| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-18页 |
| 1.1 预测药物蛋白结合模式的研究意义 | 第11-12页 |
| 1.2 预测药物蛋白结合模式的进展: | 第12-16页 |
| 1.2.1 分子对接计算 | 第12-13页 |
| 1.2.2 QM/MM方法 | 第13-16页 |
| 1.3 DOX方法 | 第16-17页 |
| 1.3.1 第一代DOX方法 | 第16页 |
| 1.3.2 第二代DOX方法 | 第16-17页 |
| 1.4 本文的立题依据和目标 | 第17-18页 |
| 第二章 第一代DOX方法在稻瘟菌3HNR体系上的研究 | 第18-45页 |
| 2.1 针对稻瘟菌3HNRASE的DOX研究 | 第18-21页 |
| 2.1.1 稻瘟菌3HNRase的简要介绍 | 第18-20页 |
| 2.1.2 DOX方法的研究思路 | 第20-21页 |
| 2.2 基于晶体中小分子构象进行DOX研究 | 第21-31页 |
| 2.2.1 分子对接步骤 | 第21-22页 |
| 2.2.2 ONIOM计算 | 第22-24页 |
| 2.2.3 扩展的ONIOM(XO)计算结果 | 第24-31页 |
| 2.3 基于CONFORT方法对接回原蛋白DOX测试 | 第31-36页 |
| 2.3.1 分子对接 | 第31页 |
| 2.3.2 ONIOM计算结果 | 第31-33页 |
| 2.3.3 扩展的ONIOM(XO)计算结果 | 第33-36页 |
| 2.4 基于CONFORT方法对接到相同蛋白DOX测试 | 第36-41页 |
| 2.4.1 对接步骤 | 第36-37页 |
| 2.4.2 ONIOM计算结果 | 第37-38页 |
| 2.4.3 扩展的ONIOM(XO)计算结果 | 第38-41页 |
| 2.5 本章小结 | 第41-45页 |
| 第三章 第二代DOX方法在稻瘟菌3HNRASE体系上的测试 | 第45-52页 |
| 3.1 基于CONFORT方法对接到原蛋白DOX测试 | 第45-50页 |
| 3.1.1 分子对接步骤 | 第45页 |
| 3.1.2 MOPAC计算 | 第45-47页 |
| 3.1.3 扩展的ONIOM(XO)计算方法 | 第47-50页 |
| 3.2 本章小结 | 第50-52页 |
| 第四章 DOX方法在HU-FBPASE上的应用 | 第52-73页 |
| 4.1 DOX方法在Hu-FBPASE的研究意义 | 第52-57页 |
| 4.1.1 Hu-FBPase的作用机制 | 第52-55页 |
| 4.1.2 果糖-1,6-二磷酸酶重要的生理功能 | 第55-57页 |
| 4.2 DOX方法预测结合模式 | 第57-71页 |
| 4.2.1 第一代DOX方法的步骤 | 第57页 |
| 4.2.2 底物位点的计算结果 | 第57-64页 |
| 4.2.3 变构位点的计算结果 | 第64-71页 |
| 4.3 本章小结 | 第71-73页 |
| 第五章 结论与展望 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
