| 致谢 | 第4-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| 1 文献综述 | 第9-18页 |
| 1.1 植物连作障碍的研究进展 | 第9-11页 |
| 1.1.1 连作障碍的危害 | 第9-10页 |
| 1.1.2 连作障碍产生的原因 | 第10-11页 |
| 1.2 地黄连作障碍的研究进展 | 第11-14页 |
| 1.2.1 地黄与连作障碍 | 第11-12页 |
| 1.2.2 地黄连作障碍的研究进展 | 第12-14页 |
| 1.3 植物逆境胁迫下转录调控网络 | 第14页 |
| 1.4 新一代核酸測序技术及升级版数字基因表达谱測序技术 | 第14-17页 |
| 1.4.1 第二代测序技术 | 第15页 |
| 1.4.2 第三代测序技术 | 第15-16页 |
| 1.4.3 升级版数字基因表达谱测序(RNA-SEQ)技术 | 第16-17页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第17-18页 |
| 2 材料和方法 | 第18-30页 |
| 2.1 实验材料 | 第18页 |
| 2.2 材料处理 | 第18-19页 |
| 2.3 所用试剂与仪器 | 第19页 |
| 2.4 总RNA提取(采用Trizol法) | 第19-20页 |
| 2.5 文库构建与测序 | 第20-21页 |
| 2.6 数字基因表达谱升级版(RNA-Seq)数据处理 | 第21-24页 |
| 2.7 数字基因表达谱升级版(RNA-Seq)差异表达基因筛选 | 第24页 |
| 2.8 数字基因表达谱升级版(RNA-Seq)差异表达基因生物学分析 | 第24-25页 |
| 2.9 特异响应连作障碍差异表达基因筛选及AgriGO分析 | 第25页 |
| 2.10 实时荧光定量PCR验证 | 第25-29页 |
| 2.10.1 qRT-PCR引物设计： | 第25-28页 |
| 2.10.2 反转录反应 | 第28-29页 |
| 2.10.3 实时荧光定量PCR | 第29页 |
| 2.10.4 定量PCR结果分析 | 第29页 |
| 2.11 基因预测 | 第29-30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-45页 |
| 3.1 测序数据质量评估 | 第30-33页 |
| 3.2 差异表达基因分析 | 第33-40页 |
| 3.2.1 差异表达基因筛选 | 第33-35页 |
| 3.2.2 差异表达基因生物学信息学分析 | 第35-40页 |
| 3.3 特异响应连作障碍的差异表达基因筛选及AgriGO分析 | 第40-42页 |
| 3.4 特异性分子Marker的筛选结果 | 第42页 |
| 3.5 实时荧光定量PCR验证结果 | 第42-44页 |
| 3.6 ORF预测结果 | 第44-45页 |
| 4 结论与讨论 | 第45-49页 |
| 参考文献 | 第49-55页 |
| Abstract | 第55-56页 |
