| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 目录 | 第8-11页 |
| 图目录 | 第11-12页 |
| 表目录 | 第12-13页 |
| 1 绪论 | 第13-25页 |
| ·肿瘤与演化 | 第13-15页 |
| ·肿瘤形成的演化理论模型 | 第15-17页 |
| ·肿瘤克隆演化模型 | 第15-16页 |
| ·肿瘤干细胞模型 | 第16页 |
| ·肿瘤形成中的基因组不稳定性 | 第16-17页 |
| ·肿瘤演化基因组学 | 第17-18页 |
| ·肿瘤演化基因组学中的生物信息学 | 第18-25页 |
| ·基本生物信息学问题 | 第18-20页 |
| ·演化分析与建模 | 第20-25页 |
| 2 基于双平台应用的SNIP探测与群体多态性估计 | 第25-42页 |
| ·双平台错误不相关性 | 第25-33页 |
| ·采样与深度测序 | 第26-29页 |
| ·数据分析 | 第29-30页 |
| ·结果 | 第30-32页 |
| ·讨论 | 第32-33页 |
| ·基于双平台混合样品测序的群体多态性(θ)估计方法 | 第33-42页 |
| ·单体数据 | 第34-36页 |
| ·单平台来源的混合数据 | 第36-38页 |
| ·双平台来源的混合数据 | 第38-39页 |
| ·结论 | 第39-42页 |
| 3 基于机器学习的体细胞SNV探测方法开发 | 第42-65页 |
| ·背景 | 第42-43页 |
| ·数据描述 | 第43-50页 |
| ·数据源的项目简介 | 第43-49页 |
| ·构建数据集合 | 第49-50页 |
| ·方法 | 第50-55页 |
| ·基本原理 | 第50-51页 |
| ·贝叶斯推断 | 第51-52页 |
| ·特征空间的构造 | 第52-53页 |
| ·学习算法 | 第53-54页 |
| ·预/后处理 | 第54-55页 |
| ·结果 | 第55-58页 |
| ·HCC1全基因组数据和全外显子数据上的10倍交叉验证 | 第55-57页 |
| ·10例结直肠癌全外显子数据集上的测试结果 | 第57-58页 |
| ·白血病全基因组数据集上的测试结果 | 第58页 |
| ·讨论 | 第58-63页 |
| ·体细胞突变数目估计的不确定性 | 第58-61页 |
| ·基于突变探测的等位基因频谱分析 | 第61-63页 |
| ·结论 | 第63-65页 |
| 4 从多发肝癌中发现转移的克隆演化动态 | 第65-90页 |
| ·实验过程与数据分析 | 第66-72页 |
| ·实验过程 | 第66-68页 |
| ·数据分析 | 第68-72页 |
| ·积极的迁移驱动早期转移发生 | 第72-80页 |
| ·单起源和多起源 | 第73-74页 |
| ·运用突变累积标定转移时机 | 第74-78页 |
| ·促使细胞移动的突变 | 第78-80页 |
| ·讨论 | 第80页 |
| ·遗传搭车(Hitchiking)选择的侵入导致多发肿瘤的适应性多样化 | 第80-90页 |
| ·推断新细胞克隆适应性演化的理论 | 第81-82页 |
| ·估计多发肝癌中的适应性演化 | 第82-88页 |
| ·讨论 | 第88-90页 |
| 5 原发肝癌生长的时空克隆演化 | 第90-103页 |
| ·原发肝癌的穷尽取样策略 | 第90-92页 |
| ·取样过程 | 第90-91页 |
| ·取样特点分析 | 第91-92页 |
| ·外显子测序与体细胞变异探测 | 第92-96页 |
| ·外显子测序 | 第92-93页 |
| ·单碱基突变检测 | 第93-96页 |
| ·扩大样品量的分型 | 第96页 |
| ·体细胞点突变分析 | 第96-98页 |
| ·碱基替换模式 | 第96-97页 |
| ·富集程度分析 | 第97-98页 |
| ·肝癌生长的时空演化动态 | 第98-103页 |
| ·肿瘤空间异质性分析 | 第98-100页 |
| ·肿瘤生长的时空演化动态 | 第100-103页 |
| 作者发表与撰写文章列表 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-113页 |
| 附录1. CASpoint中学习算法的伪代码实现 | 第113-114页 |
| 附录2. 10例结直肠癌病人的全外显子测序信息 | 第114-115页 |
| 附录3. 12例多发肝癌病人中39个样品的全外显子测序信息 | 第115-116页 |
| 附录4. 12例多发肝癌中Sequenom验证的体细胞SNV位点信息 | 第116-136页 |
| 附录5. 多发肝癌的基因本体富集分析 | 第136-140页 |
| 一、显著的代谢途径 | 第136-137页 |
| 二、显著的蛋白结构功能区域 | 第137-138页 |
| 三、显著的GO号 | 第138-140页 |
| 附录6. 原发HCC病例中非同义SNV所在基因的富集分数信息 | 第140-148页 |
| 附录7. 中英文对照表 | 第148-150页 |
| 附录8. 技术及相关链接 | 第150-151页 |
| 致谢 | 第151页 |
