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甲状腺乳头状癌转录组和蛋白组学分析及HLA表位预测

中文摘要第4-6页
Abstract第6-8页
缩略语/符号说明第12-13页
前言第13-16页
    研究现状、成果第13-14页
    研究目的、方法第14-16页
一、PTC转录组测序分析第16-44页
    1.1 对象和方法第16-19页
        1.1.1 研究对象第16页
        1.1.2 主要试剂第16页
        1.1.3 主要试剂及溶液配制第16-17页
        1.1.4 实验方法第17-19页
    1.2 结果第19-38页
        1.2.1 对所提取的RNA进行检测的结果第20页
        1.2.2 数据过滤第20-22页
        1.2.3 参考基因组比对情况第22-23页
        1.2.4 SNP、SNV和INDEL检测及注释第23-30页
        1.2.5 融合基因检测结果第30-33页
        1.2.6 基因表达量分析结果第33-34页
        1.2.7 差异表达基因检测结第34-36页
        1.2.8 差异表达基因GO功能分第36-37页
        1.2.9 差异表达基因KEGG通路分析第37-38页
    1.3 讨论第38-43页
        1.3.1 SNP、SNV和INDEL检测第38-39页
        1.3.2 融合基因检测第39-41页
        1.3.3 差异表达基因检测第41-42页
        1.3.4 GO功能注释和KEGG通路分析第42-43页
    1.4 小结第43-44页
二、PTC癌组织与甲状腺组织数据非依赖采集质谱分析第44-58页
    2.1 对象和方法第44-47页
        2.1.1 研究对象第44页
        2.1.2 主要仪器第44-45页
        2.1.3 主要试剂第45页
        2.1.4 实验方法第45-47页
    2.2 结果第47-55页
        2.2.1 2DQuant测定上清液蛋白浓度结果和SDS-PAGE电泳结果第47-48页
        2.2.2 差异表达蛋白(DEP)第48-49页
        2.2.3 差异表达蛋白GO功能分析第49-52页
        2.2.4 差异表达蛋白KEGG通路分析第52-53页
        2.2.5 转录组测序与质谱分析一致性表达情况第53-54页
        2.2.6 共同差异表达分子GO功能和KEGG通路分析第54-55页
    2.3 讨论第55-57页
        2.3.1 差异表达蛋白第55-56页
        2.3.2 转录组测序与质谱分析一致性表达情况第56-57页
    2.4 小结第57-58页
三、免疫组化验证转录组测序与质谱分析的部分结果第58-72页
    3.1 对象和方法第58-60页
        3.1.1 实验对象第58页
        3.1.2 实验仪器、实验试剂第58-59页
        3.1.3 实验方法第59-60页
    3.2 结果第60-66页
        3.2.1 COX7A2在PTC癌组织及甲状腺组织中的表达情况第60页
        3.2.2 ANXA1在PTC癌组织及甲状腺组织中的表达情况第60-61页
        3.2.3 FN1在PTC癌组织及甲状腺组织中的表达情况第61-62页
        3.2.4 PROS1在PTC癌组织及甲状腺组织中的表达情况第62页
        3.2.5 RAB27A在PTC癌组织及甲状腺组织中的表达情况第62-63页
        3.2.6 ETHE1在PTC癌组织及甲状腺组织中的表达情况第63页
        3.2.7 结合TCGA数据资料第63-66页
    3.3 讨论第66-71页
        3.3.1 COX7A2第67-68页
        3.3.2 ANXA1第68页
        3.3.3 FN1第68-69页
        3.3.4 PROS1第69-70页
        3.3.5 RAB27A第70页
        3.3.6 ETHE1第70-71页
    3.4 小结第71-72页
四、HLA等位基因检测及新抗原或抗原表位预测与筛选第72-85页
    4.1 对象和方法第72-74页
        4.1.1 实验对象第72页
        4.1.2 实验仪器、实验试剂、实验方法第72页
        4.1.3 所用主要生物软件方法介绍第72-74页
    4.2 结果第74-80页
        4.2.1 PCR-SSP法测得HLA等位基因分型第74-75页
        4.2.2 OptiType软件HLAI等位基因分型第75-76页
        4.2.3 HLAprofiler软件分析HLA等位基因分型第76-78页
        4.2.4 融合基因预测抗原表位结果第78-79页
        4.2.5 SNV和INDEL预测抗原表位结果第79-80页
    4.3 讨论第80-84页
        4.3.1 HLA等位基因检测第80-82页
        4.3.2 新抗原或抗原表位预测第82-84页
    4.4 小结第84-85页
全文结论第85-86页
论文创新点第86-87页
参考文献第87-96页
发表论文和参加科研情况说明第96-97页
附录第97-100页
综述 甲状腺癌相关肿瘤新抗原预测综述第100-112页
    综述参考文献第107-112页
致谢第112-113页
个人简历第113页

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