| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 1 前言 | 第10-22页 |
| 1.1 DNA条形码 | 第10-13页 |
| 1.1.1 DNA条形码概述 | 第11页 |
| 1.1.2 DNA条形码的优势和存在的问题 | 第11-12页 |
| 1.1.3 DNA条形码研究进展 | 第12-13页 |
| 1.2 植物DNA条形码 | 第13-18页 |
| 1.2.1 matK序列 | 第14页 |
| 1.2.2 ITS、ITS2序列 | 第14-16页 |
| 1.2.3 psbA-trnH序列 | 第16-17页 |
| 1.2.4 rbcL序列 | 第17页 |
| 1.2.5 其他质基因 | 第17页 |
| 1.2.6 片段组合 | 第17-18页 |
| 1.3 地黄属植物的遗传多样性与分子系统学研究 | 第18-19页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第19-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-34页 |
| 2.1 材料 | 第22-27页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第22页 |
| 2.1.2 主要仪器设备 | 第22页 |
| 2.1.3 主要试剂及药品 | 第22-26页 |
| 2.1.4 常用试剂配方 | 第26-27页 |
| 2.2 方法 | 第27-34页 |
| 2.2.1 地黄基因组DNA提取 | 第27-28页 |
| 2.2.2 目的基因的PCR扩增 | 第28-30页 |
| 2.2.3 PCR产物检测、纯化与测序 | 第30-31页 |
| 2.2.4 序列拼接、校正 | 第31页 |
| 2.2.5 数据分析 | 第31-33页 |
| 2.2.6 物种鉴定 | 第33-34页 |
| 3 结果与分析 | 第34-62页 |
| 3.1 地黄基因组DNA提取 | 第34页 |
| 3.2 目的序列PCR扩增的优化 | 第34-40页 |
| 3.2.1 引物筛选 | 第34-35页 |
| 3.2.2 PCR反应程序的优化 | 第35-40页 |
| 3.3 目的序列的测序 | 第40-42页 |
| 3.4 目的序列的分析 | 第42-45页 |
| 3.4.1 候选DNA条形码的序列特征 | 第42-43页 |
| 3.4.2 候选DNA条形码序列变异位点 | 第43-45页 |
| 3.5 候选条形码序列遗传距离分析及检验 | 第45-48页 |
| 3.5.1 遗传距离分析 | 第45页 |
| 3.5.2 Barcoding Gap检验 | 第45-47页 |
| 3.5.3 不同序列变异性比较 | 第47-48页 |
| 3.6 ITS2二级结构及motif分析 | 第48-51页 |
| 3.6.1 ITS2的二级结构 | 第48-51页 |
| 3.6.2 ITS2序列的motif | 第51页 |
| 3.7 ITS2+psbA-trnH片段组合 | 第51-53页 |
| 3.8 候选条形码序列鉴定效果评价 | 第53-61页 |
| 3.8.1 ITS2、ITS序列进化树分析 | 第53-54页 |
| 3.8.2 ITS2+psbA-trnH、psbA-trnH序列进化树分析 | 第54页 |
| 3.8.3 rbcL序列进化树分析 | 第54页 |
| 3.8.4 matK序列进化树分析 | 第54-61页 |
| 3.9 一个特殊物种的发现 | 第61-62页 |
| 4 讨论 | 第62-70页 |
| 4.1 候选条形码的PCR扩增 | 第62-63页 |
| 4.2 候选条形码序列特征分析 | 第63-64页 |
| 4.3 候选条形码遗传距离分析及检验 | 第64-65页 |
| 4.4 候选条形码序列评价 | 第65-66页 |
| 4.5 ITS2+psbA-trnH片段组合 | 第66-67页 |
| 4.6 候选条形码鉴定效果评价 | 第67-68页 |
| 4.7 隐存种 | 第68-70页 |
| 5 结论 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-82页 |
| 致谢 | 第82-84页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第84-86页 |