蛋白质理论质谱与肽段断裂模型研究及其应用
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 目录 | 第8-10页 |
| 图目录 | 第10-12页 |
| 表目录 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-23页 |
| ·质谱鉴定方法的实验和假说 | 第13-16页 |
| ·质谱鉴定方法的基本原理 | 第16-19页 |
| ·质谱鉴定与理论质谱预测 | 第19页 |
| ·本文的贡献 | 第19-21页 |
| ·论文的组织 | 第21-23页 |
| 第二章 基于质谱技术的蛋白质鉴定算法综述 | 第23-33页 |
| ·De Novo方法 | 第23-25页 |
| ·序列库搜索方法 | 第25-29页 |
| ·不基于统计的方法 | 第26-28页 |
| ·基于统计技术的方法 | 第28-29页 |
| ·搜索结果再打分验证方法 | 第29页 |
| ·使用Tag的方法 | 第29-30页 |
| ·质谱数据库搜索方法 | 第30-31页 |
| ·质谱鉴定方法的小结 | 第31-33页 |
| 第三章 肽段断裂事件模型 | 第33-49页 |
| ·肽段断裂模型的设计动机 | 第33-34页 |
| ·断裂模型参数的学习算法 | 第34-35页 |
| ·肽键位置和肽键种类对肽段断裂的影响 | 第35-41页 |
| ·数据集 | 第35-36页 |
| ·肽键位置对肽段断裂的影响 | 第36页 |
| ·肽键种类对肽段断裂的影响 | 第36-41页 |
| ·肽段断裂事件分布 | 第41-42页 |
| ·实验肽段断裂事件分布的计算 | 第42-43页 |
| ·理论肽段断裂事件分布的估计 | 第43-44页 |
| ·相似性打分 | 第44-45页 |
| ·基于肽段断裂事件模型分布的实验结果 | 第45-48页 |
| ·实验一:对数据库搜索方法的改进 | 第45-46页 |
| ·实验二:对De Novo算法的改进 | 第46-48页 |
| ·断裂事件模型的优点和不足 | 第48-49页 |
| 第四章 氨基酸中性丢失概率估计 | 第49-61页 |
| ·基于质子迁移假说的中性丢失产生过程 | 第49-50页 |
| ·描述计算中性丢失概率的问题 | 第50-51页 |
| ·EM算法学习中性丢失概率 | 第51-55页 |
| ·实验结果 | 第55-60页 |
| ·数据集 | 第55-56页 |
| ·中性丢失概率 | 第56-57页 |
| ·预测理论质谱 | 第57-59页 |
| ·数据库搜索的改进 | 第59-60页 |
| ·结论 | 第60-61页 |
| 第五章 PI软件系统 | 第61-67页 |
| ·PI的设计思路 | 第61-63页 |
| ·PI系统用户界面 | 第63-65页 |
| ·实验结果 | 第65-66页 |
| ·PI的其他功能 | 第66-67页 |
| 第六章 结束语 | 第67-69页 |
| ·本文工作总结 | 第67页 |
| ·下一步研究方向 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 作者简介 | 第75页 |
