严重急性呼吸道感染儿童呼吸道样品病毒组学研究
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 英文缩略词 | 第13-17页 |
| 第一章 引言 | 第17-27页 |
| 1.1 严重急性呼吸道感染概述 | 第17-18页 |
| 1.2 儿童呼吸道感染的病原和检测 | 第18页 |
| 1.3 病毒宏基因组学研究进展 | 第18-20页 |
| 1.4 深度测序在病毒组学中的应用 | 第20-21页 |
| 1.5 病毒组学分析的内容和流程 | 第21-22页 |
| 1.6 病毒基因组的生物信息学分析 | 第22-26页 |
| 1.6.1 序列比对 | 第22-23页 |
| 1.6.2 系统发育分析 | 第23-24页 |
| 1.6.3 基因重组分析 | 第24页 |
| 1.6.4 选择压力分析 | 第24-25页 |
| 1.6.5 时间、地理相关进化分析 | 第25页 |
| 1.6.6 蛋白空间结构分析 | 第25-26页 |
| 1.7 本研究的目的和意义 | 第26-27页 |
| 第二章 呼吸道样品深度测序方法的初步摸索 | 第27-46页 |
| 2.1 材料 | 第27-28页 |
| 2.1.1 试剂 | 第27-28页 |
| 2.1.2 仪器 | 第28页 |
| 2.2 方法 | 第28-37页 |
| 2.2.1 样品的前期优化处理 | 第28-34页 |
| 2.2.2 核酸扩增方法的优化选择 | 第34-36页 |
| 2.2.3 人冠状病毒特异性扩增方法摸索 | 第36-37页 |
| 2.3 结果 | 第37-43页 |
| 2.3.1 样品前期优化处理组与非处理组比较分析 | 第37-39页 |
| 2.3.2 SISPA与MDA扩增方法比较分析 | 第39-40页 |
| 2.3.3 冠状病毒特异性扩增测序分析 | 第40-43页 |
| 2.4 讨论 | 第43-45页 |
| 2.5 小结 | 第45-46页 |
| 第三章 严重急性呼吸道感染儿童呼吸道样品深度测序 | 第46-66页 |
| 3.1 材料 | 第46-47页 |
| 3.1.1 试剂和仪器 | 第46-47页 |
| 3.1.2 常用软件 | 第47页 |
| 3.2 方法 | 第47-50页 |
| 3.2.1 样品的采集 | 第47页 |
| 3.2.2 样品的分组 | 第47页 |
| 3.2.3 样品的预处理和核酸扩增 | 第47-48页 |
| 3.2.4 高通量测序 | 第48页 |
| 3.2.5 数据分析和上传 | 第48-49页 |
| 3.2.6 病原验证和进化分析 | 第49-50页 |
| 3.3 实验结果 | 第50-63页 |
| 3.3.1 初步数据分析 | 第50-52页 |
| 3.3.2 病原种类分析 | 第52-57页 |
| 3.3.3 比较分析确定儿童SARI主要致病原 | 第57-60页 |
| 3.3.4 指环病毒科分析 | 第60-61页 |
| 3.3.5 动物源性病毒 | 第61页 |
| 3.3.6 噬菌体和细菌等其它病原 | 第61-62页 |
| 3.3.7 测序深度和测序覆盖度 | 第62-63页 |
| 3.4 讨论 | 第63-65页 |
| 3.5 小结 | 第65-66页 |
| 第四章 二种呼吸道病毒全基因组测序与生物信息分析 | 第66-90页 |
| 4.1 材料 | 第66-67页 |
| 4.1.1 试剂与仪器 | 第66页 |
| 4.1.2 使用软件 | 第66-67页 |
| 4.2 方法 | 第67-71页 |
| 4.2.1 一株C型腺病毒全基因组测序与分析 | 第67-69页 |
| 4.2.2 人博卡病毒全基因组测序与分析 | 第69-71页 |
| 4.3 实验结果 | 第71-86页 |
| 4.3.1 HAdV全基因组扩增与进化分析 | 第71-77页 |
| 4.3.2 HBoV全基因组扩增与进化分析 | 第77-86页 |
| 4.4 讨论 | 第86-89页 |
| 4.5 小结 | 第89-90页 |
| 第五章 全文总结 | 第90-92页 |
| 5.1 本论文主要结论 | 第90-91页 |
| 5.2 本论文创新点 | 第91页 |
| 5.3 尚待进一步解决的问题 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-102页 |
| 附录 | 第102-110页 |
| 发表综述 急性呼吸道感染相关病毒组学研究进展 | 第110-117页 |
| 参考文献 | 第114-117页 |
| 致谢 | 第117-118页 |
| 个人简历 | 第118-119页 |
