| 中文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 引言 | 第12-26页 |
| §1.1 酶的概述 | 第12-15页 |
| §1.1.1 酶简介 | 第12页 |
| §1.1.2 酶与底物的结合 | 第12-14页 |
| §1.1.3 酶催化机理 | 第14-15页 |
| §1.2 AGE酶家族简介 | 第15-24页 |
| §1.2.1 糖的差向异构酶简介 | 第15-19页 |
| §1.2.2 AGE酶家族简介 | 第19-24页 |
| §1.3 研究的目的及内容 | 第24-26页 |
| 第2章 理论基础与计算方法 | 第26-42页 |
| §2.1 引言 | 第26-27页 |
| §2.2 量子化学简介 | 第27-28页 |
| §2.3 分子力学简述 | 第28-31页 |
| §2.3.1 分子力场 | 第28-29页 |
| §2.3.2 能量最小化 | 第29-31页 |
| §2.4 分子动力学简介 | 第31-33页 |
| §2.5 量子力学/分子力学联用方法 | 第33-39页 |
| §2.5.1 两类能量计算方案 | 第33-35页 |
| §2.5.2 内外层之间相互作用的处理方法 | 第35-37页 |
| §2.5.3 边界处理方法 | 第37-39页 |
| §2.6 伞形取样 | 第39-42页 |
| 第3章 AGE酶家族催化机制的理论研究 | 第42-67页 |
| §3.1 引言 | 第42-46页 |
| §3.2 计算方法和计算细节 | 第46-49页 |
| §3.2.1 初始模型的建立 | 第46-47页 |
| §3.2.2 分子动力学平衡 | 第47-48页 |
| §3.2.3 QM/MM伞形取样动力学模拟 | 第48-49页 |
| §3.3 结果与讨论 | 第49-66页 |
| §3.3.1 RaCE/MAN复合物模型和pAGE/ManNAc复合物模型的动力学模拟 | 第49-52页 |
| §3.3.2 QM/MM计算测试 | 第52-54页 |
| §3.3.3 RaCE酶催化异构化反应 | 第54-59页 |
| §3.3.4 pAGE酶催化异构化反应 | 第59-64页 |
| §3.3.5 过渡态结构分析 | 第64-66页 |
| §3.4 本章小结 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-72页 |
| 个人简介及攻读学位期间发表论文 | 第72-73页 |
| 致谢 | 第73页 |