| 中文摘要 | 第1-4页 |
| 英文摘要 | 第4-9页 |
| 第一部分 前言 | 第9-38页 |
| 1 斑翅蝗科简介及其系统学研究现状 | 第9-12页 |
| ·斑翅蝗科昆虫简介和系统地位 | 第9页 |
| ·斑翅蝗科系统学研究现状 | 第9-10页 |
| ·直翅目斑翅蝗科的化石资料 | 第10-12页 |
| 2 动物线粒体基因组和12S rRNA基因 | 第12-22页 |
| ·动物线粒体基因组特征和基因序列特征 | 第12-13页 |
| ·动物12S rRNA基因结构和分子特征 | 第13-15页 |
| ·rRNA基因在动物系统学应用中的优势和注意事项 | 第15-17页 |
| ·动物12S rRNA二级结构模型 | 第17-19页 |
| ·rRNA基因的加权 | 第19-20页 |
| ·动物12S rRNA基因分子进化和系统学应用概况 | 第20-22页 |
| 3 分子系统学研究方法 | 第22-37页 |
| ·形态方法和分子方法的比较 | 第22-23页 |
| ·分子系统学序列数据的取样问题 | 第23-25页 |
| ·分类单元的选择(taxon sampling) | 第23-25页 |
| ·DNA序列的取样 | 第25页 |
| ·序列比对 | 第25-28页 |
| ·比对概念及一般比对原则 | 第25-26页 |
| ·不同比对程序的比较 | 第26-28页 |
| ·DNA序列加权 | 第28-29页 |
| ·外群(outgroup)的选择 | 第29-30页 |
| ·不同基因和不同建树方法在重建系统发育中的效率 | 第30-32页 |
| ·评估数据系统发育信号和进化树的可靠性与置信度的检验 | 第32-35页 |
| ·数据组总体系统发育信号检验 | 第33页 |
| ·进化树分支可靠性和置信度检验 | 第33-34页 |
| ·似然率检验(LRT) | 第34-35页 |
| ·线粒体假基因(Numts)对分子进化和分子系统学研究的影响 | 第35-37页 |
| ·Numts的存在对分子和进化研究的干扰 | 第35-36页 |
| ·Numts带来的研究新方向 | 第36-37页 |
| 4 本课题研究的目的和意义 | 第37-38页 |
| 第二部分 实验材料与方法 | 第38-49页 |
| 1 实验材料 | 第38-40页 |
| ·标本的采集、鉴定、保存、整理与选择 | 第38页 |
| ·仪器和试剂 | 第38-40页 |
| 2 实验方法 | 第40-43页 |
| ·总DNA提取 | 第40-41页 |
| ·提取过程所用的试剂 | 第40-41页 |
| ·提取步骤 | 第41页 |
| ·基因组DNA的检测 | 第41页 |
| ·PCR扩增目的12S rRNA基因序列 | 第41-43页 |
| ·引物 | 第41-42页 |
| ·PCR扩增体系和扩增条件 | 第42-43页 |
| ·目的片段序列的测定 | 第43页 |
| 3 实验数据处理和分析 | 第43-49页 |
| ·序列编辑 | 第43页 |
| ·序列比对 | 第43-44页 |
| ·序列组成分析 | 第44页 |
| ·数据组信号检测 | 第44-45页 |
| ·建树 | 第45-49页 |
| ·简约法建树 | 第45-46页 |
| ·距离法建树 | 第46页 |
| ·极似然法建树 | 第46-47页 |
| ·贝叶斯系统发育推论法(Bayesian inference of phylogeny | 第47-48页 |
| ·四种建树方法得到的系统树的比较和总结 | 第48-49页 |
| 第三部分 结果分析 | 第49-76页 |
| 1 基因组总DNA的提取、PCR扩增及序列的测定 | 第49-50页 |
| ·基因组总DNA提取 | 第49-50页 |
| ·引物的应用和PCR扩增结果 | 第50页 |
| ·PCR产物测序 | 第50页 |
| 2 实验数据处理和分析 | 第50-66页 |
| ·序列编辑和序列比对结果 | 第50页 |
| ·数据集序列组成分析 | 第50-55页 |
| ·数据组系统发育信号检验 | 第55-59页 |
| ·碱基替换饱和性分析 | 第55-57页 |
| ·PAUP中数据组系统发育信号检验(g1和PTP检验) | 第57-59页 |
| ·系统发育重建 | 第59-66页 |
| ·简约法建树 | 第59-62页 |
| ·距离法建树 | 第62-63页 |
| ·极大似然法建树 | 第63-64页 |
| ·贝叶斯系统发育推论结果 | 第64-65页 |
| ·四种建树方法得到的系统树的比较和总结 | 第65-66页 |
| 3 分析和讨论 | 第66-76页 |
| ·目的序列的获得(12S rRNA基因的核假基因问题讨论) | 第66-67页 |
| ·所研究类群12S rRNA基因部分片段的序列组成和分子进化 | 第67-69页 |
| ·19种斑翅蝗科昆虫的12S rRNA基因序列组成和分子进化特征 | 第67-69页 |
| ·12S rRNA基因茎区和环区碱基的序列组成和分子进化差异 | 第69页 |
| ·12S rRNA基因序列数据系统发育信号评估 | 第69-70页 |
| ·斑翅蝗科部分种类的系统发生关系 | 第70-76页 |
| ·简约法分析 | 第70-71页 |
| ·距离法建树 | 第71-72页 |
| ·极似然法和贝叶斯系统发育推论法建树讨论 | 第72-73页 |
| ·四种方法重建系统发育树的比较 | 第73页 |
| ·斑翅蝗科部分种类的系统发生关系的讨论 | 第73-75页 |
| ·12S rRNA基因在斑翅蝗科昆虫系统发育关系研究中的有效性 | 第75-76页 |
| 第四部分 总结 | 第76-78页 |
| 总结 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-91页 |
| 附录一: 比对结果 | 第91-93页 |
| 附录二: 部分测序结果 | 第93-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第98页 |
