| 中文摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一部分 文献综述 | 第15-34页 |
| 第一章 稻瘟病及其致病菌研究进展 | 第15-27页 |
| 1.1 稻瘟病的历史与分布 | 第15-16页 |
| 1.2 稻瘟病的症状和类型 | 第16页 |
| 1.3 稻瘟病的致病菌——稻瘟病菌 | 第16-26页 |
| 1.3.1 稻瘟病菌的种名演化 | 第17页 |
| 1.3.2 稻瘟病菌的生活史及病害循环 | 第17-18页 |
| 1.3.3 稻瘟病菌的致病机理 | 第18-24页 |
| 1.3.4 稻瘟病菌的基因组序列 | 第24页 |
| 1.3.5 稻瘟病菌的基因功能研究方法 | 第24-26页 |
| 1.4 稻瘟病的防控策略 | 第26-27页 |
| 第二章 Pre-mRNA 剪接及相关蛋白 SMN 与 U1A 研究进展 | 第27-34页 |
| 2.1 Pre-mRNA 剪接 | 第27-29页 |
| 2.1.1 Pre-mRNA 的剪接机制 | 第27-28页 |
| 2.1.2 Pre-mRNA 的选择性剪接 | 第28-29页 |
| 2.2 SMN 蛋白与 pre-mRNA 剪接 | 第29-31页 |
| 2.2.1 SMN 蛋白与 SMN 基因 | 第29页 |
| 2.2.2 SMN 通过参与 snRNPs 的组装影响 pre-mRNA 剪接 | 第29-31页 |
| 2.3 U1A 蛋白与 pre-mRNA 剪接 | 第31-32页 |
| 2.3.1 U1A 蛋白与 U1 snRNP 的形成 | 第31-32页 |
| 2.3.2 U1A 蛋白的功能复杂性 | 第32页 |
| 2.4 本研究的目的与意义 | 第32-34页 |
| 第二部分 研究内容 | 第34-142页 |
| 第一章 MoSMN 基因的转录体鉴定及生物信息学分析 | 第34-60页 |
| 引言 | 第34页 |
| 1.1 试验材料与仪器设备 | 第34-40页 |
| 1.1.1 供试菌株 | 第34-35页 |
| 1.1.2 主要仪器设备 | 第35页 |
| 1.1.3 试验主要试剂 | 第35-36页 |
| 1.1.4 载体与引物 | 第36-37页 |
| 1.1.5 试验所用培养基 | 第37-38页 |
| 1.1.6 试验所用其它储备液及配制方法 | 第38-40页 |
| 1.2 研究方法 | 第40-47页 |
| 1.2.1 稻瘟病菌基因组 DNA 的提取 | 第40-41页 |
| 1.2.2 稻瘟病菌 RNA 的提取 | 第41页 |
| 1.2.3 反转录生成 1st-Strand cDNA | 第41-42页 |
| 1.2.4 稻瘟病菌 MOS 基因及其相应 cDNA 的克隆 | 第42-43页 |
| 1.2.5 热激感受态大肠杆菌 DH5α的制备与转化 | 第43-44页 |
| 1.2.6 稻瘟病菌 MOS 基因的 Southern blotting 分析 | 第44-46页 |
| 1.2.7 生物信息学分析方法 | 第46-47页 |
| 1.3 结果与分析 | 第47-58页 |
| 1.3.1 稻瘟病菌 MOS 基因的克隆及拷贝数分析 | 第47-48页 |
| 1.3.2 稻瘟病菌 MOS 基因的转录体与选择性剪接 | 第48-51页 |
| 1.3.3 稻瘟病菌 MOS 基因三种转录体对应的蛋白质序列分析 | 第51-52页 |
| 1.3.4 稻瘟病菌 MOS 蛋白体的理化特性分析 | 第52-53页 |
| 1.3.5 稻瘟病菌 MOS 蛋白体的保守性与进化分析 | 第53-55页 |
| 1.3.6 稻瘟病菌 MOS 蛋白体的空间结构预测分析 | 第55-58页 |
| 1.4 讨论与小结 | 第58-60页 |
| 1.4.1 讨论 | 第58-59页 |
| 1.4.2 小结 | 第59-60页 |
| 第二章 MOS 基因的生物功能分析 | 第60-97页 |
