| 致谢 | 第6-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10页 |
| LIST OF ABBREVIATIONS | 第12-16页 |
| CHAPTER 1: INTRODUCTION | 第16-23页 |
| 1.1 MOTIVATION | 第16-18页 |
| 1.2 BACKGROUND | 第18-19页 |
| 1.2.1 Complex Networks and Disease Interactions | 第18-19页 |
| 1.3 ABOUT CLINICAL TRIALS | 第19-20页 |
| 1.4 RESEARCH PROBLEM | 第20页 |
| 1.5 RESEARCH SCOPE AND OBJECTIVES | 第20-21页 |
| 1.6 JUSTIFICATION | 第21页 |
| 1.7 RESEARCH OUTLINE | 第21-23页 |
| CHAPTER 2: LITERATURE REVIEW | 第23-34页 |
| Introduction | 第23页 |
| 2.1 DISEASE INTERACTIONS | 第23-24页 |
| 2.2 THE HUMAN DISEASE NETWORK | 第24页 |
| 2.3 BIOMEDICAL LITERATURE DATABASES | 第24-25页 |
| 2.4 LITERATURE MINING AND INFORMATION EXTRACTION FOR BIOMFDICAL TEXT | 第25-26页 |
| 2.5 DRUG AND DISEASE NETWORKS BASED ON BIOMEDICAL TEXT | 第26页 |
| 2.6 DRUG NETWORKS BASED ON BIOMEDICAL FFXT | 第26-27页 |
| 2.7 RELATED STUDIES | 第27-31页 |
| 2.7.1 Human disease network using shared drugs | 第27-28页 |
| 2.7.2 Human disease network using shared metabolic pathways | 第28页 |
| 2.7.3 Human disease network using shared symptoms | 第28-29页 |
| 2.7.4 Human disease network using shared genes | 第29-30页 |
| 2.7.5 Human disease network using shared genetic overlap | 第30页 |
| 2.7.6 Human disease network using shared phenotypes | 第30-31页 |
| 2.8 LITERATURE REVIEW ANALYSIS | 第31-34页 |
| CHAPTER 3: METHODOLOGY | 第34-47页 |
| 3.1 INTRODUCTION | 第34页 |
| 3.2 RESEARCH DESIGN | 第34-35页 |
| 3.3 DATA PREPARATION | 第35-41页 |
| 3.3.1 Data acquisition | 第35-36页 |
| 3.3.2 Data extraction | 第36-37页 |
| 3.3.3 Eligibility criteria Information Extraction (ELiIE) system | 第37-38页 |
| 3.3.4 Data cleaning | 第38-39页 |
| 3.3.5 Building a thesaurus | 第39-41页 |
| 3.4 STATISTICAL EVALUAION OF DISEASE CO-OCCURRENCES | 第41-44页 |
| 3.5 NETWORK VISUALIZATION | 第44-45页 |
| 3.6 NETWORK ORGANIZATION | 第45-46页 |
| 3.7 VALIDATING THE CONSTRUCTED DISEASE NETWORK | 第46页 |
| 3.8 CONNECTEDNESS OF THE DISEASE NETWORK | 第46-47页 |
| CHAPTER 4: RESULTS | 第47-56页 |
| 4.1 DESCRIPTIVE STATISTICS OF THE DISEASE-DISEASE NETWORK | 第47-48页 |
| 4.2 BIPARTITE DISEASE-CLINICAL TRIAL NETWORK | 第48-49页 |
| 4.3 THE DISEASE-DISEASE NETWORK | 第49-51页 |
| 4.4 NETWORK ANALYSIS | 第51-52页 |
| 4.5 VALIDATION OF THE DISEASE-DISEASE NETWORK | 第52-56页 |
| CHAPTER 5:DISCUSSION AND CONCLUSION | 第56-60页 |
| 5.1 DISCUSSION | 第56-58页 |
| 5.2 CONCLUSION | 第58-59页 |
| 5.3 LIMITATIONS AND FUTURE WORKS | 第59-60页 |
| 5.3.1 Limitations | 第59页 |
| 5.3.2 Future work | 第59-60页 |
| REFERENCES | 第60-64页 |
| 附录 A | 第64-65页 |
| 索引 | 第65-66页 |
| 作者简历及攻读硕士/博士学位期间取得的研究成果 | 第66-68页 |
| 学位论文数据集 | 第68-69页 |
