| 符号说明 | 第5-9页 |
| 中文摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 1 前言 | 第14-34页 |
| 1.1 玉米基因组学研究进展 | 第14-20页 |
| 1.1.1 玉米基因组基本信息 | 第14-16页 |
| 1.1.2 比较基因组学研究进展 | 第16-17页 |
| 1.1.3 米基因家族研究进展 | 第17-19页 |
| 1.1.4 米生物信息学数据库资源 | 第19-20页 |
| 1.2 LBD转录因子研究进展 | 第20-26页 |
| 1.2.1 高等植物LBD转录因子家族研究进展 | 第20-21页 |
| 1.2.2 LBD转录因子的结构域特征 | 第21-22页 |
| 1.2.3 LBD基因的功能 | 第22-26页 |
| 1.3 密码子使用模式 | 第26-33页 |
| 1.3.1 遗传密码基本特征 | 第27页 |
| 1.3.2 同义密码子使用模式 | 第27-29页 |
| 1.3.3 同义密码子研究方法 | 第29-32页 |
| 1.3.4 同义密码子分析常用的生物信息学资源 | 第32-33页 |
| 1.4 本研究目的与意义 | 第33页 |
| 1.5 技术路线 | 第33-34页 |
| 2 材料与方法 | 第34-48页 |
| 2.1 材料 | 第34-38页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第34页 |
| 2.1.2 植物材料培养与处理 | 第34页 |
| 2.1.3 其它材料 | 第34页 |
| 2.1.4 实验引物 | 第34-35页 |
| 2.1.5 分析软件及相关网络资源 | 第35-38页 |
| 2.2 实验方法 | 第38-48页 |
| 2.2.1 RNA的提取 | 第38-40页 |
| 2.2.2 RNA的纯化 | 第40页 |
| 2.2.3 cDNA第一条链的合成 | 第40-41页 |
| 2.2.4 双链cDNA的合成 | 第41页 |
| 2.2.5 双链文库DNA的纯化 | 第41-42页 |
| 2.2.6 实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,qRT-PCR)分析 | 第42页 |
| 2.2.7 Clustal的使用 | 第42-43页 |
| 2.2.8 Phylip系统发育树 | 第43-44页 |
| 2.2.9 Codon W使用方法 | 第44-45页 |
| 2.2.10 Mega 5.0构建系统发生树的方法 | 第45页 |
| 2.2.11 本地BLAST方法 | 第45-46页 |
| 2.2.12 玉米LBD转录因子的鉴定 | 第46页 |
| 2.2.13 序列比对及进化树分析 | 第46页 |
| 2.2.14 LBD蛋白中其他结构域的鉴定 | 第46-48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-67页 |
| 3.1 玉米LBD基因的生物信息学分析 | 第48-59页 |
| 3.1.1 玉米LBD基因的广泛鉴定及基本信息注释 | 第48-49页 |
| 3.1.2 玉米和拟南芥LBD基因进化分析 | 第49-51页 |
| 3.1.3 玉米LBD基因进化及基因结构分析 | 第51-52页 |
| 3.1.4 玉米LBD染色体定位分析 | 第52-53页 |
| 3.1.5 玉米LBD序列比对及保守结构域分析 | 第53-55页 |
| 3.1.6 玉米LBD基因表达分析 | 第55-59页 |
| 3.2 玉米的全基因组密码子使用模式分析 | 第59-67页 |
| 3.2.1 玉米密码子使用参数分析 | 第59页 |
| 3.2.2 玉米密码子相对使用度分析 | 第59-61页 |
| 3.2.3 Nc与GC3s的关联分析 | 第61-62页 |
| 3.2.4 玉米密码子使用与偏好性参数的相关性分析 | 第62-63页 |
| 3.2.5 玉米基因组tRNA拷贝分析 | 第63-64页 |
| 3.2.6 玉米基因组密码子对使用模式 | 第64-65页 |
| 3.2.7 玉米基因组密码子使用模式 | 第65-67页 |
| 4 讨论 | 第67-70页 |
| 4.1 玉米LBD基因家族进化及功能 | 第67-68页 |
| 4.2 玉米密码子和密码子对的使用模式 | 第68-70页 |
| 5 结论 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-86页 |
| 附录 | 第86-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
| 攻读学位期间发表的论文及成果 | 第125页 |
