| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第12-17页 |
| 1.1 研究背景及研究意义 | 第12-13页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第13-15页 |
| 1.3 主要研究内容与结构安排 | 第15-17页 |
| 第2章 相关理论基础 | 第17-25页 |
| 2.1 引言 | 第17页 |
| 2.2 高通量测序数据集 | 第17-20页 |
| 2.2.1 基因表达数据集合 | 第18页 |
| 2.2.2 体细胞突变数据集合 | 第18-19页 |
| 2.2.3 通路数据集 | 第19页 |
| 2.2.4 蛋白质相互作用网络数据集 | 第19-20页 |
| 2.3 多组学数据整合方法 | 第20-22页 |
| 2.3.1 基于回归分析的整合方法 | 第20-21页 |
| 2.3.2 基于相关分析的整合方法 | 第21页 |
| 2.3.3 基于模块化网络的整合方法 | 第21-22页 |
| 2.4 驱动突变识别方法概述 | 第22-25页 |
| 2.4.1 基于突变频率方法 | 第23-24页 |
| 2.4.2 基于基因功能影响方法 | 第24页 |
| 2.4.3 基于结构基因组学方法 | 第24页 |
| 2.4.4 基于数据整合方法 | 第24页 |
| 2.4.5 基于网络或通路方法 | 第24-25页 |
| 第3章 基于模块网络的亚型驱动基因的挖掘 | 第25-39页 |
| 3.1 引言 | 第25-26页 |
| 3.2 一种基于模块网络的驱动基因识别方法 | 第26-30页 |
| 3.2.1 基因的差异表达分析 | 第26-27页 |
| 3.2.2 候选调控基因的选择 | 第27页 |
| 3.2.3 构建初始模块 | 第27-28页 |
| 3.2.4 模块网络的学习 | 第28-29页 |
| 3.2.5 候选驱动基因的选择 | 第29-30页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第30-37页 |
| 3.3.1 LumA亚型特异性驱动基因 | 第31-33页 |
| 3.3.2 Basal/LumB/Her2亚型特异性驱动基因 | 第33-34页 |
| 3.3.3 亚型分类验证 | 第34-35页 |
| 3.3.4 基于拓扑的通路分析 | 第35-36页 |
| 3.3.5 功能性分析 | 第36-37页 |
| 3.4 本章小结 | 第37-39页 |
| 第4章 基于代谢通路网络的亚型驱动基因与通路的挖掘 | 第39-50页 |
| 4.1 引言 | 第39-40页 |
| 4.2 一种基于pathway网络的驱动基因与驱动通路的识别方法 | 第40-42页 |
| 4.2.1 pathway基因初始权重的获取 | 第40-41页 |
| 4.2.2 pathway网络分析构建 | 第41-42页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第42-49页 |
| 4.3.1 代谢通路在不同亚型中的活性 | 第42-44页 |
| 4.3.2 癌症亚型的共性与特异性 | 第44-45页 |
| 4.3.3 亚型分类验证 | 第45-46页 |
| 4.3.4 驱动通路生存分析 | 第46-47页 |
| 4.3.5 功能性分析 | 第47-49页 |
| 4.4 本章小结 | 第49-50页 |
| 结论 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 附录A 发表论文和参加科研情况说明 | 第60页 |
