基于蛋白质相互作用网络的复合物识别方法研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第12-21页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第12-14页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第14-18页 |
| 1.3 论文主要工作 | 第18-19页 |
| 1.4 论文结构安排 | 第19-21页 |
| 第2章 基于PPI网络的复合物识别算法综述 | 第21-32页 |
| 2.1 引言 | 第21页 |
| 2.2 相关概念 | 第21-26页 |
| 2.2.1 高通量实验技术 | 第21-22页 |
| 2.2.2 蛋白质相互作用 | 第22-24页 |
| 2.2.3 蛋白质相互作用网络 | 第24-25页 |
| 2.2.4 蛋白质相互作用网络的研究要点 | 第25-26页 |
| 2.3 蛋白质相互作用数据库 | 第26-27页 |
| 2.4 基于PPI网络的几类常见聚类算法 | 第27-31页 |
| 2.4.1 层次化聚类算法 | 第28-29页 |
| 2.4.2 图划分聚类算法 | 第29页 |
| 2.4.3 稠密子图聚类算法 | 第29-30页 |
| 2.4.4 流体模拟聚类算法 | 第30页 |
| 2.4.5 种群随机搜索算法 | 第30-31页 |
| 2.5 小结 | 第31-32页 |
| 第3章 基于蛋白质相互作用网络的去噪方法研究 | 第32-43页 |
| 3.1 引言 | 第32页 |
| 3.2 几种基于网络拓扑结构的去噪方法 | 第32-34页 |
| 3.2.1 CD-distance | 第32-33页 |
| 3.2.2 FS-Weight | 第33页 |
| 3.2.3 AdjustCD | 第33-34页 |
| 3.3 PPIR去噪方法与实例分析 | 第34-36页 |
| 3.3.1 PPIR原理分析 | 第34-35页 |
| 3.3.2 PPIR计算过程 | 第35页 |
| 3.3.3 实例分析 | 第35-36页 |
| 3.4 实验与结果分析 | 第36-41页 |
| 3.4.1 数据集 | 第36-37页 |
| 3.4.2 评价指标 | 第37-38页 |
| 3.4.3 实验描述 | 第38-39页 |
| 3.4.4 实验结果分析 | 第39-41页 |
| 3.5 PPIR去噪方法的应用 | 第41-42页 |
| 3.6 小结 | 第42-43页 |
| 第4章 一种识别蛋白质复合物的图聚类算法 | 第43-54页 |
| 4.1 引言 | 第43页 |
| 4.2 算法描述 | 第43-46页 |
| 4.2.1 算法原理 | 第43-44页 |
| 4.2.2 算法流程 | 第44-45页 |
| 4.2.3 算法伪代码 | 第45-46页 |
| 4.3 实验与结果分析 | 第46-53页 |
| 4.3.1 数据集 | 第46-47页 |
| 4.3.2 评价指标 | 第47页 |
| 4.3.3 实验结果分析 | 第47-51页 |
| 4.3.4 讨论PPIR对PPIRU算法的影响 | 第51-53页 |
| 4.4 小结 | 第53-54页 |
| 结论 | 第54-57页 |
| 参考文献 | 第57-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文及所参加项目 | 第64页 |
