| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 符号与标记 | 第10-15页 |
| 第一章 研究背景 | 第15-33页 |
| 1.1 分子动力学模拟与分子力场 | 第15-24页 |
| 1.1.1 分子动力学模拟的基本原理 | 第16-19页 |
| 1.1.2 关键组成——分子力场 | 第19-22页 |
| 1.1.3 常用力场介绍 | 第22-24页 |
| 1.2 天然无规蛋白 | 第24-32页 |
| 1.2.1 天然无规蛋白 | 第24-28页 |
| 1.2.2 天然无规蛋白功能和研究的重要意义 | 第28-32页 |
| 1.2.3 天然无规蛋白结构和功能的研究方法 | 第32页 |
| 1.3 本章小结 | 第32-33页 |
| 第二章 FF99IDPS力场的开发与测试 | 第33-65页 |
| 2.1 背景介绍 | 第33-39页 |
| 2.1.1 力场参数优化 | 第34-35页 |
| 2.1.2 修正势能面——基于格点的二面角能量修正项 | 第35-39页 |
| 2.1.3 无规倾向性氨基酸 | 第39页 |
| 2.2 材料和方法 | 第39-46页 |
| 2.2.1 数据收集和结构库构建 | 第39-40页 |
| 2.2.2 CMAP参数的优化和整合 | 第40-42页 |
| 2.2.3 天然无规蛋白的测试数据集选取 | 第42-43页 |
| 2.2.4 分子动力学模拟 | 第43-44页 |
| 2.2.5 数据分析 | 第44-46页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第46-63页 |
| 2.3.1 ff99IDPs中CMAP参数优化和力场发布 | 第46-52页 |
| 2.3.2 ff99IDPs力场的进一步测试 | 第52-63页 |
| 2.4 本章小结 | 第63-65页 |
| 第三章 可极化力场FF02IDPS.POL的开发与测试 | 第65-84页 |
| 3.1 背景介绍 | 第65-69页 |
| 3.1.1 非极化力场的局限性 | 第65-66页 |
| 3.1.2 极化力场的发展现状 | 第66页 |
| 3.1.3 AMBER可极化力场 | 第66-68页 |
| 3.1.4 ff02.pol.r1针对天然无规蛋白的改进策略 | 第68-69页 |
| 3.2 材料和方法 | 第69-75页 |
| 3.2.1 数据收集和结构库构建 | 第69-70页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第70-72页 |
| 3.2.3 CMAP参数的优化和整合 | 第72-73页 |
| 3.2.4 新力场测试和数据分析 | 第73-75页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第75-83页 |
| 3.3.1 CMAP参数优化情况 | 第75-77页 |
| 3.3.2 ff02IDPs.pol.alpha表现的初步验证 | 第77-83页 |
| 3.4 本章小结 | 第83-84页 |
| 第四章 分子力场的应用——蛋白质结构功能关系的新发现 | 第84-119页 |
| 4.1 背景介绍 | 第84-91页 |
| 4.1.1 序列à结构à功能 | 第84-85页 |
| 4.1.2 别构效应和别构自调节 | 第85-86页 |
| 4.1.3 ETS结构域转录因子家族 | 第86-88页 |
| 4.1.4 ERG蛋白及其别构自抑制 | 第88-91页 |
| 4.2 材料和方法 | 第91-97页 |
| 4.2.1 结构准备 | 第92页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 | 第92-94页 |
| 4.2.3 相关性网络分析 | 第94-97页 |
| 4.2.4 其他数据分析 | 第97页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第97-118页 |
| 4.3.1 自抑制和非抑制状态的ERG-DNA复合物的相关性网络有显著差别 | 第102-107页 |
| 4.3.2 不同的相关性网络导致不同的结合活性 | 第107-112页 |
| 4.3.3 导致信息流和结合活性的别构性变化是由NID和CID之间的结合诱导的 | 第112-116页 |
| 4.3.4 NID-CID之间结合诱导别构的别构通路 | 第116-118页 |
| 4.4 本章小结 | 第118-119页 |
| 第五章 全文总结 | 第119-121页 |
| 5.1 主要结论 | 第119-120页 |
| 5.2 研究展望 | 第120-121页 |
| 参考文献 | 第121-145页 |
| 附录一 不同力场下二级结构随时间变化情况 | 第145-153页 |
| 攻读博士学位期间已发表或录用的论文 | 第153-155页 |
| 攻读博士学位期间参与的科研项目 | 第155-156页 |
| 致谢 | 第156-157页 |
