| 中文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 缩略语/符号说明 | 第12-13页 |
| 前言 | 第13-16页 |
| 研究现状、成果 | 第13-14页 |
| 研究目的、方法 | 第14-16页 |
| 一、PTC转录组测序分析 | 第16-44页 |
| 1.1 对象和方法 | 第16-19页 |
| 1.1.1 研究对象 | 第16页 |
| 1.1.2 主要试剂 | 第16页 |
| 1.1.3 主要试剂及溶液配制 | 第16-17页 |
| 1.1.4 实验方法 | 第17-19页 |
| 1.2 结果 | 第19-38页 |
| 1.2.1 对所提取的RNA进行检测的结果 | 第20页 |
| 1.2.2 数据过滤 | 第20-22页 |
| 1.2.3 参考基因组比对情况 | 第22-23页 |
| 1.2.4 SNP、SNV和INDEL检测及注释 | 第23-30页 |
| 1.2.5 融合基因检测结果 | 第30-33页 |
| 1.2.6 基因表达量分析结果 | 第33-34页 |
| 1.2.7 差异表达基因检测结 | 第34-36页 |
| 1.2.8 差异表达基因GO功能分 | 第36-37页 |
| 1.2.9 差异表达基因KEGG通路分析 | 第37-38页 |
| 1.3 讨论 | 第38-43页 |
| 1.3.1 SNP、SNV和INDEL检测 | 第38-39页 |
| 1.3.2 融合基因检测 | 第39-41页 |
| 1.3.3 差异表达基因检测 | 第41-42页 |
| 1.3.4 GO功能注释和KEGG通路分析 | 第42-43页 |
| 1.4 小结 | 第43-44页 |
| 二、PTC癌组织与甲状腺组织数据非依赖采集质谱分析 | 第44-58页 |
| 2.1 对象和方法 | 第44-47页 |
| 2.1.1 研究对象 | 第44页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第44-45页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第45页 |
| 2.1.4 实验方法 | 第45-47页 |
| 2.2 结果 | 第47-55页 |
| 2.2.1 2DQuant测定上清液蛋白浓度结果和SDS-PAGE电泳结果 | 第47-48页 |
| 2.2.2 差异表达蛋白(DEP) | 第48-49页 |
| 2.2.3 差异表达蛋白GO功能分析 | 第49-52页 |
| 2.2.4 差异表达蛋白KEGG通路分析 | 第52-53页 |
| 2.2.5 转录组测序与质谱分析一致性表达情况 | 第53-54页 |
| 2.2.6 共同差异表达分子GO功能和KEGG通路分析 | 第54-55页 |
| 2.3 讨论 | 第55-57页 |
| 2.3.1 差异表达蛋白 | 第55-56页 |
| 2.3.2 转录组测序与质谱分析一致性表达情况 | 第56-57页 |
| 2.4 小结 | 第57-58页 |
| 三、免疫组化验证转录组测序与质谱分析的部分结果 | 第58-72页 |
| 3.1 对象和方法 | 第58-60页 |
| 3.1.1 实验对象 | 第58页 |
| 3.1.2 实验仪器、实验试剂 | 第58-59页 |
| 3.1.3 实验方法 | 第59-60页 |
| 3.2 结果 | 第60-66页 |
| 3.2.1 COX7A2在PTC癌组织及甲状腺组织中的表达情况 | 第60页 |
| 3.2.2 ANXA1在PTC癌组织及甲状腺组织中的表达情况 | 第60-61页 |
| 3.2.3 FN1在PTC癌组织及甲状腺组织中的表达情况 | 第61-62页 |
| 3.2.4 PROS1在PTC癌组织及甲状腺组织中的表达情况 | 第62页 |
| 3.2.5 RAB27A在PTC癌组织及甲状腺组织中的表达情况 | 第62-63页 |
| 3.2.6 ETHE1在PTC癌组织及甲状腺组织中的表达情况 | 第63页 |
| 3.2.7 结合TCGA数据资料 | 第63-66页 |
| 3.3 讨论 | 第66-71页 |
| 3.3.1 COX7A2 | 第67-68页 |
| 3.3.2 ANXA1 | 第68页 |
| 3.3.3 FN1 | 第68-69页 |
| 3.3.4 PROS1 | 第69-70页 |
| 3.3.5 RAB27A | 第70页 |
| 3.3.6 ETHE1 | 第70-71页 |
| 3.4 小结 | 第71-72页 |
| 四、HLA等位基因检测及新抗原或抗原表位预测与筛选 | 第72-85页 |
| 4.1 对象和方法 | 第72-74页 |
| 4.1.1 实验对象 | 第72页 |
| 4.1.2 实验仪器、实验试剂、实验方法 | 第72页 |
| 4.1.3 所用主要生物软件方法介绍 | 第72-74页 |
| 4.2 结果 | 第74-80页 |
| 4.2.1 PCR-SSP法测得HLA等位基因分型 | 第74-75页 |
| 4.2.2 OptiType软件HLAI等位基因分型 | 第75-76页 |
| 4.2.3 HLAprofiler软件分析HLA等位基因分型 | 第76-78页 |
| 4.2.4 融合基因预测抗原表位结果 | 第78-79页 |
| 4.2.5 SNV和INDEL预测抗原表位结果 | 第79-80页 |
| 4.3 讨论 | 第80-84页 |
| 4.3.1 HLA等位基因检测 | 第80-82页 |
| 4.3.2 新抗原或抗原表位预测 | 第82-84页 |
| 4.4 小结 | 第84-85页 |
| 全文结论 | 第85-86页 |
| 论文创新点 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-96页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第96-97页 |
| 附录 | 第97-100页 |
| 综述 甲状腺癌相关肿瘤新抗原预测综述 | 第100-112页 |
| 综述参考文献 | 第107-112页 |
| 致谢 | 第112-113页 |
| 个人简历 | 第113页 |
