| ACKNOWLEDGEMENT | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 摘要 | 第9-17页 |
| CHAPTER 1 | 第17-49页 |
| 1 Introduction | 第17-49页 |
| 1.1 Emerging infectious disease of plants | 第18页 |
| 1.2 Plant virus families | 第18-20页 |
| 1.3 Motivation and Objectives | 第20-22页 |
| 1.4 Plant-virus interaction | 第22页 |
| 1.5 RNA silencing mechanism in plants | 第22-25页 |
| 1.6 Non-coding small RNAs in plant antiviral defense | 第25-27页 |
| 1.6.1 Short interfering RNA (siRNA) | 第25-26页 |
| 1.6.2 microRNA (miRNA) | 第26-27页 |
| 1.7 Methods plant virus detection | 第27-34页 |
| 1.7.1 Serological Method | 第27-29页 |
| 1.7.2 Molecular Method | 第29-33页 |
| 1.7.3 Microarray | 第33-34页 |
| 1.8 Sequencing Technologies | 第34-42页 |
| 1.8.1 Sanger Sequencing | 第35-36页 |
| 1.8.2 High-throughput Sequencing | 第36-40页 |
| 1.8.3 Overview and comparison of commercial HTS instruments | 第40-42页 |
| 1.9 Virus host plants investigated in this study | 第42-44页 |
| 1.9.1 Tobacco | 第42-43页 |
| 1.9.2 Maize | 第43页 |
| 1.9.3 Strawberry | 第43-44页 |
| 1.10 Bioinformatics analysis | 第44-46页 |
| 1.11 Dissertation outline | 第46-49页 |
| CHAPTER 2 | 第49-73页 |
| 2 Materials and Methods | 第49-73页 |
| 2.1 Biological Materials | 第49页 |
| 2.2 Plant RNA Extraction | 第49-53页 |
| 2.2.1 Heated SDS/Phenol method for total RNA Isolation from Tobacco and Maize | 第50-51页 |
| 2.2.2 Total RNA isolation from Strawberry | 第51-52页 |
| 2.2.3 Total RNA extraction using Trizol | 第52-53页 |
| 2.3 Small RNA library preparation | 第53-54页 |
| 2.4 Virus discovery pipeline | 第54-55页 |
| 2.5 Biological Database | 第55-56页 |
| 2.6 Mapping | 第56-59页 |
| 2.6.1 Bowtie | 第56页 |
| 2.6.2 Burrows-Wheeler Alignment (BWA) | 第56-57页 |
| 2.6.3 Mapping outputs | 第57-59页 |
| 2.7 De novo sequence assembly | 第59-62页 |
| 2.7.1 Velvet | 第61-62页 |
| 2.8 Sequence alignment | 第62-63页 |
| 2.8.1 Pairwise sequence alignment | 第62页 |
| 2.8.2 Multiple sequence alignment | 第62-63页 |
| 2.9 PCR Amplification | 第63页 |
| 2.10 Rapid amplification of cDNA ends (RACE) of 5'/3'ends | 第63-68页 |
| 2.11 Ligation, Transformation and Cloning | 第68-73页 |
| 2.11.1 Luria-Bertani Medium(LB Medium) | 第69-70页 |
| 2.11.2 Preparation of Competent E. coli DH5α | 第70页 |
| 2.11.3 Ligation and Transformation | 第70-73页 |
| CHAPTER 3 | 第73-115页 |
| 3 Identification of new plant viruses | 第73-115页 |
| 3.1 Ecogenomic survey of plant viruses infecting Tobacco by Next generation sequencing | 第74-99页 |
| 3.1.1 Summary | 第74-75页 |
| 3.1.2 Background | 第75-77页 |
| 3.1.3 Materials and Methods | 第77-81页 |
| 3.1.4 Results | 第81-96页 |
| 3.1.5 Discussion | 第96-98页 |
| 3.1.6 Conclusion | 第98-99页 |
| 3.2 Genome characterization of the newly identified maize-associated totivirus Anhui | 第99-106页 |
| 3.2.1 Summary | 第99页 |
| 3.2.2 Introduction | 第99-100页 |
| 3.2.3 Methods | 第100-101页 |
| 3.2.4 Results and Discussion | 第101-106页 |
| 3.3 Complete genome sequence and molecular characterization of strawberry mild yellow edge-associated virus-DSH15 in China | 第106-115页 |
| 3.3.1 Summary | 第106页 |
| 3.3.2 Introduction | 第106-108页 |
| 3.3.3 Methods | 第108-109页 |
| 3.3.4 Results and Discussion | 第109-115页 |
| CHAPTER 4 | 第115-117页 |
| 4 Conclusion and Future Directions | 第115-117页 |
| References | 第117-132页 |
| Appendix | 第132-139页 |
| Publications | 第139-140页 |
