| 论文创新点 | 第5-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| 缩略词表 | 第14-15页 |
| 第1章 文献综述 | 第15-42页 |
| 1.1 植物多倍体的研究 | 第15-23页 |
| 1.1.1 多倍体的形成 | 第15-16页 |
| 1.1.2 植物多倍化过程中的遗传和表观遗传变化 | 第16-19页 |
| 1.1.3 植物多倍化过程中基因表达的变化 | 第19-23页 |
| 1.2 植物小RNA研究 | 第23-34页 |
| 1.2.1 miRNA的合成与作用机制 | 第24-25页 |
| 1.2.2 miRNA在植物中的调控作用 | 第25-28页 |
| 1.2.3 miRNA研究的技术手段 | 第28-31页 |
| 1.2.4 植物siRNA | 第31-33页 |
| 1.2.5 植物多倍体中小RNA的研究 | 第33-34页 |
| 1.3 植物蛋白质组学研究 | 第34-38页 |
| 1.3.1 植物发育过程中蛋白质组分析 | 第35-36页 |
| 1.3.2 植物中响应环境信号的蛋白质 | 第36页 |
| 1.3.3 植物突变体蛋白质组研究 | 第36-37页 |
| 1.3.4 多倍体植物中蛋白质组研究 | 第37-38页 |
| 1.4 芸薹属植物在多倍体研究中的应用 | 第38-40页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第40-42页 |
| 第2章 芸薹属多倍体与其亲本的小RNA表达谱分析 | 第42-78页 |
| 2.1 材料与方法 | 第42-53页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第42-43页 |
| 2.1.2 总RNA的提取及检测 | 第43-45页 |
| 2.1.3 小RNA文库的构建及测序 | 第45页 |
| 2.1.4 原始测序数据的处理 | 第45页 |
| 2.1.5 已知miRNA的鉴定 | 第45-46页 |
| 2.1.6 新miRNA的预测 | 第46-47页 |
| 2.1.7 miRNA的靶基因预测及靶基因的GO功能显著性富集分析 | 第47页 |
| 2.1.8 miRNA的差异表达分析 | 第47-48页 |
| 2.1.9 miRNA靶向编码转录因子基因的分析 | 第48-49页 |
| 2.1.10 对高通量测序数据进行实验验证 | 第49-53页 |
| 2.2 结果与分析 | 第53-74页 |
| 2.2.1 测序数据总体分析 | 第53-56页 |
| 2.2.2 芸薹属六倍体及其两亲本中已知miRNA的鉴定 | 第56-59页 |
| 2.2.3 芸薹属六倍体与其亲本中差异表达的已知miRNA | 第59页 |
| 2.2.4 实时荧光定量PCR检验 | 第59-61页 |
| 2.2.5 差异表达miRNA的相关靶基因的GO分析 | 第61-63页 |
| 2.2.6 芸薹属六倍体中的miRNA表达的偏向性和非加性表达模式 | 第63-64页 |
| 2.2.7 miRNA调控编码转录因子基因的分析 | 第64-70页 |
| 2.2.8 芸薹属六倍体及其两亲本中新miRNA的预测及分析 | 第70-72页 |
| 2.2.9 芸薹属六倍体及其两亲本中siRNA的预测及分析 | 第72-74页 |
| 2.3 讨论 | 第74-78页 |
| 2.3.1 异源多倍体中miRNA表现出非加性或亲本偏向性表达模式 | 第75-76页 |
| 2.3.2 miRNA的调节可能提高了多倍体抗逆性和适应性 | 第76-77页 |
| 2.3.3 异源多倍体可能通过小RNA下调表达调控生长发育与适应 | 第77-78页 |
| 第3章 芸薹属多倍体与其亲本的蛋白质组分析 | 第78-103页 |
| 3.1 材料与方法 | 第78-83页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第78页 |
| 3.1.2 蛋白质提取 | 第78-79页 |
| 3.1.3 蛋白质浓度测量 | 第79-80页 |
| 3.1.4 蛋白质酶解 | 第80页 |
| 3.1.5 iTRAQ标记 | 第80-81页 |
| 3.1.6 SCX分离 | 第81页 |
| 3.1.7 质谱鉴定和数据分析 | 第81-83页 |
| 3.1.8 蛋白质的差异表达分析 | 第83页 |
| 3.2 结果与分析 | 第83-99页 |
| 3.2.1 测序数据总体分析 | 第83-85页 |
| 3.2.2 蛋白的COG注释 | 第85-86页 |
| 3.2.3 两次生物学重复之间的差异表达蛋白 | 第86-88页 |
| 3.2.4 芸薹属六倍体及其亲本的差异表达蛋白质 | 第88-93页 |
| 3.2.5 芸薹属六倍体中的非加性和亲本偏向性蛋白表达模式 | 第93-94页 |
| 3.2.6 差异表达蛋白的KEGG通路分析 | 第94页 |
| 3.2.7 蛋白组与转录组的整合分析 | 第94-99页 |
| 3.3 讨论 | 第99-103页 |
| 3.3.1 亲本之间蛋白质差异表达的程度可能影响到异源多倍体中非加性表达蛋白的比例 | 第99-101页 |
| 3.3.2 多倍体中表达发生变化的蛋白质类型 | 第101页 |
| 3.3.3 转录表达水平与蛋白表达水平的低关联性 | 第101-103页 |
| 第4章 结论与展望 | 第103-105页 |
| 4.1 本文的主要结论 | 第103-104页 |
| 4.2 研究展望 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-122页 |
| 攻读博士学位期间发表论文 | 第122-123页 |
| 致谢 | 第123页 |
