| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 缩写 | 第13-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-26页 |
| 1.1 生物信息学概论 | 第15-16页 |
| 1.2 微生物及其基因组 | 第16页 |
| 1.3 基因必需性、表达水平和蛋白质进化 | 第16-18页 |
| 1.4 基因组岛和进化树 | 第18页 |
| 1.5 必需基因的预测 | 第18-21页 |
| 1.6 基因组岛的预测 | 第21-22页 |
| 1.7 本文的主要研究工作 | 第22-24页 |
| 1.8 本论文的结构安排 | 第24-26页 |
| 第二章 多因素对细菌蛋白质进化率的影响 | 第26-52页 |
| 2.1 蛋白质进化率决定因素的研究 | 第26-27页 |
| 2.2 材料和方法 | 第27-30页 |
| 2.2.1 基因组特征 | 第27-29页 |
| 2.2.2 统计分析 | 第29-30页 |
| 2.3 多个因素影响蛋白质进化率 | 第30-35页 |
| 2.3.1 转录丰度 | 第31-33页 |
| 2.3.2 功能重要性 | 第33页 |
| 2.3.3 亚细胞位置 | 第33-34页 |
| 2.3.4 基因芳香性 | 第34页 |
| 2.3.5 头碰头效应 | 第34-35页 |
| 2.4 多个因素共同决定蛋白质进化率 | 第35-37页 |
| 2.5 不同物种由不同的因素决定其蛋白质进化 | 第37页 |
| 2.6 基因表达水平、必需性和CAI | 第37-44页 |
| 2.7 头碰头效应促进蛋白质进化 | 第44-50页 |
| 2.8 本章小结 | 第50-52页 |
| 第三章 自发突变数据库及突变数据分析 | 第52-65页 |
| 3.1 背景 | 第52-53页 |
| 3.2 数据库描述 | 第53-59页 |
| 3.2.1 数据 | 第53-57页 |
| 3.2.2 数据库的使用 | 第57-59页 |
| 3.3 数据库应用实例 | 第59-63页 |
| 3.4 数据库后续工作展望 | 第63页 |
| 3.5 本章小结 | 第63-65页 |
| 第四章 基因组岛的进化分析 | 第65-79页 |
| 4.1 水平转移基因和遗传发育树 | 第65页 |
| 4.2 数据集和基本特征 | 第65-68页 |
| 4.3 基因组岛的GC偏离度、长度和进化 | 第68-70页 |
| 4.4 定义同源基因组岛并构建进化树 | 第70-71页 |
| 4.5 基因组岛与宿主共进化 | 第71-76页 |
| 4.6 基因组岛的动态进化 | 第76-78页 |
| 4.7 本章小结 | 第78-79页 |
| 第五章 基于进化特征预测必需基因 | 第79-103页 |
| 5.1 必需基因的理论识别 | 第79-80页 |
| 5.2 基于进化特征开发新的必需基因预测工具 | 第80-89页 |
| 5.2.1 方法和材料 | 第80-83页 |
| 5.2.2 采用多物种作为参考集 | 第83-85页 |
| 5.2.3 定义分类阈值 | 第85-86页 |
| 5.2.4 检验分类器 | 第86-87页 |
| 5.2.5 预测工具Geptop | 第87-89页 |
| 5.3 预测工具GEPTOP的应用和优点 | 第89-94页 |
| 5.3.1 Geptop的应用范围 | 第89-91页 |
| 5.3.2 Geptop的优点 | 第91-94页 |
| 5.4 所预测必需基因的特征 | 第94-97页 |
| 5.5 微生物适应度数据库的构建 | 第97-102页 |
| 5.5.1 材料和方法 | 第97-100页 |
| 5.5.2 数据库使用 | 第100-102页 |
| 5.6 本章小结 | 第102-103页 |
| 第六章 基于Z曲线方法预测基因组岛 | 第103-118页 |
| 6.1 背景 | 第103-104页 |
| 6.2 材料和方法 | 第104-106页 |
| 6.2.1 Z曲线 | 第104页 |
| 6.2.2 同质系数h值 | 第104-105页 |
| 6.2.3 密码子偏性指数CUB和BCN | 第105-106页 |
| 6.3 使用第一种方法预测三种肺炎致病菌的基因组岛 | 第106-111页 |
| 6.3.1 Streptococcus pneumoniae G54的基因组岛 | 第106-108页 |
| 6.3.2 Chlamydophila pneumoniae CWL029的基因组岛 | 第108-109页 |
| 6.3.3 Mycoplasma pneumoniae M129 | 第109-110页 |
| 6.3.4 所预测基因组岛的特征 | 第110页 |
| 6.3.5 与SIGI方法相比较 | 第110-111页 |
| 6.4 使用第二种方法预测七种人类致病菌的基因组岛 | 第111-117页 |
| 6.4.1 预测基因组岛 | 第112-114页 |
| 6.4.2 基因组岛和致病因子 | 第114-115页 |
| 6.4.3 比较Z-Island方法和其他基因组岛预测工具 | 第115-117页 |
| 6.5 本章小结 | 第117-118页 |
| 第七章 全文总结与展望 | 第118-121页 |
| 7.1 本文小结 | 第118-119页 |
| 7.2 后续工作展望 | 第119-121页 |
| 附录 | 第121-171页 |
| 致谢 | 第171-172页 |
| 参考文献 | 第172-186页 |
| 攻读博士学位期间取得的成果 | 第186-187页 |