| 引言 | 第60页 |
| 2.1 试验材料与仪器设备 | 第60-66页 |
| 2.1.1 供试菌株 | 第60-61页 |
| 2.1.2 主要仪器设备 | 第61页 |
| 2.1.3 试验主要试剂 | 第61-62页 |
| 2.1.4 载体与引物 | 第62-63页 |
| 2.1.5 试验所用培养基 | 第63-65页 |
| 2.1.6 试验所用其它储备液及配制方法 | 第65-66页 |
| 2.2 研究方法 | 第66-76页 |
| 2.2.1 稻瘟病菌基因组 DNA 的提取 | 第66-67页 |
| 2.2.2 稻瘟病菌 RNA 的提取与反转录生成 1st-Strand cDNA | 第67页 |
| 2.2.3 细菌质粒 DNA 的提取方法 | 第67-68页 |
| 2.2.4 热激感受态大肠杆菌 DH5α的制备与转化 | 第68页 |
| 2.2.5 土壤农杆菌 AGL-1 热激感受态的制备与转化 | 第68-69页 |
| 2.2.6 敲除载体与互补载体的构建 | 第69-71页 |
| 2.2.7 稻瘟病菌的遗传转化（土壤农杆菌介导法） | 第71-72页 |
| 2.2.8 稻瘟病菌敲除突变体的检测与确认 | 第72-73页 |
| 2.2.9 稻瘟病菌互补菌株的检测与确认 | 第73-74页 |
| 2.2.10 敲除突变体的生长发育特性分析 | 第74页 |
| 2.2.11 敲除突变体菌丝色素的观察与含量测定 | 第74-75页 |
| 2.2.12 敲除突变体的逆境形态观察与分析 | 第75页 |
| 2.2.13 逆境条件下及不同生长发育阶段的基因表达分析 | 第75-76页 |
| 2.2.14 敲除突变体的致病性分析及洋葱表皮细胞的侵入研究 | 第76页 |
| 2.3 结果与分析 | 第76-94页 |
| 2.3.1 MOS 基因敲除载体及互补载体的构建与验证 | 第76-79页 |
| 2.3.2 敲除突变体与互补菌株的 PCR 检测及获得 | 第79-81页 |
| 2.3.3 Southern blotting 和 RT-PCR 检测 MOS 基因的敲除与互补 | 第81-82页 |
| 2.3.4 MOS 基因敲除对稻瘟病菌菌丝的生长速率无明显影响 | 第82-83页 |
| 2.3.5 MOS 基因敲除影响稻瘟病菌菌丝色素的形成 | 第83-84页 |
| 2.3.6 MOS 基因与分生孢子的形态及附着胞的形成无关 | 第84-86页 |
| 2.3.7 MOS 基因敲除影响稻瘟病菌分生孢子的产生数量 | 第86-87页 |
| 2.3.8 MOS 基因参与稻瘟病菌的逆境应答 | 第87-92页 |
| 2.3.9 稻瘟病菌的致病需要 MOS 基因的参与 | 第92-94页 |
| 2.4 讨论与小结 | 第94-97页 |
| 2.4.1 讨论 | 第94-96页 |
| 2.4.2 小结 | 第96-97页 |
| 第三章 氧化逆境下 MOS 基因调控的转录组分析 | 第97-113页 |
| 引言 | 第97页 |
| 3.1 试验材料与仪器设备 | 第97-98页 |
| 3.1.1 供试菌株 | 第97页 |
| 3.1.2 主要仪器设备 | 第97-98页 |
| 3.1.3 试验主要试剂 | 第98页 |
| 3.2 研究方法 | 第98-101页 |
| 3.2.1 试验菌株的培养与处理 | 第98页 |
| 3.2.2 试验菌株中总 RNA 的提取 | 第98-99页 |
| 3.2.3 测序文库的制备 | 第99页 |
| 3.2.4 高通量测序 | 第99页 |
| 3.2.5 测序质量及与参考序列的比对分析 | 第99页 |
| 3.2.6 基因差异表达分析的方法 | 第99-100页 |
| 3.2.7 氧化逆境下差异表达基因的 GO 与 Pathway 显著富集分析 | 第100-101页 |
| 3.2.8 氧化逆境下选择性剪接事件分析 | 第101页 |
| 3.3 结果与分析 | 第101-111页 |
