| 本论文创新点 | 第5-8页 |
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 第一章 前言 | 第12-44页 |
| 1 Argonaute蛋白家族 | 第12-15页 |
| 2 piRNA通路及其功能 | 第15-30页 |
| 2.1 piRNA的生物合成 | 第15-24页 |
| 2.2 piRNA通路的生物学功能 | 第24-30页 |
| 3 分子进化概述 | 第30-40页 |
| 4 黄鳝的性逆转特性 | 第40-42页 |
| 5 本研究的目的与意义 | 第42-44页 |
| 第二章 黄鳝piRNA通路基因的克隆鉴定及表达分析 | 第44-80页 |
| 1 引言 | 第44页 |
| 2 材料和方法 | 第44-59页 |
| 2.1 实验动物、主要试剂及仪器 | 第44-47页 |
| 2.2 总RNA的提取及逆转录 | 第47-48页 |
| 2.3 SMART cDNA的合成 | 第48-49页 |
| 2.4 基因保守结构域的扩增及克隆 | 第49-51页 |
| 2.5 5’RACE及3’RACE克隆基因的末端 | 第51-52页 |
| 2.6 构建系统发育树 | 第52-54页 |
| 2.7 半定量RT-PCR | 第54-55页 |
| 2.8 实时荧光定量PCR | 第55页 |
| 2.9 真核表达载体的构建 | 第55-57页 |
| 2.10 细胞培养 | 第57-58页 |
| 2.11 质粒的瞬时转染 | 第58页 |
| 2.12 细胞核染色及荧光定位 | 第58-59页 |
| 3 结果 | 第59-76页 |
| 3.1 Ago家族5个基因的克隆,序列分析 | 第59-62页 |
| 3.2 Piwi家族2个基因的克隆,序列分析 | 第62-65页 |
| 3.3 Tdrd1基因及Prmt5基因的克隆,序列分析 | 第65-67页 |
| 3.4 构建脊椎动物Argonaute家族系统发育树 | 第67-69页 |
| 3.5 Ago家族基因的广谱表达及piRNA通路基因的性腺特异表达 | 第69-70页 |
| 3.6 Ago家族基因的实时定量PCR | 第70-73页 |
| 3.7 Piwi家族基因的实时定量PCR | 第73-74页 |
| 3.8 Ago家族基因的细胞定位 | 第74-75页 |
| 3.9 Piwi家族基因的细胞定位 | 第75-76页 |
| 4 讨论 | 第76-80页 |
| 4.1 黄鳝Ago家族基因和piRNA通路基因的鉴定 | 第76-77页 |
| 4.2 Ago家族基因和piRNA通路基因的表达与功能 | 第77-79页 |
| 4.3 细胞定位与功能 | 第79-80页 |
| 第三章 piRNA通路基因的选择压力差异分析 | 第80-92页 |
| 1 引言 | 第80页 |
| 2 材料和方法 | 第80-86页 |
| 2.1 数据来源及序列处理 | 第80-83页 |
| 2.2 序列比对分析 | 第83页 |
| 2.3 遗传距离分析 | 第83-84页 |
| 2.4 Branch model分析基因在脊椎动物不同类群的选择压力差异 | 第84-85页 |
| 2.5 Branch model检测硬骨鱼谱系的选择压力差异 | 第85-86页 |
| 3 结果 | 第86-89页 |
| 3.1 Ago基因和piRNA通路基因在硬骨鱼和哺乳动物中的遗传距离 | 第86-87页 |
| 3.2 piRNA通路基因在硬骨鱼中的加速进化 | 第87-88页 |
| 3.3 黄鳝piRNA通路基因在硬骨鱼中的加速进化 | 第88-89页 |
| 4 讨论 | 第89-92页 |
| 4.1 遗传距离与分枝模型 | 第89页 |
| 4.2 转座与进化 | 第89-90页 |
| 4.3 硬骨鱼的转座子与piRNA通路基因的加速进化 | 第90-91页 |
| 4.4 黄鳝性逆转的Size advantage model | 第91-92页 |
| 第四章 piRNA通路基因在硬骨鱼中的正向选择位点检测 | 第92-100页 |
| 1 引言 | 第92页 |
| 2 材料和方法 | 第92-93页 |
| 2.1 序列比对分析 | 第92页 |
| 2.2 Branch-site model检测正向选择位点 | 第92-93页 |
| 2.3 Sliding window分析 | 第93页 |
| 3 结果 | 第93-97页 |
| 3.1 piRNA通路基因在硬骨鱼中的正向选择位点检测 | 第93-96页 |
| 3.2 Sliding window分析 | 第96-97页 |
| 4 讨论 | 第97-100页 |
| 4.1 基因功能域的适应性进化 | 第97页 |
| 4.2 piRNA通路的进化 | 第97-98页 |
| 4.3 分子进化、基因的表达与功能分析 | 第98-100页 |
| 研究总结 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-112页 |
| 缩写 | 第112-113页 |
| 研究生期间发表论文 | 第113-114页 |
| 致谢 | 第114页 |
