| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-26页 |
| 前言 | 第26-33页 |
| 第一章 Solexa高通量测序检测白纹伊蚊miRNA及其生物信息学分析方法的建立 | 第33-67页 |
| 1 材料 | 第33-36页 |
| ·实验蚊虫 | 第33页 |
| ·实验动物 | 第33页 |
| ·主要试剂 | 第33页 |
| ·主要仪器 | 第33-34页 |
| ·分析软件 | 第34页 |
| ·溶液配制 | 第34-35页 |
| ·探针 | 第35-36页 |
| ·建库接头和引物序列 | 第36页 |
| 2 方法 | 第36-45页 |
| ·白纹伊蚊不同发育阶段Total RNA的提取和鉴定 | 第36-38页 |
| ·各个不同阶段样本收集 | 第36页 |
| ·Total RNA的提取 | 第36-37页 |
| ·RNA浓度与纯度测定 | 第37-38页 |
| ·混合样本Total RNA的制备和检测 | 第38页 |
| ·Total RNA电泳鉴定 | 第38页 |
| ·传统TA克隆和文库鉴定 | 第38-39页 |
| ·PCR产物链接PMD18T vector | 第38-39页 |
| ·连接产物转化感受态细胞 | 第39页 |
| ·白纹伊蚊混合样本小RNA建库 | 第39-40页 |
| ·Solexa高通量测序 | 第40-41页 |
| ·生物信息学分析 | 第41-43页 |
| ·原始数据的处理与统计 | 第41-42页 |
| ·小RNA序列的比对分析 | 第42页 |
| ·与已知miRNA序列的比对与统计 | 第42页 |
| ·新miRNA序列的预测 | 第42-43页 |
| ·Northern blot验证 | 第43-45页 |
| ·15%PAGE胶的配制及电泳 | 第43页 |
| ·转膜 | 第43-44页 |
| ·交联、杂交 | 第44页 |
| ·曝光检测 | 第44-45页 |
| 3 结果 | 第45-63页 |
| ·白纹伊蚊miRNA的分离和鉴定 | 第45-47页 |
| ·浓度及纯度鉴定 | 第45页 |
| ·测序样本的电泳鉴定 | 第45-46页 |
| ·RNA完整性鉴定 | 第46-47页 |
| ·通过传统的文库测序法进一步鉴定样本质量 | 第47-48页 |
| ·生物信息学分析 | 第48-61页 |
| ·原始数据处理和统计 | 第48-49页 |
| ·Clean序列的比对分析 | 第49-53页 |
| ·与埃及伊蚊基因组比对 | 第53页 |
| ·保守miRNA筛选和新miRNA的预测 | 第53-61页 |
| ·miRNA序列读数(表达量) | 第61-62页 |
| ·Northern blot验证Solexa测序分析 | 第62-63页 |
| ·miR-184在白纹伊蚊不同发育阶段的验证 | 第62页 |
| ·miR-2941在白纹伊蚊不同发育阶段的验证 | 第62-63页 |
| 4 讨论 | 第63-66页 |
| 5 小结 | 第66-67页 |
| 第二章 白纹伊蚊miRNAs组学的鉴定 | 第67-104页 |
| 1 材料 | 第67-68页 |
| ·实验蚊虫 | 第67页 |
| ·实验动物 | 第67页 |
| ·主要试剂 | 第67页 |
| ·主要仪器 | 第67-68页 |
| ·主要试剂配制 | 第68页 |
| ·分析软件 | 第68页 |
| 2 方法 | 第68-70页 |
| ·白纹伊蚊不同发育阶段Total RNA的提取和鉴定 | 第68-69页 |
| ·各个不同阶段样本的收集 | 第68页 |
| ·TRizol法提取各个样品这的Total RNA | 第68页 |
| ·RNA浓度及纯度测定 | 第68页 |
| ·吸血样本Total RNA的制备及检测 | 第68-69页 |
| ·不同阶段样本Total RNA电泳鉴定及生物分析仪检测 | 第69页 |
| ·传统miRNA克隆和测序鉴定 | 第69页 |
| ·6个发育阶段样本小RNA建库和高通量测序 | 第69-70页 |
| ·6个不同阶段样本小RNA建库和测序 | 第69页 |
| ·测序后的生物信息学分析 | 第69-70页 |
| ·miRNA基因簇分析 | 第70页 |
| 3 结果 | 第70-99页 |
| ·白纹伊蚊total RNA提取和鉴定 | 第70-72页 |
| ·不同阶段样本Total RNA浓度测定 | 第70页 |
| ·不同阶段样本Total RNA电泳鉴定 | 第70-71页 |
| ·不同阶段样本Total RNA完整性分析 | 第71-72页 |
| ·白纹伊蚊小RNA测序与生物信息学分析 | 第72-94页 |
| ·原始数据处理与统计 | 第72-74页 |
| ·Clean序列的比对分析 | 第74-76页 |
| ·与埃及伊蚊基因组比对 | 第76-77页 |
| ·保守miRNA筛选和新miRNA的预测 | 第77-94页 |
| ·白纹伊蚊miRNA种系进化分析 | 第94-97页 |
| ·miRNA基因簇分析 | 第97-99页 |
