| 中文摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4页 |
| 第一章 文献综述 | 第7-28页 |
| 1.1 大肠杆菌菌种改造进展 | 第7-11页 |
| 1.1.1 大肠杆菌基因改造方法分类 | 第7-9页 |
| 1.1.2 系统生物学在菌种改造上的发展 | 第9-11页 |
| 1.2 细胞网络研究进展 | 第11-16页 |
| 1.2.1 基因组尺度代谢网络 | 第11-12页 |
| 1.2.2 基因组尺度转录调控网络 | 第12-14页 |
| 1.2.3 信号转导网络 | 第14-16页 |
| 1.3 大肠杆菌中的其他相互作用 | 第16-17页 |
| 1.3.1 蛋白质-蛋白质相互作用 | 第16页 |
| 1.3.2 乙酰化修饰 | 第16-17页 |
| 1.3.3 分子伴侣 | 第17页 |
| 1.4 集成网络进展 | 第17-26页 |
| 1.4.1 代谢网络与转录网络集成进展 | 第18-23页 |
| 1.4.1.1 集成方法 1：RFBA | 第19-20页 |
| 1.4.1.2 集成方法 2：PROM | 第20-22页 |
| 1.4.1.3 集成方法 3：关系图法 | 第22页 |
| 1.4.1.4 集成工具：TIGER 工具箱 | 第22-23页 |
| 1.4.2 转录调控网络与信号调控途径集成 | 第23-24页 |
| 1.4.3 代谢网络、转录调控网络和信号转导网络的集成 | 第24-25页 |
| 1.4.4 细胞网络研究展望及应用价值 | 第25-26页 |
| 1.5 本论文的研究意义和研究内容 | 第26-28页 |
| 1.5.1 本论文的研究意义 | 第26页 |
| 1.5.2 本论文的研究内容 | 第26-28页 |
| 第二章 大肠杆菌基因改造数据库的构建 | 第28-38页 |
| 2.1 大肠杆菌基因改造数据库的构建过程 | 第28-37页 |
| 2.1.1 信息搜集和整理 | 第28-29页 |
| 2.1.1.1 信息搜集 | 第28页 |
| 2.1.1.2 信息整理 | 第28-29页 |
| 2.1.2 信息标准化 | 第29-35页 |
| 2.1.2.1 基因改造信息标准化 | 第30-32页 |
| 2.1.2.2 菌种相关信息标准化 | 第32-35页 |
| 2.1.3 基因改造-目标产物代谢途径关系图 | 第35-36页 |
| 2.1.4 网络数据库构建 | 第36页 |
| 2.1.5 大肠杆菌基因改造数据库的作用和意义 | 第36-37页 |
| 2.2 小结 | 第37-38页 |
| 第三章 大肠杆菌集成网络构建分析 | 第38-53页 |
| 3.1 大肠杆菌基因组尺度网络信息 | 第38-40页 |
| 3.1.1 信息下载 | 第38页 |
| 3.1.2 信息整理 | 第38-40页 |
| 3.2 蛋白质相互作用数据库与大肠杆菌网络的结合 | 第40-53页 |
| 3.2.1 蛋白质-蛋白质相互作用数据下载 | 第40-42页 |
| 3.2.2 蛋白质-蛋白质相互作用数据与大肠杆菌基因组尺度代谢网络结合 | 第42-48页 |
| 3.2.2.1 与 iJO1366 代谢网络模型数据结合 | 第42-44页 |
| 3.2.2.2 与糖酵解途径相结合 | 第44-45页 |
| 3.2.2.3 与氨基酸途径相结合 | 第45页 |
| 3.2.2.4 与糖酵解和氨基酸途径结合最终结果分析 | 第45-47页 |
| 3.2.2.5 小结 | 第47-48页 |
| 3.2.3 蛋白质-蛋白质相互作用数据与大肠杆菌转录网络结合 | 第48-49页 |
| 3.2.4 蛋白质-蛋白质相互作用数据与信号转导网络中的两组分系统结合 | 第49-51页 |
| 3.2.5 小结 | 第51-53页 |
| 第四章 结论和展望 | 第53-55页 |
| 4.1 结论 | 第53页 |
| 4.2 展望 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 发表论文和科研情况 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