| 3.3.1 试验样品的质量分析 | 第101-102页 |
| 3.3.2 测序质量及与参考序列的比对分析 | 第102-103页 |
| 3.3.3 氧化逆境下基因表达的差异分析 | 第103-105页 |
| 3.3.4 氧化逆境下差异表达基因的 GO 显著富集分析 | 第105-107页 |
| 3.3.5 氧化逆境下差异表达基因的 Pathway 显著富集分析 | 第107页 |
| 3.3.6 氧化逆境下选择性剪接事件分析 | 第107-111页 |
| 3.4 讨论与小结 | 第111-113页 |
| 3.4.1 讨论 | 第111-112页 |
| 3.4.2 小结 | 第112-113页 |
| 第四章 MoU1A 基因的生物功能分析 | 第113-138页 |
| 引言 | 第113页 |
| 4.1 试验材料与仪器设备 | 第113-117页 |
| 4.1.1 供试菌株 | 第113-114页 |
| 4.1.2 主要仪器设备 | 第114页 |
| 4.1.3 试验主要试剂 | 第114页 |
| 4.1.4 载体与引物 | 第114-115页 |
| 4.1.5 试验所用培养基 | 第115-116页 |
| 4.1.6 试验所用其它储备液及配制方法 | 第116-117页 |
| 4.2 研究方法 | 第117-122页 |
| 4.2.1 MoU1A 基因的生物信息学分析方法 | 第117页 |
| 4.2.2 稻瘟病菌基因组 DNA 的提取 | 第117页 |
| 4.2.3 稻瘟病菌 RNA 的提取与反转录生成 1st-Strand cDNA | 第117页 |
| 4.2.4 细菌质粒 DNA 的提取方法 | 第117页 |
| 4.2.5 热激感受态大肠杆菌 DH5α的制备与转化 | 第117页 |
| 4.2.6 土壤农杆菌 AGL-1 热激感受态的制备与转化 | 第117-118页 |
| 4.2.7 基因沉默载体与过表达载体的构建 | 第118-119页 |
| 4.2.8 稻瘟病菌的遗传转化（PEG 介导法） | 第119-120页 |
| 4.2.9 稻瘟病菌的遗传转化（土壤农杆菌介导法） | 第120页 |
| 4.2.10 稻瘟病菌基因沉默突变体及过表达菌株的检测和确认 | 第120-121页 |
| 4.2.11 基因沉默突变体与过表达菌株的生长发育特性分析 | 第121页 |
| 4.2.12 基因沉默突变体和过表达菌株的逆境观察与分析 | 第121-122页 |
| 4.2.13 基因沉默突变体与过表达菌株的致病性分析和侵入研究 | 第122页 |
| 4.3 结果与分析 | 第122-135页 |
| 4.3.1 稻瘟病菌 MoU1A 基因基本信息的获取及相应蛋白特性的预测 | 第122-123页 |
| 4.3.2 稻瘟病菌 MoU1A 蛋白的保守性与进化分析 | 第123-125页 |
| 4.3.3 稻瘟病菌 MoU1A 蛋白的空间结构预测分析 | 第125-127页 |
| 4.3.4 MoU1A 基因的 RNAi 突变体及过表达菌株的获得 | 第127-128页 |
| 4.3.5 MoU1A 基因与稻瘟病菌的菌丝生长 | 第128-129页 |
| 4.3.6 MoU1A 基因与稻瘟病菌的产孢数量、孢子形态及附着胞形成 | 第129-131页 |
| 4.3.7 MoU1A 基因与稻瘟病菌的逆境应答 | 第131-133页 |
| 4.3.8 MoU1A 基因与稻瘟病菌的致病性 | 第133-135页 |
| 4.4 讨论与小结 | 第135-138页 |
| 4.4.1 讨论 | 第135-136页 |
| 4.4.2 小结 | 第136-138页 |
| 第五章 全文结论与讨论 | 第138-142页 |
| 5.1 全文结论 | 第138页 |
| 5.2 全文讨论 | 第138-142页 |
| 参考文献 | 第142-162页 |
| 作者简介 | 第162页 |
| 攻读博士学位期间的主要学术成果 | 第162-163页 |
| 致谢 | 第163页 |