| 4 讨论 | 第99-103页 |
| ·91保守miRNAs在白纹伊蚊各个生长阶段均被检测 | 第100页 |
| ·37新白纹伊蚊miRNAs | 第100-101页 |
| ·miRNA进化分析 | 第101-102页 |
| ·miRNA基因簇分析 | 第102-103页 |
| 5 小结 | 第103-104页 |
| 第三章 白纹伊蚊miRNAs表达谱分析及northern blot验证 | 第104-137页 |
| 1 材料与分析软件 | 第104-105页 |
| ·动物 | 第104页 |
| ·蚊虫 | 第104页 |
| ·探针 | 第104页 |
| ·主要试剂 | 第104-105页 |
| ·主要仪器 | 第105页 |
| ·溶液配制 | 第105页 |
| ·分析软件 | 第105页 |
| 2 方法 | 第105-109页 |
| ·根据测序结果对白纹伊蚊不同发育阶段miRNA表达谱分析 | 第105-106页 |
| ·miRNA差异分析 | 第105-106页 |
| ·miRNA表达谱分析 | 第106页 |
| ·Norhtem blot验证miRNA在各个阶段表达差异 | 第106-109页 |
| ·各个不同发育阶段样本的收集 | 第106-107页 |
| ·各个不同发育阶段Total RNA的提取和鉴定 | 第107页 |
| ·Northern blot | 第107-109页 |
| 3 结果 | 第109-133页 |
| ·Solexa分析miRNA在白纹伊蚊各个不同发育阶段的表达谱 | 第109-122页 |
| ·统计miRNA在各个阶段表达量 | 第109-117页 |
| ·miRNA差异表达分析 | 第117-121页 |
| ·miRNA在各个阶段表达谱分析 | 第121-122页 |
| ·Northern blot验证miRNA的表达谱分析 | 第122-133页 |
| ·保守miRNA在白纹伊蚊不同发育阶段的表达谱分析 | 第122-126页 |
| ·蚊虫特异miRNA的表达谱分析 | 第126-130页 |
| ·miRNA在白纹伊蚊吸血前后的表达变化 | 第130-133页 |
| 4 讨论 | 第133-136页 |
| ·系统性表达谱分析表明白纹伊蚊miRNA期特异性表达 | 第133-134页 |
| ·白纹伊蚊吸血前后miRNA表达差异 | 第134页 |
| ·Solexa测序和northern blot分析miRNA表达谱高度相似 | 第134-136页 |
| 5 小结 | 第136-137页 |
| 第四章 登革病毒感染后白纹伊蚊miRNA的Solexa分析 | 第137-161页 |
| 1 材料 | 第137-138页 |
| ·实验蚊虫 | 第137页 |
| ·登革病毒 | 第137页 |
| ·实验动物 | 第137页 |
| ·主要试剂 | 第137页 |
| ·主要仪器 | 第137-138页 |
| ·溶液配制 | 第138页 |
| ·分析软件 | 第138页 |
| 2 方法 | 第138-142页 |
| ·白纹伊蚊人工感染登革病毒 | 第138-139页 |
| ·玻璃注射针制备 | 第138页 |
| ·蚊虫麻醉 | 第138页 |
| ·接种感染 | 第138-139页 |
| ·用Takara病毒RNA试剂盒提取病毒的总RNA | 第139页 |
| ·阳性白纹伊蚊标本鉴定 | 第139-140页 |
| ·阳性蚊虫及其对照Total RNA抽提及鉴定 | 第139页 |
| ·上述RNA逆转录成cDNA | 第139-140页 |
| ·PCR反应 | 第140页 |
| ·登革病毒感染前后白纹伊蚊totalRNA测序 | 第140页 |
| ·测序结果的生物信息学分析 | 第140-141页 |
| ·信息分析流程 | 第140页 |
| ·感染前后白纹伊蚊miRNA鉴定 | 第140-141页 |
| ·感染前后白纹伊蚊miRNA表达差异 | 第141页 |
| ·靶基因预测 | 第141-142页 |
| 3 结果 | 第142-158页 |
| ·感染登革病毒白纹伊蚊及其对照Total RNA的浓度及纯度鉴定 | 第142页 |
| ·阳性蚊虫鉴定 | 第142-143页 |
| ·RNA完整性分析 | 第143-144页 |
| ·白纹伊蚊miRNA测序与生物信息学分析 | 第144-147页 |
| ·测序结果的基本生物信息分析 | 第144-145页 |
| ·基因组定位信息 | 第145-146页 |
| ·小RNA分类注释 | 第146-147页 |
| ·登革病毒感染前后表达谱分析 | 第147-152页 |
| ·白纹伊蚊miRNA对登革病毒靶基因的预测 | 第152-158页 |
| 4 讨论 | 第158-160页 |
| 5 小结 | 第160-161页 |
| 参考文献 | 第161-169页 |
| 缩略语词汇表 | 第169-171页 |
| 综述 | 第171-186页 |
| 参考文献 | 第181-186页 |
| 统计证明 | 第186-187页 |
| 博士期间论文发表情况 | 第187-188页 |
| 致谢 | 第188-190页 |
