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基于RNA-seq技术的人工劣变玉米种胚mRNA差异分析

致谢第4-7页
摘要第7-9页
1 文献综述第9-14页
    1.1 种子的寿命第9页
    1.2 种子老化的研究方法第9页
    1.3 人工控制劣变的研究进展第9-13页
        1.3.1 种子老化学说第9-10页
        1.3.2 人工种子老化对线粒体的影响第10页
        1.3.3 人工种子老化的生理生化研究第10-13页
    1.4 数字基因表达谱技术第13-14页
        1.4.1 RNA-seq的原理第13页
        1.4.2 RNA-seq的应用第13-14页
2 引言第14-15页
    2.1 研究目的第14页
    2.2 研究内容第14页
    2.3 技术线路第14-15页
3 材料与方法第15-25页
    3.1 材料第15页
    3.2 方法第15-25页
        3.2.1 人工控制劣变处理第15页
        3.2.2 种子发芽率测定第15-16页
        3.2.3 种子含水量测定第16页
        3.2.4 种胚中过氧化氢含量测定第16-17页
        3.2.5 种胚中MDA含量测定第17页
        3.2.6 种胚中激素含量的测定第17-18页
        3.2.7 RNA-seq技术第18-22页
        3.2.8 RT-PCR反应第22-23页
        3.2.9 qRT-PCR的引物设计第23-24页
        3.2.10 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)第24-25页
4 结果与分析第25-53页
    4.1 人工控制劣变处理对玉米种皮颜色和胚根的影响第25页
    4.2 人工控制劣变处理对玉米种子发芽率的影响第25-26页
    4.3 人工控制劣变过程中种子含水量变化第26页
    4.4 人工控制劣变处理对种胚中H2O2含量的影响第26-27页
    4.5 人工控制劣变处理对种胚中MDA含量的影响第27-28页
    4.6 人工控制劣变处理对种胚中激素含量的影响第28-29页
        4.6.1 人工控制劣变处理对种胚中IAA含量的影响第28页
        4.6.2 人工控制劣变处理对种胚中ABA含量的影响第28页
        4.6.3 人工控制劣变处理对种胚中JA-ME含量的影响第28页
        4.6.4 人工控制劣变处理对种胚中BR含量的影响第28-29页
    4.7 数字基因表达谱升级版(RNA-seq技术)第29-53页
        4.7.1 RNA的质量检测第29页
        4.7.2 测序文库质量分析第29-31页
        4.7.3 测序文库的饱和度和随机性分析第31-32页
        4.7.4 差异表达基因的筛选第32页
        4.7.5 差异基因的qRT-PCR验证第32-33页
        4.7.6 差异表达基因在染色体上的分布第33-34页
        4.7.7 差异表达基因的Nr注释第34-35页
        4.7.8 差异表达基因的GO注释第35-39页
        4.7.9 差异基因的KEGG注释第39-40页
        4.7.10 差异表达基因的功能分类分析第40-50页
        4.7.11 利用EST序列预测新型miRNA第50-52页
        4.7.12 新型miRNAs靶基因的预测第52-53页
5 结论与讨论第53-59页
    5.1 结论第53-54页
    5.2 讨论第54-59页
        5.2.1 ROS含量及其抗氧化系统相关基因在种子老化过程中的相互作用第54-55页
        5.2.2 激素含量及其相关基因在种子老化过程中的作用第55-56页
        5.2.3 能量代谢相关基因在种子人工控制劣变过程中的作用第56页
        5.2.4 NAD和NADP的代谢失衡对种子老化的影响第56-57页
        5.2.5 人工控制劣变处理抑制蛋白质的正确折叠第57页
        5.2.6 种子人工控制劣变的分子机制第57-59页
参考文献第59-67页
ABSTRACT第67-68页

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