| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-15页 |
| 第1章 绪论(环境宏基因组与甲烷氧化菌研究进展) | 第15-56页 |
| ·引言 | 第15-16页 |
| 第一部分 环境宏基因组与脂肪酶的筛选 | 第16-31页 |
| ·环境宏基因组研究技术进展 | 第16-30页 |
| ·环境宏基因组研究概况 | 第16-17页 |
| ·环境宏基因组的构建 | 第17-18页 |
| ·环境样品总DNA的提取 | 第17-18页 |
| ·载体的选择 | 第18页 |
| ·宿主的选择 | 第18页 |
| ·环境宏基因组文库的筛选 | 第18-23页 |
| ·文库筛选的可行性分析 | 第18-19页 |
| ·筛选文库的的方法 | 第19-21页 |
| ·各种环境宏基因组文库的筛选 | 第21-23页 |
| ·从环境宏基因组文库中筛选脂肪酶 | 第23-30页 |
| ·细菌脂肪酶简介 | 第23页 |
| ·细菌脂肪酶的研究概况 | 第23-24页 |
| ·细菌脂肪酶家族 | 第24-28页 |
| ·脂肪酶的用途 | 第28-29页 |
| ·环境中筛选脂肪酶 | 第29-30页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第30-31页 |
| ·本研究的目的 | 第30页 |
| ·本研究的意义 | 第30-31页 |
| 第二部分 新型甲烷氧化菌的筛选 | 第31-45页 |
| ·甲烷氧化菌研究进展 | 第31-43页 |
| ·甲烷氧化菌研究背景 | 第31-34页 |
| ·地球上甲烷的来源和消耗方式 | 第31-32页 |
| ·微生物介导的甲烷循环 | 第32-33页 |
| ·甲烷氧化菌概况 | 第33-34页 |
| ·甲烷氧化菌的研究进展 | 第34页 |
| ·甲烷氧化菌的分类 | 第34-35页 |
| ·甲烷氧化菌的生态分布 | 第35-36页 |
| ·甲烷氧化菌的特征酶 | 第36-39页 |
| ·甲烷氧化菌的研究方法 | 第39-43页 |
| ·以16S rRNA为基础的甲烷氧化菌的生态学研究 | 第39-40页 |
| ·功能性基因探针检测甲烷氧化菌 | 第40-41页 |
| ·变性梯度凝胶电泳(DGGE)和反转录PER方法分析 | 第41-42页 |
| ·磷脂酸和同位素标记技术 | 第42-43页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第43-45页 |
| ·本研究的目的 | 第43-44页 |
| ·本研究的意义 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-56页 |
| 第2章 长江淡水宏基因组文库中新型酯酶的筛选与鉴定 | 第56-83页 |
| ·引言 | 第56-57页 |
| 第一部分 材料和方法 | 第57-70页 |
| ·试验基本材料 | 第57-58页 |
| ·淡水样品来源 | 第57页 |
| ·试验所用基本材料和仪器设备 | 第57-58页 |
| ·长江水微生物宏基因组库的建立 | 第58-60页 |
| ·长江淡水表层微生物的提取 | 第58页 |
| ·长江淡水宏基因组文库的建立 | 第58-60页 |
| ·长江水微生物基因组的提取 | 第58-59页 |
| ·酶切并回收大片段DN A | 第59-60页 |
| ·构建BAC基因组文库 | 第60页 |
| ·新型酯酶的筛选与鉴定 | 第60-70页 |
| ·筛选带有脂肪酶基因的阳性克隆 | 第60页 |
| ·对阳性克隆进行亚克隆并测序分析 | 第60-70页 |
| ·菌种保存和扩大培养 | 第60-61页 |
| ·抽出阳性克隆中带有脂肪酶基因的质粒 | 第61页 |
| ·亚克隆以及测序分析 | 第61-62页 |
| ·分析测序结果 | 第62-63页 |
| ·构建EstY蛋白表达质粒 | 第63-65页 |
| ·EstY蛋白的表达与纯化 | 第65-67页 |
| ·EstY的酶活测试 | 第67-70页 |
| 第二部分 结果与讨论 | 第70-82页 |
| ·宏基因组文库的构建 | 第70-73页 |
| ·长江水微生物大片段基因组的提取 | 第70页 |
| ·宏基因组文库的构建 | 第70-72页 |
| ·酶切并回收大片段DNA | 第70页 |
| ·构建BAC基因组文库 | 第70-72页 |
