| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-50页 |
| 1.1 高分子科学中常用的计算机模拟方法介绍 | 第10-15页 |
| 1.1.1 分子动力学模拟方法 | 第10-13页 |
| 1.1.2 朗之万动力学模拟 | 第13-15页 |
| 1.2 计算机模拟中的常见技巧 | 第15-19页 |
| 1.2.1 周期性边界条件 | 第15-17页 |
| 1.2.2 Verlet临近列表算法 | 第17-18页 |
| 1.2.3 珠簧链模型(bead-spring model) | 第18-19页 |
| 1.3 高分子的静力学性质 | 第19-29页 |
| 1.3.1 理想链模型 | 第20-25页 |
| 1.3.2 真实链构象理论 | 第25-29页 |
| 1.4 高分子的动力学性质 | 第29-32页 |
| 1.4.1 Rouse模型 | 第29-31页 |
| 1.4.2 Zimm模型 | 第31-32页 |
| 1.5 扩散 | 第32-36页 |
| 1.5.1 Fick定律 | 第32-33页 |
| 1.5.2 扩散系数的计算 | 第33-34页 |
| 1.5.3 均方位移 | 第34-36页 |
| 1.6 分子拥挤 | 第36-41页 |
| 1.6.1 体积排除效应 | 第37-38页 |
| 1.6.2 拥挤环境对粒子扩散的影响 | 第38-41页 |
| 1.7 速率过程理论 | 第41-44页 |
| 1.7.1 Kramers速率理论 | 第42-43页 |
| 1.7.2 首次通过问题理论 | 第43-44页 |
| 1.8 本文的选题依据和科学问题的提出 | 第44-45页 |
| 1.8.1 拥挤环境下大分子亚扩散的研究 | 第44页 |
| 1.8.2 拥挤环境下大分子搜寻反应位点的动力学 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-50页 |
| 第二章 大分子在拥挤环境下的亚扩散动力学 | 第50-66页 |
| 2.1 引言 | 第50-51页 |
| 2.2 模型以及模拟方法 | 第51-52页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第52-61页 |
| 2.3.1 摩擦系数ξ_0和拥挤剂浓度φ对亚扩散指数α的影响 | 第53-55页 |
| 2.3.2 示踪粒子尺寸σ_t和拥挤剂粒子尺寸σ_c对亚扩散指数α的影响 | 第55-59页 |
| 2.3.3 示踪粒子尺寸σ_t拥挤剂粒子尺寸σ_c及拥挤剂浓度φ对亚扩散指数α的影响 | 第59-61页 |
| 2.4 本章小结 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-66页 |
| 第三章 拥挤环境下蛋白质搜寻DNA上目标的动力学 | 第66-88页 |
| 3.1 引言 | 第66-68页 |
| 3.2 模型与方法 | 第68-70页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第70-81页 |
| 3.3.1 理论 | 第70-71页 |
| 3.3.2 模拟结果 | 第71-81页 |
| 3.4 本章小结 | 第81-83页 |
| 参考文献 | 第83-88页 |
| 第四章 在拥挤环境下大分子搜寻平面上目标的动力学 | 第88-108页 |
| 4.1 引言 | 第88-89页 |
| 4.2 模型与方法 | 第89-91页 |
| 4.3 模拟结果与讨论 | 第91-103页 |
| 4.3.1 理论分析 | 第91-94页 |
| 4.3.2 模拟结果 | 第94-103页 |
| 4.4 本章小结 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-108页 |
| 结论 | 第108-109页 |
| 致谢 | 第109-111页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第111页 |
