·PCR扩增 | 第85页 |
| ·克隆测序 | 第85-86页 |
| ·序列整理 | 第86页 |
| ·数据处理与系统发育分析 | 第86页 |
| 3 结果与分析 | 第86-107页 |
| ·PCR扩增和测序结果 | 第86-87页 |
| ·中国主要牦牛品种(类群)MHC-DRB3 exon2序列的遗传多样性 | 第87-98页 |
| ·中国主要牦牛品种(类群)MHC-DRB3 exon2氨基酸多样性 | 第98-103页 |
| ·中国牦牛的分子系统发育分析 | 第103-107页 |
| 4 讨论 | 第107-112页 |
| ·MHC-DRB3作为分子系统发育研究遗传标记的可行性 | 第107-108页 |
| ·中国牦牛群体遗传结构 | 第108-109页 |
| ·中国牦牛MHC-DRB3 exon2的碱基组成和密码子使用频率 | 第109-111页 |
| ·中国牦牛系统发育 | 第111-112页 |
| 5 小结 | 第112页 |
| 参考文献 | 第112-114页 |
| 第四部分 结论 | 第114-115页 |
| 附录: 中国主要牦牛品种各微卫星座位等位基因及基因频率 | 第115-124页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第124-125页 |
| 致谢 | 第125页 |