| ·结果讨论 | 第72-73页 |
| ·新型酯酶的筛选与鉴定 | 第73-82页 |
| ·筛选带有脂肪酶基因的阳性克隆 | 第73页 |
| ·对阳性克隆进行亚克隆并测序分析 | 第73-76页 |
| ·亚克隆库的建立 | 第74页 |
| ·亚克隆库的筛选 | 第74页 |
| ·阳性亚克隆的序列分析 | 第74-76页 |
| ·酯酶基因EstY融合蛋白的表达和纯化 | 第76-77页 |
| ·EstY的酶活测试 | 第77-80页 |
| ·不同底物的酶活测定 | 第77-78页 |
| ·不同pH对酶活力的影响测定 | 第78页 |
| ·不同温度对酶活力的影响测定 | 第78页 |
| ·不同离子对酶活力的影响测定 | 第78页 |
| ·不同的有机溶剂及去污剂对酶活力的影响测定 | 第78页 |
| ·计算EstY的米氏常数 | 第78-80页 |
| ·结果讨论 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-83页 |
| 第3章 新型甲烷氧化菌的分离及特性研究 | 第83-111页 |
| ·引言 | 第83-84页 |
| 第一部分 材料和方法 | 第84-100页 |
| ·实验配料 | 第84-88页 |
| ·试验仪器设备 | 第84页 |
| ·甲基氧化菌培养基及其它培养基组分 | 第84-87页 |
| 3:2.3 其它试剂 | 第87-88页 |
| ·试验所用引物 | 第88页 |
| ·新型甲烷氧化菌的筛选与鉴定 | 第88-92页 |
| ·取样地点 | 第88页 |
| ·新型甲烷氧化菌的筛选 | 第88-89页 |
| ·新型甲烷氧化菌的鉴定 | 第89-92页 |
| ·新型甲烷氧化菌的基因组提取 | 第89-90页 |
| ·对新型甲烷氧化菌16S rRNA序列特异性扩增和测序 | 第90-92页 |
| ·16S rRNA的序列分析 | 第92页 |
| ·新型甲烷氧化菌的形态特征观察 | 第92页 |
| ·菌种保藏 | 第92页 |
| ·新型甲烷氧化菌的生理生化遗传学特性研究 | 第92-100页 |
| ·革兰氏染色法 | 第92-93页 |
| ·甲烷氧化细菌生长曲线及甲烷降解曲线的测定 | 第93页 |
| ·甲烷氧化菌温度梯度生长测定 | 第93页 |
| ·甲烷氧化菌pH梯度生长测定 | 第93页 |
| ·甲烷氧化细菌NaCl梯度实验方法 | 第93-94页 |
| ·唯一碳源试验 | 第94页 |
| ·唯一氮源试验 | 第94页 |
| ·过氧化氢试验 | 第94页 |
| ·脲酶测定试验 | 第94页 |
| ·甲烷氧化细菌特征酶基因pmoA,mxaF和mmoX的鉴定 | 第94-97页 |
| ·pmoA,mxaF和mmoX片段的扩增和测序 | 第94-97页 |
| ·pmoA基因片段的序列分析 | 第97页 |
| ·甲烷氧化菌的固氮酶基因nifH的鉴定 | 第97-100页 |
| ·固氮酶基因nifH片段的扩增与测序 | 第97-99页 |
| ·固氮酶基因nifH片段的鉴定 | 第99-100页 |
| 第二部分 结果与讨论 | 第100-109页 |
| ·新型甲烷氧化菌的筛选与鉴定 | 第100-109页 |
| ·筛选结果 | 第100页 |
| ·甲烷氧化菌M261的形态特征 | 第100页 |
| ·甲烷氧化菌M261的鉴定结果与分析 | 第100-104页 |
| ·甲烷氧化菌M261的生理试验结果 | 第104-106页 |
| ·细菌革兰氏染色结果分析 | 第104页 |
| ·甲烷氧化细菌生长曲线及甲烷降解曲线 | 第104页 |
| ·甲烷氧化菌pH梯度生长结果 | 第104-105页 |
| ·甲烷氧化菌温度梯度生长测定 | 第105页 |
| ·甲烷氧化细菌NaCl梯度生长结果 | 第105页 |
| ·唯一碳源试验 | 第105页 |
| ·唯一氮源试验 | 第105页 |
| ·脲酶测定试验 | 第105页 |
| ·过氧化氢酶试验 | 第105-106页 |
| ·甲烷氧化菌M261的特征基因分析 | 第106-108页 |
| ·甲烷氧化细菌特征酶基因pmoA和mmoX的鉴定 | 第106页 |
| ·甲烷氧化菌的固氮酶基因nifH的鉴定 | 第106页 |
| ·甲烷氧化菌pmoA的系统发生树分析 | 第106-108页 |
| ·结果讨论 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第112页 |
