| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 多巴胺受体同源模建 | 第9-27页 |
| 1.1 引言 | 第9-12页 |
| 1.1.1 同源蛋白的保守性 | 第9-10页 |
| 1.1.2 G蛋白偶联受体简述 | 第10-11页 |
| 1.1.3 多巴胺受体结构 | 第11-12页 |
| 1.2 多巴胺受体同源建模 | 第12-20页 |
| 1.2.1 多巴胺受体同源模建材料 | 第13-16页 |
| 1.2.2 D_4R的同源模建 | 第16-18页 |
| 1.2.3 D_1R的同源模建 | 第18-19页 |
| 1.2.4 D_2R的同源模建 | 第19页 |
| 1.2.5 D_5R的同源模建 | 第19-20页 |
| 1.3 同源模建结果的评价 | 第20-24页 |
| 1.3.1 蛋白结构评价 | 第22-24页 |
| 1.4 同源模建的结果与讨论 | 第24-27页 |
| 第二章 活性分子与多巴胺受体分子对接 | 第27-44页 |
| 2.1 DOCK分子对接简述 | 第27-31页 |
| 2.1.1 SPH球体空间文件的生成 | 第27-28页 |
| 2.1.2 配体分子的柔性对接 | 第28-29页 |
| 2.1.2.1 柔性配体分子的划分 | 第28页 |
| 2.1.2.2 柔性层识别 | 第28-29页 |
| 2.1.3 Dock分子对接时配体分子锚定的增长 | 第29-30页 |
| 2.1.4 Dock分子对接时间的相关参数 | 第30页 |
| 2.1.5 Dock的Grid评价函数 | 第30-31页 |
| 2.2 DOCK分子对接得到活性分子与多巴胺受体复合蛋白结构 | 第31-41页 |
| 2.2.1 探讨影响Dock6.0分子对接结果的因素 | 第31-35页 |
| 2.2.1.1 DOP与D_3R的Dock分子对接受体 | 第31页 |
| 2.2.1.2 DOP与D_3R的Dock分子对接配体分子 | 第31-32页 |
| 2.2.1.3 DOP与D_3R的Dock分子对接 | 第32-33页 |
| 2.2.1.4 盒子大小的影响 | 第33-35页 |
| 2.2.1.5 锚定最大允许方向次数(Max_orientations)对接结果的影响 | 第35页 |
| 2.2.2 活性分子与多巴胺受体的Dock分子对接 | 第35-41页 |
| 2.2.2.1 活性分子 | 第35-38页 |
| 2.2.2.2 Dock得到活性分子与多巴胺受体复合蛋白结构 | 第38-41页 |
| 2.3 活性分子与多巴胺受体复合蛋白结构对接结果分析及其讨论 | 第41-44页 |
| 第三章 氯氮平与多巴胺受体复合蛋白结构的分子动力学模拟 | 第44-60页 |
| 3.1 分子动力学模拟简介 | 第44-49页 |
| 3.1.1 分子动力学简述 | 第44-45页 |
| 3.1.2 分子动力学模拟的基本概念 | 第45-49页 |
| 3.1.2.1 力场(Force field) | 第45-46页 |
| 3.1.2.2 周期性边界条件(Periodic boundary conditions) | 第46-47页 |
| 3.1.2.3 均方根偏差(Root mean square deviation) | 第47页 |
| 3.1.2.4 Gromacs4.5程序的优化方法 | 第47页 |
| 3.1.2.5 Gromacs4.5程序的文件类型 | 第47-49页 |
| 3.2 氯氮平与多巴胺受体复合蛋白结构动力学模拟及结合能计算 | 第49-59页 |
| 3.2.1 氯氮平分子与多巴胺受体Gromacs分子动力学模拟体系的建立 | 第49-51页 |
| 3.2.2 氯氮平分子与多巴胺受体复合蛋白结构的结合能计算方法 | 第51-52页 |
| 3.2.3 氯氮平分子与多巴胺受体分子动力学模拟的体系平衡情况 | 第52-53页 |
| 3.2.4 氯氮平分子与多巴胺受体复合蛋白结构的结合能计算 | 第53-59页 |
| 3.3 计算结果与讨论 | 第59-60页 |
| 总结 | 第60-61页 |
| 附录 | 第61-65页 |
| 参考文献 | 第65-77页 |
| 攻读硕士学位期间论文发表情况 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78页 |
